266 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0389 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_0445  permease YjgP/YjgQ family protein  96.23 
 
 		 370 aa  706    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0389  permease YjgP/YjgQ family protein  100 
 
 		 371 aa  755    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00124488  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3556  permease YjgP/YjgQ family protein  79.06 
 
 		 366 aa  529  1e-149  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04127  conserved inner membrane protein  73.28 
 
 		 366 aa  509  1e-143  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000245131  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04091  hypothetical protein  73.28 
 
 		 366 aa  509  1e-143  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0000267736  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4517  putative permease  73.28 
 
 		 366 aa  509  1e-143  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  4.2463499999999995e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4764  putative permease  73.61 
 
 		 366 aa  509  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000634787  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4864  putative permease  73.61 
 
 		 366 aa  509  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000973807  normal  0.308777 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4834  putaitve permease  73.28 
 
 		 366 aa  510  1e-143  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000998605  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3647  permease YjgP/YjgQ family protein  73.89 
 
 		 366 aa  508  1e-143  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000993409  normal  0.309737 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3751  permease YjgP/YjgQ family protein  73.28 
 
 		 366 aa  509  1e-143  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000820962  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4883  permease  73.61 
 
 		 366 aa  509  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00332815  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4827  putative permease  73.61 
 
 		 366 aa  509  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000984202  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4742  putative permease  73.28 
 
 		 366 aa  509  1e-143  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000002134  normal  0.891327 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5783  putative permease  73.28 
 
 		 366 aa  509  1e-143  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000000294674  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4734  putative permease  73.61 
 
 		 366 aa  509  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000385303  normal  0.325053 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0563  permease YjgP/YjgQ family protein  73.68 
 
 		 364 aa  503  1e-141  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000298554  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3719  permease YjgP/YjgQ family protein  76.28 
 
 		 370 aa  500  1e-140  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3678  permease YjgP/YjgQ family protein  70.91 
 
 		 364 aa  491  9.999999999999999e-139  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000000432318  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4048  hypothetical protein  70.91 
 
 		 364 aa  491  9.999999999999999e-139  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000983322  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3542  putative permease  70.91 
 
 		 364 aa  491  9.999999999999999e-139  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000328546  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3736  permease YjgP/YjgQ family protein  71.91 
 
 		 359 aa  491  1e-137  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00233017  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0517  permease  50.56 
 
 		 367 aa  333  2e-90  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0300348  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0527  putative permease  44.29 
 
 		 370 aa  331  1e-89  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0167564  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2082  hypothetical protein  42.15 
 
 		 366 aa  326  4.0000000000000003e-88  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000432404  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002429  hypothetical protein  41.92 
 
 		 366 aa  326  5e-88  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000155201  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03634  hypothetical protein  41.37 
 
 		 366 aa  326  5e-88  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1077  permease YjgP/YjgQ family protein  38.82 
 
 		 370 aa  259  4e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000191567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0911  permease YjgP/YjgQ family protein  37.93 
 
 		 371 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000466343  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3108  permease YjgP/YjgQ family protein  38.81 
 
 		 370 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000374217  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1258  permease YjgP/YjgQ family protein  38.81 
 
 		 370 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000016572  hitchhiker  0.000115983 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1015  permease YjgP/YjgQ family protein  38.51 
 
 		 370 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000271858  normal  0.473888 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3118  permease YjgP/YjgQ family protein  38.81 
 
 		 370 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000110304  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3261  permease YjgP/YjgQ family protein  38.51 
 
 		 370 aa  253  5.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000653775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0396  permease YjgP/YjgQ family protein  37.33 
 
 		 358 aa  251  1e-65  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.167769  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0796  hypothetical protein  36.96 
 
 		 369 aa  249  6e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.211721  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1179  permease YjgP/YjgQ family protein  40.71 
 
 		 370 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.301073  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0741  putative permease  36.62 
 
 		 388 aa  243  3e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0940  permease YjgP/YjgQ family protein  37.61 
 
 		 370 aa  243  5e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000695544  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1369  hypothetical protein  39.83 
 
 		 370 aa  237  2e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2908  permease YjgP/YjgQ family protein  39.26 
 
 		 370 aa  236  5.0000000000000005e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000409785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01575  permease YjgP/YjgQ  37.29 
 
 		 366 aa  234  1.0000000000000001e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.154727  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3561  permease YjgP/YjgQ  36.71 
 
 		 368 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000903673  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2826  permease YjgP/YjgQ family protein  39.26 
 
 		 370 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00420336  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3005  permease YjgP/YjgQ family protein  39.26 
 
 		 370 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000818676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0872  permease YjgP/YjgQ  39.53 
 
 		 370 aa  232  7.000000000000001e-60  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000506114  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0925  permease YjgP/YjgQ family protein  37.38 
 
 		 370 aa  226  6e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000914337  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1272  hypothetical protein  32.1 
 
 		 375 aa  211  1e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1092  permease YjgP/YjgQ  31.83 
 
 		 375 aa  207  3e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0990  permease YjgP/YjgQ  33.43 
 
 		 373 aa  202  8e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.171814  normal  0.796458 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0982  permease YjgP/YjgQ family protein  32.14 
 
 		 371 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1019  permease YjgP/YjgQ family protein  31.87 
 
 		 383 aa  197  3e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4236  permease YjgP/YjgQ family protein  32.42 
 
 		 371 aa  197  3e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.275706  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0987  permease YjgP/YjgQ family protein  31.87 
 
 		 371 aa  196  7e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.480786  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0962  permease YjgP/YjgQ family protein  31.62 
 
 		 367 aa  194  2e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.506776  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14500  hypothetical protein  31.32 
 
 		 372 aa  191  2e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2555  hypothetical protein  32.25 
 
 		 359 aa  188  1e-46  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2683  hypothetical protein  31.07 
 
 		 359 aa  185  1.0000000000000001e-45  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2917  permease YjgP/YjgQ  31.92 
 
 		 386 aa  182  6e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1283  hypothetical protein  31.59 
 
 		 372 aa  181  2e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3526  permease YjgP/YjgQ family protein  33.14 
 
 		 372 aa  179  1e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.536872  normal  0.31629 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11670  permease YjgP/YjgQ family  32.33 
 
 		 376 aa  175  9.999999999999999e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1373  queuine tRNA-ribosyltransferase  31.56 
 
 		 360 aa  173  5e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1231  permease YjgP/YjgQ family protein  30.36 
 
 		 371 aa  170  4e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.192979  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1747  permease YjgP/YjgQ  28.01 
 
 		 369 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0559  permease YjgP/YjgQ family protein  32.04 
 
 		 372 aa  164  3e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.298895  hitchhiker  0.00000418027 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0221  permease YjgP/YjgQ  26.29 
 
 		 361 aa  160  2e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.651861 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2139  permease YjgP/YjgQ family protein  30.27 
 
 		 367 aa  155  1e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0622  permease YjgP/YjgQ family protein  30.77 
 
 		 371 aa  154  2e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0271293  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0680  permease YjgP/YjgQ family protein  31.91 
 
 		 372 aa  150  5e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.519951  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3081  permease YjgP/YjgQ  29.64 
 
 		 360 aa  149  6e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.770978  normal  0.0713723 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1856  permease YjgP/YjgQ  29.57 
 
 		 364 aa  146  5e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1234  permease YjgP/YjgQ family protein  27.92 
 
 		 371 aa  146  6e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.132199  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2472  permease YjgP/YjgQ family protein  29.57 
 
 		 364 aa  146  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2467  permease YjgP/YjgQ family protein  29.57 
 
 		 364 aa  146  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1910  permease YjgP/YjgQ  29.75 
 
 		 381 aa  143  5e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0827  permease YjgP/YjgQ family protein  28.96 
 
 		 364 aa  142  8e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.249961  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0581  hypothetical protein  29.48 
 
 		 359 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.201151  normal  0.566997 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5798  YjgP/YjgQ like transporter  30.72 
 
 		 363 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.159259 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2100  hypothetical protein  29.32 
 
 		 339 aa  139  7e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0377846  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2384  permease YjgP/YjgQ family protein  29.82 
 
 		 363 aa  139  7e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2516  permease YjgP/YjgQ family protein  29.82 
 
 		 363 aa  139  7e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0983  permease YjgP/YjgQ family protein  29.09 
 
 		 365 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3639  membrane protein, YjgP/YjgQ like  29.39 
 
 		 365 aa  137  4e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0822  permease, putative  28.4 
 
 		 365 aa  136  5e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1014  hypothetical protein  28.1 
 
 		 365 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.146018  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2945  hypothetical protein  28.1 
 
 		 365 aa  135  8e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1654  hypothetical protein  28.1 
 
 		 365 aa  135  8e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.398552  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0671  permease, putative  28.1 
 
 		 365 aa  135  8e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.261186  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1174  permease, putative  28.1 
 
 		 365 aa  135  8e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1021  hypothetical protein  28.1 
 
 		 365 aa  135  8e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2340  hypothetical protein  28.1 
 
 		 365 aa  135  8e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4008  permease YjgP/YjgQ family protein  30.17 
 
 		 371 aa  135  9.999999999999999e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.618501 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2226  permease YjgP/YjgQ family protein  28.61 
 
 		 370 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.754034  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2680  permease YjgP/YjgQ family protein  27.87 
 
 		 372 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2220  permease YjgP/YjgQ family protein  27.3 
 
 		 372 aa  129  6e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.48267 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1142  putative permease  31.73 
 
 		 370 aa  125  1e-27  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2416  hypothetical protein  27.59 
 
 		 372 aa  122  8e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2786  permease YjgP/YjgQ family protein  27.27 
 
 		 360 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.577495  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2684  permease YjgP/YjgQ  25.99 
 
 		 373 aa  120  4.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>