224 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2966 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2480  permease YjgP/YjgQ  93.3 
 
 		 388 aa  709    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2966  permease YjgP/YjgQ  100 
 
 		 388 aa  776    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.111033  normal  0.827608 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3471  permease YjgP/YjgQ family protein  85.82 
 
 		 388 aa  654    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.630057  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2313  permease YjgP/YjgQ  79.53 
 
 		 388 aa  629  1e-179  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2340  permease YjgP/YjgQ  72.75 
 
 		 389 aa  558  1e-158  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.545488  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1677  permease YjgP/YjgQ  72.47 
 
 		 390 aa  551  1e-155  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3831  putative permease  71.72 
 
 		 389 aa  550  1e-155  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.223671 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5836  permease YjgP/YjgQ family protein  42.48 
 
 		 388 aa  259  4e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5098  permease YjgP/YjgQ family protein  41.37 
 
 		 388 aa  257  2e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.950037  normal  0.150023 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3933  permease YjgP/YjgQ family protein  40.17 
 
 		 389 aa  252  7e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0880082 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3943  permease YjgP/YjgQ family protein  40.9 
 
 		 389 aa  249  5e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3650  permease YjgP/YjgQ family protein  40.9 
 
 		 389 aa  249  5e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0556  permease YjgP/YjgQ family protein  38.48 
 
 		 386 aa  246  4e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.023803 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2838  permease YjgP/YjgQ family protein  37.66 
 
 		 405 aa  226  4e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.579842  normal  0.503804 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1757  permease YjgP/YjgQ  33.76 
 
 		 416 aa  204  2e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00499873  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2601  permease YjgP/YjgQ family protein  32.58 
 
 		 402 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3338  permease YjgP/YjgQ family protein  33.43 
 
 		 388 aa  194  3e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.303963 
 
 
-
 
NC_004310  BR0687  hypothetical protein  32.27 
 
 		 402 aa  193  4e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.658083  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0679  hypothetical protein  31.98 
 
 		 402 aa  190  4e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0765  permease YjgP/YjgQ family protein  30.73 
 
 		 390 aa  187  3e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.259826 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1212  permease YjgP/YjgQ family protein  31.48 
 
 		 393 aa  181  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.205645  decreased coverage  0.00000154162 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1068  permease YjgP/YjgQ family protein  32.45 
 
 		 393 aa  178  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.388378  hitchhiker  0.0000584929 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0508  YjgP/YjgQ permease  29.56 
 
 		 396 aa  176  9e-43  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1226  permease YjgP/YjgQ family protein  31.4 
 
 		 373 aa  171  3e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0365933  normal  0.672462 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1543  hypothetical protein  30.56 
 
 		 399 aa  166  5e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3046  permease YjgP/YjgQ family protein  31.83 
 
 		 398 aa  139  7e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.583583 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0902  permease YjgP/YjgQ family protein  32.41 
 
 		 382 aa  139  7e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0497689 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2628  permease YjgP/YjgQ family protein  32.77 
 
 		 386 aa  124  3e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0949  permease YjgP/YjgQ  28.03 
 
 		 379 aa  120  4.9999999999999996e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0162429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2943  permease YjgP/YjgQ  27.54 
 
 		 396 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.263942  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2530  permease YjgP/YjgQ family protein  26.54 
 
 		 378 aa  108  2e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.749789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1190  permease YjgP/YjgQ family protein  26.4 
 
 		 380 aa  107  3e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.504268  normal  0.434542 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1814  permease YjgP/YjgQ  25.78 
 
 		 371 aa  107  4e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.120366  normal  0.600316 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2900  permease  26.41 
 
 		 376 aa  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.675827  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1544  permease YjgP/YjgQ family protein  26.15 
 
 		 376 aa  104  3e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1121  permease YjgP/YjgQ family protein  25.89 
 
 		 376 aa  102  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.182226 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3734  permease YjgP/YjgQ family protein  27.86 
 
 		 389 aa  91.3  3e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000306059  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1394  permease YjgP/YjgQ family protein  29.15 
 
 		 371 aa  89.4  9e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  hitchhiker  0.00373064  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1490  permease YjgP/YjgQ family protein  28.84 
 
 		 371 aa  86.3  9e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.857253  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2465  permease YjgP/YjgQ  28.53 
 
 		 371 aa  85.9  0.000000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.174888  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2677  permease YjgP/YjgQ family protein  26.97 
 
 		 392 aa  84  0.000000000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00342239  normal  0.643957 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1249  permease YjgP/YjgQ  24.59 
 
 		 418 aa  78.6  0.0000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000103776  hitchhiker  0.00076385 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2139  permease YjgP/YjgQ family protein  28.95 
 
 		 367 aa  75.1  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0982  permease YjgP/YjgQ family protein  26.48 
 
 		 371 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1019  permease YjgP/YjgQ family protein  26.48 
 
 		 383 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0987  permease YjgP/YjgQ family protein  26.17 
 
 		 371 aa  74.7  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.480786  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1922  hypothetical protein  25.69 
 
 		 418 aa  74.7  0.000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.1714400000000003e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1638  permease YjgP/YjgQ family protein  23.91 
 
 		 382 aa  74.3  0.000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000229527  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3905  permease YjgP/YjgQ family protein  25.09 
 
 		 400 aa  74.3  0.000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0179565  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2176  permease YjgP/YjgQ  26.34 
 
 		 402 aa  71.6  0.00000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.668049 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1402  permease YjgP/YjgQ family protein  29.96 
 
 		 370 aa  71.6  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.999053 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4236  permease YjgP/YjgQ family protein  25.23 
 
 		 371 aa  69.7  0.00000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.275706  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0496  permease YjgP/YjgQ  23.79 
 
 		 414 aa  69.7  0.00000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0189  permease YjgP/YjgQ family protein  24.01 
 
 		 423 aa  68.2  0.0000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.437061  normal  0.771409 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0962  permease YjgP/YjgQ family protein  25.32 
 
 		 367 aa  68.2  0.0000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.506776  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1272  hypothetical protein  26.83 
 
 		 375 aa  67.8  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0680  permease YjgP/YjgQ family protein  27.41 
 
 		 372 aa  67.8  0.0000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.519951  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1431  permease YjgP/YjgQ family protein  24.59 
 
 		 391 aa  67.4  0.0000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1922  hypothetical protein  23.86 
 
 		 399 aa  67  0.0000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2917  permease YjgP/YjgQ  28.81 
 
 		 386 aa  67  0.0000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1515  YjgP/YjgQ family protein  25.24 
 
 		 792 aa  67  0.0000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14500  hypothetical protein  23.2 
 
 		 372 aa  66.6  0.0000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3407  permease YjgP/YjgQ family protein  23.55 
 
 		 391 aa  66.2  0.0000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.134453  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1462  permease YjgP/YjgQ family protein  24.39 
 
 		 495 aa  65.9  0.000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1283  hypothetical protein  23.2 
 
 		 372 aa  66.2  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3752  permease YjgP/YjgQ family protein  26.44 
 
 		 388 aa  65.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.994672 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1425  permease YjgP/YjgQ family protein  26.29 
 
 		 380 aa  64.7  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.308886  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3561  permease YjgP/YjgQ  28.03 
 
 		 368 aa  63.5  0.000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000903673  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1092  permease YjgP/YjgQ  24.91 
 
 		 375 aa  63.2  0.000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1804  permease YjgP/YjgQ family protein  22.46 
 
 		 392 aa  62.4  0.00000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0990  permease YjgP/YjgQ  24.72 
 
 		 373 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.171814  normal  0.796458 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1417  permease YjgP/YjgQ family protein  24.11 
 
 		 384 aa  61.6  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11670  permease YjgP/YjgQ family  25.93 
 
 		 376 aa  62  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3526  permease YjgP/YjgQ family protein  26.56 
 
 		 372 aa  62  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.536872  normal  0.31629 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1323  permease YjgP/YjgQ family protein  24.4 
 
 		 478 aa  61.2  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.976143 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3469  permease YjgP/YjgQ family protein  23.2 
 
 		 391 aa  60.8  0.00000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01575  permease YjgP/YjgQ  29.9 
 
 		 366 aa  60.5  0.00000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.154727  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02661  putative permease, YjgP/YjgQ family  24.57 
 
 		 360 aa  58.9  0.0000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0376  permease YjgP/YjgQ family protein  24.48 
 
 		 379 aa  57.8  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.116859 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0940  permease YjgP/YjgQ family protein  23.41 
 
 		 442 aa  58.2  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3417  permease YjgP/YjgQ family protein  24.27 
 
 		 402 aa  57.8  0.0000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1627  permease YjgP/YjgQ family protein  22.73 
 
 		 441 aa  57.8  0.0000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0437  hypothetical protein  24.36 
 
 		 443 aa  57.4  0.0000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0241  permease YjgP/YjgQ family protein  25.58 
 
 		 481 aa  57  0.0000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0527  putative permease  26.51 
 
 		 370 aa  57  0.0000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0167564  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2082  hypothetical protein  26.44 
 
 		 366 aa  57  0.0000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000432404  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002429  hypothetical protein  22.81 
 
 		 366 aa  57  0.0000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000155201  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0723  hypothetical protein  23.95 
 
 		 442 aa  56.6  0.0000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.20608  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0396  permease YjgP/YjgQ family protein  23.74 
 
 		 358 aa  56.2  0.0000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.167769  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2785  permease YjgP/YjgQ family protein  25.81 
 
 		 358 aa  56.2  0.000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.661197  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0402  permease YjgP/YjgQ  22.42 
 
 		 358 aa  55.8  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.0017509  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0389  permease YjgP/YjgQ family protein  29.52 
 
 		 371 aa  55.5  0.000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00124488  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0537  permease YjgP/YjgQ family protein  26.74 
 
 		 360 aa  55.1  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0613487  normal  0.97553 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03634  hypothetical protein  23.05 
 
 		 366 aa  54.7  0.000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3160  YjgP/YjgQ permease  25.48 
 
 		 356 aa  54.3  0.000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3265  YjgP/YjgQ permease  24.67 
 
 		 356 aa  53.9  0.000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.342085  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0713  permease YjgP/YjgQ family protein  24.67 
 
 		 356 aa  53.9  0.000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1627  permease YjgP/YjgQ family protein  25.12 
 
 		 403 aa  54.3  0.000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00813484  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3447  YjgP/YjgQ permease  25.48 
 
 		 356 aa  54.3  0.000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02805  hypothetical protein  24.67 
 
 		 356 aa  53.9  0.000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.0000010354  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>