More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_0707 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_0707  transcription elongation factor GreA  100 
 
 		 162 aa  324  4.0000000000000003e-88  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.927788  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31810  transcription elongation factor GreA  80.12 
 
 		 172 aa  265  2e-70  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.58029 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1636  transcription elongation factor GreA  74.07 
 
 		 164 aa  241  1.9999999999999999e-63  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11098  transcription elongation factor GreA  70.73 
 
 		 164 aa  233  7e-61  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000759427  normal  0.450066 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4375  transcription elongation factor GreA  69.51 
 
 		 164 aa  229  8.000000000000001e-60  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.366203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4144  transcription elongation factor GreA  69.51 
 
 		 164 aa  229  8.000000000000001e-60  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0426558  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4219  transcription elongation factor GreA  69.51 
 
 		 164 aa  229  8.000000000000001e-60  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.120429  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3148  transcription elongation factor GreA  70.12 
 
 		 164 aa  228  2e-59  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0838733  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4418  transcription elongation factor GreA  67.7 
 
 		 163 aa  228  4e-59  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4668  transcription elongation factor GreA  69.14 
 
 		 164 aa  226  1e-58  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.741319 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2048  transcription elongation factor GreA  69.14 
 
 		 164 aa  225  2e-58  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.148142  normal  0.34158 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0866  transcription elongation factor GreA  62.18 
 
 		 165 aa  194  3e-49  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0610793 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0923  transcription elongation factor GreA  61.29 
 
 		 165 aa  190  6e-48  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.212607  normal  0.453288 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0094  GreA/GreB family elongation factor  59.75 
 
 		 166 aa  186  1e-46  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.351516  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0940  transcription elongation factor GreA  60.39 
 
 		 167 aa  183  8e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0726  transcription elongation factor GreA  58.28 
 
 		 167 aa  182  1.0000000000000001e-45  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3904  GreA/GreB family elongation factor  59.75 
 
 		 160 aa  182  2.0000000000000003e-45  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0764375  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1887  transcription elongation factor GreA  59.88 
 
 		 162 aa  178  2.9999999999999997e-44  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.559588 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8535  GreA/GreB family elongation factor  56.1 
 
 		 166 aa  174  3e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.321987  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0824  transcription elongation factor GreA  55.9 
 
 		 161 aa  173  8e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.364949  normal  0.362422 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1064  transcription elongation factor GreA  59.24 
 
 		 166 aa  173  9e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1239  transcription elongation factor GreA  57.69 
 
 		 164 aa  172  9.999999999999999e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000243493 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1076  transcription elongation factor GreA  57.42 
 
 		 160 aa  173  9.999999999999999e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3096  transcription elongation factor GreA  57.86 
 
 		 167 aa  172  1.9999999999999998e-42  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.289834 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0447  transcription elongation factor GreA  57.23 
 
 		 167 aa  170  9e-42  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0668  transcription elongation factor GreA  57.76 
 
 		 164 aa  166  9e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1167  GreA/GreB family elongation factor  55.48 
 
 		 164 aa  165  2.9999999999999998e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.440534  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0980  transcription elongation factor GreA  54.72 
 
 		 167 aa  160  5.0000000000000005e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1099  transcription elongation factor GreA  53.33 
 
 		 165 aa  149  2e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0225388  normal  0.455968 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08210  transcription elongation factor  51.55 
 
 		 160 aa  149  2e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.029534 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2635  GreA/GreB family elongation factor  52.8 
 
 		 160 aa  148  3e-35  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23090  transcription elongation factor GreA  52.9 
 
 		 163 aa  146  1.0000000000000001e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1893  transcription elongation factor GreA  50.31 
 
 		 160 aa  145  2.0000000000000003e-34  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0940  GreA/GreB family elongation factor  51.27 
 
 		 161 aa  145  2.0000000000000003e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07260  transcription elongation factor  51.22 
 
 		 164 aa  140  6e-33  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.548379 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05080  transcription elongation factor GreA  49.38 
 
 		 164 aa  137  4.999999999999999e-32  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.543117  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1535  GreA/GreB family elongation factor  48.75 
 
 		 160 aa  130  7.999999999999999e-30  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5616  GreA/GreB family elongation factor  43.48 
 
 		 153 aa  114  7.999999999999999e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0146939  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5236  GreA/GreB family elongation factor  43.48 
 
 		 153 aa  114  7.999999999999999e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5324  GreA/GreB family elongation factor  43.48 
 
 		 153 aa  114  7.999999999999999e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.316809 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0571  prokaryotic transcription elongation factor, GreA/GreB, N-terminal domain protein  44.44 
 
 		 159 aa  112  2.0000000000000002e-24  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0436205 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3597  GreA/GreB family elongation factor  45.62 
 
 		 155 aa  112  3e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0995544  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4879  GreA/GreB family elongation factor  41.25 
 
 		 162 aa  110  1.0000000000000001e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.36597  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0768  transcription elongation factor  42.94 
 
 		 159 aa  105  2e-22  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.0000471261  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1945  GreA/GreB family elongation factor  51 
 
 		 157 aa  97.8  5e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.817259 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4781  GreA/GreB family elongation factor  41.1 
 
 		 159 aa  96.3  2e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.830945 
 
 
-
 
NC_002978  WD0654  transcription elongation factor GreA  36.55 
 
 		 164 aa  84.7  5e-16  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.156211  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0313  transcription elongation factor GreA  35.42 
 
 		 161 aa  82.4  0.000000000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1246  transcription elongation factor GreA  32.7 
 
 		 162 aa  82.4  0.000000000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0270341  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0335  transcription elongation factor GreA  35.42 
 
 		 161 aa  82  0.000000000000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1629  transcription elongation factor GreA  40.28 
 
 		 162 aa  79.7  0.00000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.95572  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1684  transcription elongation factor GreA  34.72 
 
 		 161 aa  80.1  0.00000000000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.2329  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4821  transcription elongation factor GreA  39.16 
 
 		 154 aa  78.2  0.00000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1054  transcription elongation factor GreA  37.67 
 
 		 157 aa  77.4  0.00000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1680  transcription elongation factor GreA  35.33 
 
 		 161 aa  74.3  0.0000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.212705 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002600  transcription elongation factor GreA  37.78 
 
 		 157 aa  73.9  0.0000000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000901215  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2229  transcription elongation factor GreA  33.54 
 
 		 158 aa  73.9  0.0000000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.570575  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3357  transcription elongation factor GreA  36.55 
 
 		 159 aa  73.6  0.000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.970031  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00740  transcription elongation factor GreA  32.87 
 
 		 161 aa  73.2  0.000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000778945  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0986  transcription elongation factor GreA  34.46 
 
 		 158 aa  73.6  0.000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.589658  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03407  transcription elongation factor GreA  37.31 
 
 		 157 aa  73.6  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0472  transcription elongation factor GreA  32.08 
 
 		 160 aa  73.2  0.000000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.384084  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2837  transcription elongation factor GreA  35.42 
 
 		 158 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0107078  normal  0.0269415 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4815  transcription elongation factor GreA  33.79 
 
 		 160 aa  72.4  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0909183  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0008  transcription elongation factor GreA  35.03 
 
 		 157 aa  72  0.000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000636821  hitchhiker  0.00000229317 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3810  transcription elongation factor GreA  34.93 
 
 		 157 aa  72  0.000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.138968  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1631  transcription elongation factor GreA  33.56 
 
 		 158 aa  72  0.000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0576288  hitchhiker  0.00568101 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1444  transcription elongation factor GreA  39.86 
 
 		 161 aa  72.4  0.000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00276226  normal  0.0904446 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1242  transcription elongation factor GreA  36.24 
 
 		 164 aa  71.6  0.000000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.0000000024894  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0832  transcription elongation factor GreA  33.8 
 
 		 158 aa  71.2  0.000000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000149804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1377  transcription elongation factor GreA  34.72 
 
 		 156 aa  71.2  0.000000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3076  transcription elongation factor GreA  33.33 
 
 		 171 aa  71.6  0.000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2887  transcription elongation factor GreA  33.11 
 
 		 157 aa  71.2  0.000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0077  transcription elongation factor GreA  35.03 
 
 		 157 aa  71.6  0.000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00207801  normal  0.174892 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0880  GreA/GreB family elongation factor  32.87 
 
 		 158 aa  70.9  0.000000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0627  transcription elongation factor GreA  34.9 
 
 		 157 aa  70.9  0.000000000008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0327  transcription elongation factor GreA  33.1 
 
 		 161 aa  70.5  0.000000000009  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2239  transcription elongation factor GreA  34.23 
 
 		 156 aa  70.1  0.00000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  decreased coverage  0.000000131275  normal  0.39945 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0700  transcription elongation factor GreA  34.25 
 
 		 159 aa  70.1  0.00000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0169393  normal  0.415235 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0251  transcription elongation factor GreA  36.96 
 
 		 157 aa  70.1  0.00000000001  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.0440626  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0828  transcription elongation factor GreA  33.8 
 
 		 158 aa  69.7  0.00000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0209829  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3748  transcription elongation factor GreA  34.29 
 
 		 156 aa  70.1  0.00000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2353  transcription elongation factor GreA  36.6 
 
 		 157 aa  70.1  0.00000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000000957781  decreased coverage  0.00150302 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1044  transcription elongation factor GreA  35.92 
 
 		 162 aa  70.1  0.00000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.000000369398  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01495  putative transcription elongation factor  32.05 
 
 		 158 aa  70.5  0.00000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3402  transcription elongation factor GreA  36.55 
 
 		 153 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000615218 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0813  transcription elongation factor GreA  33.1 
 
 		 158 aa  69.3  0.00000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000426484  normal  0.0245884 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0383  transcription elongation factor GreA  34.29 
 
 		 160 aa  69.3  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0620714 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0978  transcription elongation factor GreA  35.44 
 
 		 158 aa  69.3  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.389185  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0144  transcription elongation factor GreA  34.75 
 
 		 163 aa  69.7  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.417483 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0133  transcription elongation factor GreA  32.24 
 
 		 162 aa  68.9  0.00000000003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.431567  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3574  transcription elongation factor GreA  37.41 
 
 		 153 aa  68.9  0.00000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.601656  hitchhiker  0.00344058 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1389  transcription elongation factor  32.89 
 
 		 160 aa  68.9  0.00000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  3.76815e-17  hitchhiker  8.922560000000001e-24 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42920  transcription elongation factor GreA  35.46 
 
 		 158 aa  68.2  0.00000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.393679  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1013  transcription elongation factor GreA  34.18 
 
 		 158 aa  68.2  0.00000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.267207  normal  0.0365336 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1078  transcription elongation factor GreA  34.18 
 
 		 158 aa  68.2  0.00000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.949733  normal  0.134569 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1017  transcription elongation factor GreA  34.18 
 
 		 158 aa  68.2  0.00000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.250708  hitchhiker  0.00044331 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1672  transcription elongation factor GreA  33.11 
 
 		 159 aa  67.8  0.00000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.112053  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1128  transcription elongation factor GreA  33.8 
 
 		 156 aa  67.8  0.00000000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000607304  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0669  transcription elongation factor GreA  33.8 
 
 		 159 aa  67.8  0.00000000007  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>