More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_0668 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_0668  transcription elongation factor GreA  100 
 
 		 164 aa  334  2.9999999999999997e-91  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1064  transcription elongation factor GreA  66.46 
 
 		 166 aa  216  7.999999999999999e-56  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0094  GreA/GreB family elongation factor  64.24 
 
 		 166 aa  213  9.999999999999999e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.351516  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0447  transcription elongation factor GreA  64.24 
 
 		 167 aa  209  2e-53  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8535  GreA/GreB family elongation factor  61.64 
 
 		 166 aa  201  3e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.321987  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3096  transcription elongation factor GreA  61.88 
 
 		 167 aa  198  1.9999999999999998e-50  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.289834 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1887  transcription elongation factor GreA  61.21 
 
 		 162 aa  195  3e-49  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.559588 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1239  transcription elongation factor GreA  61.21 
 
 		 164 aa  187  5.999999999999999e-47  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000243493 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1167  GreA/GreB family elongation factor  60 
 
 		 164 aa  184  4e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.440534  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1076  transcription elongation factor GreA  61.01 
 
 		 160 aa  184  6e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3904  GreA/GreB family elongation factor  60.26 
 
 		 160 aa  184  6e-46  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0764375  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0824  transcription elongation factor GreA  59.62 
 
 		 161 aa  181  5.0000000000000004e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.364949  normal  0.362422 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05080  transcription elongation factor GreA  56.63 
 
 		 164 aa  179  1e-44  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.543117  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1893  transcription elongation factor GreA  55.83 
 
 		 160 aa  173  9.999999999999999e-43  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4375  transcription elongation factor GreA  56.17 
 
 		 164 aa  172  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.366203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4144  transcription elongation factor GreA  56.17 
 
 		 164 aa  172  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0426558  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08210  transcription elongation factor  57.23 
 
 		 160 aa  172  1.9999999999999998e-42  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.029534 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0980  transcription elongation factor GreA  56.97 
 
 		 167 aa  172  1.9999999999999998e-42  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4219  transcription elongation factor GreA  56.17 
 
 		 164 aa  172  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.120429  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07260  transcription elongation factor  56.36 
 
 		 164 aa  171  3.9999999999999995e-42  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.548379 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23090  transcription elongation factor GreA  55.77 
 
 		 163 aa  171  5e-42  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1099  transcription elongation factor GreA  56.71 
 
 		 165 aa  170  6.999999999999999e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0225388  normal  0.455968 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1636  transcription elongation factor GreA  54.32 
 
 		 164 aa  168  3e-41  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4668  transcription elongation factor GreA  54.32 
 
 		 164 aa  167  4e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.741319 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2048  transcription elongation factor GreA  54.32 
 
 		 164 aa  167  5e-41  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.148142  normal  0.34158 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31810  transcription elongation factor GreA  55.76 
 
 		 172 aa  167  7e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.58029 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11098  transcription elongation factor GreA  53.7 
 
 		 164 aa  167  8e-41  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000759427  normal  0.450066 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0707  transcription elongation factor GreA  57.76 
 
 		 162 aa  166  9e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.927788  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4418  transcription elongation factor GreA  57.41 
 
 		 163 aa  166  1e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2635  GreA/GreB family elongation factor  52.5 
 
 		 160 aa  163  1.0000000000000001e-39  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0940  GreA/GreB family elongation factor  52.76 
 
 		 161 aa  161  4.0000000000000004e-39  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3148  transcription elongation factor GreA  52.47 
 
 		 164 aa  161  4.0000000000000004e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0838733  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0726  transcription elongation factor GreA  53.01 
 
 		 167 aa  153  8e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0866  transcription elongation factor GreA  50.3 
 
 		 165 aa  146  1.0000000000000001e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0610793 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0923  transcription elongation factor GreA  49.39 
 
 		 165 aa  143  1e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.212607  normal  0.453288 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0940  transcription elongation factor GreA  54.32 
 
 		 167 aa  142  3e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1535  GreA/GreB family elongation factor  45.39 
 
 		 160 aa  122  2e-27  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0768  transcription elongation factor  43.95 
 
 		 159 aa  120  8e-27  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.0000471261  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0571  prokaryotic transcription elongation factor, GreA/GreB, N-terminal domain protein  43.95 
 
 		 159 aa  119  1.9999999999999998e-26  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0436205 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1242  transcription elongation factor GreA  43.97 
 
 		 164 aa  96.7  1e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.0000000024894  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4879  GreA/GreB family elongation factor  37.65 
 
 		 162 aa  87.8  5e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.36597  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0008  transcription elongation factor GreA  36.71 
 
 		 157 aa  88.2  5e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000636821  hitchhiker  0.00000229317 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1945  GreA/GreB family elongation factor  49 
 
 		 157 aa  87  1e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.817259 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0077  transcription elongation factor GreA  35.22 
 
 		 157 aa  86.3  1e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00207801  normal  0.174892 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1561  transcription elongation factor GreA  37.24 
 
 		 158 aa  86.3  2e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.970872  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1377  transcription elongation factor GreA  36.36 
 
 		 156 aa  85.5  3e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0658  transcription elongation factor GreA  35.95 
 
 		 162 aa  84.7  5e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000211465  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0627  transcription elongation factor GreA  36.31 
 
 		 157 aa  84.7  5e-16  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3597  GreA/GreB family elongation factor  49.46 
 
 		 155 aa  82.8  0.000000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0995544  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4781  GreA/GreB family elongation factor  47.96 
 
 		 159 aa  83.2  0.000000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.830945 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4815  transcription elongation factor GreA  31.85 
 
 		 160 aa  82.4  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0909183  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5616  GreA/GreB family elongation factor  38.22 
 
 		 153 aa  82.4  0.000000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0146939  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5236  GreA/GreB family elongation factor  38.22 
 
 		 153 aa  82.4  0.000000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5324  GreA/GreB family elongation factor  38.22 
 
 		 153 aa  82.4  0.000000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.316809 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00740  transcription elongation factor GreA  35.57 
 
 		 161 aa  81.6  0.000000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000778945  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0654  transcription elongation factor GreA  36.18 
 
 		 164 aa  81.3  0.000000000000006  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.156211  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1680  transcription elongation factor GreA  39.44 
 
 		 161 aa  80.9  0.000000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.212705 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1054  transcription elongation factor GreA  33.57 
 
 		 157 aa  80.1  0.00000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2353  transcription elongation factor GreA  36.36 
 
 		 157 aa  80.1  0.00000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000000957781  decreased coverage  0.00150302 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0880  GreA/GreB family elongation factor  35.21 
 
 		 158 aa  79.3  0.00000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0313  transcription elongation factor GreA  38.03 
 
 		 161 aa  79.3  0.00000000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2239  transcription elongation factor GreA  35.81 
 
 		 156 aa  79  0.00000000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  decreased coverage  0.000000131275  normal  0.39945 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0395  transcription elongation factor GreA  36.17 
 
 		 158 aa  79  0.00000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0335  transcription elongation factor GreA  37.32 
 
 		 161 aa  78.6  0.00000000000004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4821  transcription elongation factor GreA  36.11 
 
 		 154 aa  78.2  0.00000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1389  transcription elongation factor  36.3 
 
 		 160 aa  78.2  0.00000000000004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  3.76815e-17  hitchhiker  8.922560000000001e-24 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1002  transcription elongation factor GreA  35.71 
 
 		 156 aa  78.2  0.00000000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000716767  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1629  transcription elongation factor GreA  39.58 
 
 		 162 aa  77.8  0.00000000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.95572  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1684  transcription elongation factor GreA  37.32 
 
 		 161 aa  77.8  0.00000000000007  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.2329  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3092  transcription elongation factor GreA  36.6 
 
 		 158 aa  77.8  0.00000000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1564  transcription elongation factor GreA  33.57 
 
 		 160 aa  77.8  0.00000000000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.0000000000290434  hitchhiker  0.000735134 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19500  transcription elongation factor GreA  35.48 
 
 		 155 aa  77.4  0.00000000000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000496817  unclonable  0.000000000539704 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1631  transcription elongation factor GreA  33.56 
 
 		 158 aa  77  0.00000000000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0576288  hitchhiker  0.00568101 
 
 
-
 
NC_002950  PG1688  transcription elongation factor GreA  34.27 
 
 		 156 aa  76.6  0.0000000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.833443 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0906  transcription elongation factor GreA  31.94 
 
 		 160 aa  76.6  0.0000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1672  transcription elongation factor GreA  33.11 
 
 		 159 aa  76.6  0.0000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.112053  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0472  transcription elongation factor GreA  34.87 
 
 		 160 aa  76.6  0.0000000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.384084  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0304  transcription elongation factor GreA  33.57 
 
 		 157 aa  76.6  0.0000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2887  transcription elongation factor GreA  38.3 
 
 		 157 aa  76.3  0.0000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1676  transcription elongation factor GreA  33.33 
 
 		 155 aa  76.3  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000127836  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2229  transcription elongation factor GreA  38.73 
 
 		 158 aa  75.9  0.0000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.570575  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3076  transcription elongation factor GreA  37.14 
 
 		 171 aa  76.3  0.0000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1128  transcription elongation factor GreA  35 
 
 		 156 aa  76.3  0.0000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000607304  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0733  hypothetical protein  35.37 
 
 		 157 aa  75.9  0.0000000000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_676  transcription elongation factor  32.86 
 
 		 265 aa  75.5  0.0000000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00449564  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0700  transcription elongation factor GreA  34.93 
 
 		 159 aa  75.5  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0169393  normal  0.415235 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1577  transcription elongation factor GreA  36.62 
 
 		 161 aa  75.5  0.0000000000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1781  transcription elongation factor GreA  36.36 
 
 		 159 aa  75.5  0.0000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.695085  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2837  transcription elongation factor GreA  35.29 
 
 		 158 aa  75.5  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0107078  normal  0.0269415 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3810  transcription elongation factor GreA  34.48 
 
 		 157 aa  75.1  0.0000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.138968  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1466  transcription elongation factor GreA  35.42 
 
 		 176 aa  75.1  0.0000000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0366416  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0495  transcription elongation factor GreA  35.81 
 
 		 160 aa  75.1  0.0000000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.588124  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1775  transcription elongation factor GreA  33.55 
 
 		 159 aa  75.1  0.0000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000308338  normal  0.0541245 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1854  transcription elongation factor GreA  35.37 
 
 		 159 aa  75.1  0.0000000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.866249  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4461  transcription elongation factor GreA  35.95 
 
 		 158 aa  74.7  0.0000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.310238  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4512  transcription elongation factor GreA  35.95 
 
 		 158 aa  74.7  0.0000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000192957  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2238  transcription elongation factor GreA  37.24 
 
 		 159 aa  74.7  0.0000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0176047  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2782  transcription elongation factor GreA  36.62 
 
 		 158 aa  74.7  0.0000000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2468  transcription elongation factor GreA  36.62 
 
 		 158 aa  74.7  0.0000000000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1653  transcription elongation factor GreA  37.32 
 
 		 162 aa  74.3  0.0000000000007  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0186205  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>