More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3904 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3904  GreA/GreB family elongation factor  100 
 
 		 160 aa  323  6e-88  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0764375  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0824  transcription elongation factor GreA  85.62 
 
 		 161 aa  281  3.0000000000000004e-75  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.364949  normal  0.362422 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0094  GreA/GreB family elongation factor  66.03 
 
 		 166 aa  214  5e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.351516  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8535  GreA/GreB family elongation factor  62.18 
 
 		 166 aa  202  2e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.321987  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1064  transcription elongation factor GreA  62.18 
 
 		 166 aa  201  3e-51  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1239  transcription elongation factor GreA  64.52 
 
 		 164 aa  199  1.9999999999999998e-50  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000243493 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0447  transcription elongation factor GreA  60.9 
 
 		 167 aa  198  1.9999999999999998e-50  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3096  transcription elongation factor GreA  61.54 
 
 		 167 aa  198  1.9999999999999998e-50  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.289834 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1167  GreA/GreB family elongation factor  63.46 
 
 		 164 aa  196  7.999999999999999e-50  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.440534  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1076  transcription elongation factor GreA  59.24 
 
 		 160 aa  184  4e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1887  transcription elongation factor GreA  59.87 
 
 		 162 aa  184  5e-46  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.559588 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0668  transcription elongation factor GreA  60.26 
 
 		 164 aa  184  6e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0707  transcription elongation factor GreA  59.75 
 
 		 162 aa  182  2.0000000000000003e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.927788  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2635  GreA/GreB family elongation factor  58.75 
 
 		 160 aa  179  1e-44  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0980  transcription elongation factor GreA  56.96 
 
 		 167 aa  177  4e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11098  transcription elongation factor GreA  57.5 
 
 		 164 aa  177  7e-44  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000759427  normal  0.450066 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31810  transcription elongation factor GreA  57.23 
 
 		 172 aa  177  8e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.58029 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4144  transcription elongation factor GreA  57.5 
 
 		 164 aa  176  1e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0426558  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4375  transcription elongation factor GreA  57.5 
 
 		 164 aa  176  1e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.366203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4219  transcription elongation factor GreA  57.5 
 
 		 164 aa  176  1e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.120429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2048  transcription elongation factor GreA  57.41 
 
 		 164 aa  175  2e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.148142  normal  0.34158 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4668  transcription elongation factor GreA  56.79 
 
 		 164 aa  174  3e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.741319 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1636  transcription elongation factor GreA  56.79 
 
 		 164 aa  171  2.9999999999999996e-42  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1099  transcription elongation factor GreA  58.23 
 
 		 165 aa  171  3.9999999999999995e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0225388  normal  0.455968 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23090  transcription elongation factor GreA  57.42 
 
 		 163 aa  170  5.999999999999999e-42  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0940  transcription elongation factor GreA  58.86 
 
 		 167 aa  169  1e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05080  transcription elongation factor GreA  57.86 
 
 		 164 aa  169  2e-41  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.543117  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1893  transcription elongation factor GreA  55.41 
 
 		 160 aa  168  2e-41  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0940  GreA/GreB family elongation factor  56.88 
 
 		 161 aa  169  2e-41  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4418  transcription elongation factor GreA  57.23 
 
 		 163 aa  168  3e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3148  transcription elongation factor GreA  55.62 
 
 		 164 aa  166  1e-40  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0838733  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0726  transcription elongation factor GreA  54.14 
 
 		 167 aa  161  4.0000000000000004e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0866  transcription elongation factor GreA  55.7 
 
 		 165 aa  160  6e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0610793 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08210  transcription elongation factor  54.14 
 
 		 160 aa  159  1e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.029534 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07260  transcription elongation factor  55.06 
 
 		 164 aa  159  1e-38  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.548379 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0923  transcription elongation factor GreA  54.43 
 
 		 165 aa  155  2e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.212607  normal  0.453288 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0571  prokaryotic transcription elongation factor, GreA/GreB, N-terminal domain protein  47.47 
 
 		 159 aa  135  3.0000000000000003e-31  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0436205 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1535  GreA/GreB family elongation factor  49.01 
 
 		 160 aa  133  8e-31  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0768  transcription elongation factor  45.16 
 
 		 159 aa  127  7.000000000000001e-29  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.0000471261  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00740  transcription elongation factor GreA  37.16 
 
 		 161 aa  98.2  5e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000778945  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0627  transcription elongation factor GreA  38.93 
 
 		 157 aa  94  7e-19  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13240  transcription elongation factor GreA  37.91 
 
 		 156 aa  90.5  9e-18  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.00714364  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1242  transcription elongation factor GreA  39.1 
 
 		 164 aa  90.1  1e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.0000000024894  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2239  transcription elongation factor GreA  37.33 
 
 		 156 aa  89.4  2e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  decreased coverage  0.000000131275  normal  0.39945 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0472  transcription elongation factor GreA  37.91 
 
 		 160 aa  89.4  2e-17  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.384084  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1680  transcription elongation factor GreA  37.97 
 
 		 161 aa  88.6  3e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.212705 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1188  transcription elongation factor GreA  37.18 
 
 		 159 aa  88.2  4e-17  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  0.00439545  normal  0.0602948 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0668  transcription elongation factor GreA  38.67 
 
 		 156 aa  87.4  7e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.168252 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4821  transcription elongation factor GreA  41.38 
 
 		 154 aa  87  9e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19500  transcription elongation factor GreA  34.84 
 
 		 155 aa  87  9e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000496817  unclonable  0.000000000539704 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5616  GreA/GreB family elongation factor  37.82 
 
 		 153 aa  85.9  2e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0146939  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5236  GreA/GreB family elongation factor  37.82 
 
 		 153 aa  85.9  2e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5324  GreA/GreB family elongation factor  37.82 
 
 		 153 aa  85.9  2e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.316809 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4879  GreA/GreB family elongation factor  36.08 
 
 		 162 aa  84.3  6e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.36597  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0313  transcription elongation factor GreA  35.67 
 
 		 161 aa  84  8e-16  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0335  transcription elongation factor GreA  35.67 
 
 		 161 aa  84  9e-16  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1128  transcription elongation factor GreA  34.72 
 
 		 156 aa  83.2  0.000000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000607304  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2181  transcription elongation factor GreA  38.46 
 
 		 154 aa  83.2  0.000000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.015275  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1466  transcription elongation factor GreA  34.69 
 
 		 176 aa  82.4  0.000000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0366416  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4815  transcription elongation factor GreA  31.87 
 
 		 160 aa  82.8  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0909183  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1002  transcription elongation factor GreA  34.03 
 
 		 156 aa  82.4  0.000000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000716767  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1684  transcription elongation factor GreA  35.67 
 
 		 161 aa  82.4  0.000000000000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.2329  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0395  transcription elongation factor GreA  35.03 
 
 		 158 aa  81.6  0.000000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1246  transcription elongation factor GreA  37.01 
 
 		 162 aa  81.3  0.000000000000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0270341  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2353  transcription elongation factor GreA  38.36 
 
 		 157 aa  80.5  0.000000000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000000957781  decreased coverage  0.00150302 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4033  transcription elongation factor GreA  35.86 
 
 		 158 aa  80.5  0.000000000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.000000315443  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0008  transcription elongation factor GreA  36.6 
 
 		 157 aa  79.7  0.00000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000636821  hitchhiker  0.00000229317 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3739  transcription elongation factor GreA  34.62 
 
 		 158 aa  79  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.215382  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3605  transcription elongation factor GreA  34.62 
 
 		 158 aa  79  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000032178  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3574  transcription elongation factor GreA  38.41 
 
 		 153 aa  79  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.601656  hitchhiker  0.00344058 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3982  transcription elongation factor GreA  34.62 
 
 		 158 aa  79  0.00000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000172965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0714  GreA/GreB family elongation factor  35.34 
 
 		 167 aa  79.7  0.00000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000000638599  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1377  transcription elongation factor GreA  35.92 
 
 		 156 aa  79.7  0.00000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2782  transcription elongation factor GreA  34.84 
 
 		 158 aa  79.3  0.00000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2468  transcription elongation factor GreA  34.84 
 
 		 158 aa  79.3  0.00000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3597  GreA/GreB family elongation factor  34.38 
 
 		 155 aa  78.6  0.00000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0995544  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1945  GreA/GreB family elongation factor  40.4 
 
 		 157 aa  77.8  0.00000000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.817259 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1631  transcription elongation factor GreA  31.51 
 
 		 158 aa  77.8  0.00000000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0576288  hitchhiker  0.00568101 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1672  transcription elongation factor GreA  34.01 
 
 		 159 aa  77.4  0.00000000000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.112053  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0809  transcription elongation factor GreA  37.84 
 
 		 157 aa  77.4  0.00000000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000158219  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4781  GreA/GreB family elongation factor  42.27 
 
 		 159 aa  77.4  0.00000000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.830945 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0640  transcription elongation factor GreA  32.69 
 
 		 158 aa  77.4  0.00000000000008  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.104464  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0158  transcription elongation factor GreA  31.48 
 
 		 159 aa  77  0.00000000000009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1155  transcription elongation factor GreA  32.26 
 
 		 156 aa  77  0.0000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0658  transcription elongation factor GreA  34.01 
 
 		 162 aa  76.6  0.0000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000211465  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1854  transcription elongation factor GreA  35.37 
 
 		 159 aa  76.6  0.0000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.866249  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3474  transcription elongation factor GreA  33.97 
 
 		 158 aa  75.9  0.0000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000137819  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2897  transcription elongation factor GreA  34.93 
 
 		 159 aa  76.3  0.0000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2837  transcription elongation factor GreA  36.5 
 
 		 158 aa  75.5  0.0000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0107078  normal  0.0269415 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1564  transcription elongation factor GreA  33.78 
 
 		 160 aa  76.3  0.0000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.0000000000290434  hitchhiker  0.000735134 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0327  transcription elongation factor GreA  36.77 
 
 		 161 aa  75.9  0.0000000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0951  GreA/GreB family elongation factor  37.5 
 
 		 158 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000196364  normal  0.439002 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1191  transcription elongation factor GreA  35.53 
 
 		 158 aa  75.5  0.0000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2847  transcription elongation factor GreA  35.53 
 
 		 158 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000241028  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1013  transcription elongation factor GreA  36.84 
 
 		 158 aa  75.5  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.267207  normal  0.0365336 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1078  transcription elongation factor GreA  36.84 
 
 		 158 aa  75.5  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.949733  normal  0.134569 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1017  transcription elongation factor GreA  36.84 
 
 		 158 aa  75.5  0.0000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.250708  hitchhiker  0.00044331 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3430  transcription elongation factor GreA  34.87 
 
 		 158 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.910726  hitchhiker  0.000543609 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3294  transcription elongation factor GreA  34.87 
 
 		 158 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00887513  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3252  transcription elongation factor GreA  34.87 
 
 		 158 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0358868  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>