More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_19500 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013165  Shel_19500  transcription elongation factor GreA  100 
 
 
155 aa  308  1e-83  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000496817  unclonable  0.000000000539704 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2239  transcription elongation factor GreA  75.66 
 
 
156 aa  238  2.9999999999999997e-62  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  decreased coverage  0.000000131275  normal  0.39945 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13240  transcription elongation factor GreA  69.93 
 
 
156 aa  221  3e-57  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.00714364  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1680  transcription elongation factor GreA  50.94 
 
 
161 aa  145  2.0000000000000003e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.212705 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0972  transcription elongation factor GreA  52.7 
 
 
158 aa  139  1.9999999999999998e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00740  transcription elongation factor GreA  50.32 
 
 
161 aa  136  1e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000778945  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2481  transcription elongation factor GreA  50.68 
 
 
159 aa  134  6.0000000000000005e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0809  transcription elongation factor GreA  50.64 
 
 
157 aa  132  1.9999999999999998e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000158219  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3092  transcription elongation factor GreA  48.03 
 
 
158 aa  131  3.9999999999999996e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0008  transcription elongation factor GreA  49.01 
 
 
157 aa  131  3.9999999999999996e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000636821  hitchhiker  0.00000229317 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2181  transcription elongation factor GreA  48.68 
 
 
154 aa  130  5e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.015275  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1188  transcription elongation factor GreA  50.67 
 
 
159 aa  130  9e-30  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  0.00439545  normal  0.0602948 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4499  transcription elongation factor GreA  50.7 
 
 
175 aa  130  9e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.251038  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0737  transcription elongation factor GreA  50.7 
 
 
175 aa  129  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.718576  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4275  transcription elongation factor GreA  47.37 
 
 
158 aa  128  2.0000000000000002e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.282937  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4112  transcription elongation factor GreA  47.37 
 
 
158 aa  128  2.0000000000000002e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4123  transcription elongation factor GreA  47.37 
 
 
158 aa  128  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4607  transcription elongation factor GreA  47.37 
 
 
158 aa  128  2.0000000000000002e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0627  transcription elongation factor GreA  47.33 
 
 
157 aa  129  2.0000000000000002e-29  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1389  transcription elongation factor  52.11 
 
 
160 aa  129  2.0000000000000002e-29  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  3.76815e-17  hitchhiker  8.922560000000001e-24 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4459  transcription elongation factor GreA  50.7 
 
 
175 aa  128  3e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0719149 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4461  transcription elongation factor GreA  47.37 
 
 
158 aa  128  3e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.310238  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4512  transcription elongation factor GreA  47.37 
 
 
158 aa  128  3e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000192957  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4226  transcription elongation factor GreA  46.71 
 
 
175 aa  128  3e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1676  transcription elongation factor GreA  48 
 
 
155 aa  126  9.000000000000001e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000127836  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0077  transcription elongation factor GreA  47.02 
 
 
157 aa  124  4.0000000000000003e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00207801  normal  0.174892 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4821  transcription elongation factor GreA  43.84 
 
 
154 aa  122  1e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2782  transcription elongation factor GreA  51.41 
 
 
158 aa  121  4e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2468  transcription elongation factor GreA  51.41 
 
 
158 aa  121  4e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2897  transcription elongation factor GreA  50.99 
 
 
159 aa  120  7e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0151  GreA/GreB family elongation factor  49.67 
 
 
160 aa  120  7e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000000044733  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0395  transcription elongation factor GreA  48.97 
 
 
158 aa  120  8e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2353  transcription elongation factor GreA  43.33 
 
 
157 aa  120  9e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000000957781  decreased coverage  0.00150302 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0162  transcription elongation factor GreA  50.71 
 
 
156 aa  118  3.9999999999999996e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  7.34558e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0208  transcription elongation factor GreA  51.61 
 
 
158 aa  115  1.9999999999999998e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000000182043  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0115  GreA/GreB family elongation factor  43.87 
 
 
159 aa  115  1.9999999999999998e-25  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000000137367  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1246  transcription elongation factor GreA  42.11 
 
 
162 aa  115  1.9999999999999998e-25  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0270341  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1002  transcription elongation factor GreA  47.48 
 
 
156 aa  113  8.999999999999998e-25  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000716767  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0130  transcription elongation factor GreA  47.22 
 
 
163 aa  112  3e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  unclonable  0.000000000129551  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1128  transcription elongation factor GreA  45.33 
 
 
156 aa  111  4.0000000000000004e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000607304  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1701  transcription elongation factor GreA  46.71 
 
 
158 aa  110  6e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1667  transcription elongation factor GreA  46.71 
 
 
158 aa  110  6e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1174  transcription elongation factor GreA  46.05 
 
 
158 aa  109  1.0000000000000001e-23  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0158  transcription elongation factor GreA  46.67 
 
 
159 aa  109  2.0000000000000002e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0472  transcription elongation factor GreA  38.82 
 
 
160 aa  108  2.0000000000000002e-23  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.384084  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1648  transcription elongation factor GreA  49.67 
 
 
159 aa  107  4.0000000000000004e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0174  transcription elongation factor GreA  46.85 
 
 
158 aa  108  4.0000000000000004e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000153177  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0660  transcription elongation factor GreA  44.44 
 
 
156 aa  105  2e-22  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.143981  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0658  transcription elongation factor GreA  42.76 
 
 
162 aa  104  4e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000211465  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0289  transcription elongation factor GreA  41.83 
 
 
160 aa  104  4e-22  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1214  transcription elongation factor GreA  44.37 
 
 
158 aa  103  7e-22  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000531032  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1117  transcription elongation factor GreA  44 
 
 
159 aa  103  9e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.789381  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3557  transcription elongation factor GreA  45.1 
 
 
160 aa  103  1e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000103558  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1688  transcription elongation factor GreA  38.75 
 
 
156 aa  102  3e-21  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.833443 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0250  transcription elongation factor GreA  45.39 
 
 
158 aa  102  3e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000127535  normal  0.353375 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0116  transcription elongation factor GreA  48.34 
 
 
164 aa  101  3e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000000184686  hitchhiker  0.00194606 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1377  transcription elongation factor GreA  42.45 
 
 
156 aa  102  3e-21  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0733  hypothetical protein  41.61 
 
 
157 aa  99.8  1e-20  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2523  transcription elongation factor GreA  41.77 
 
 
158 aa  99.8  1e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000182345  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0447  transcription elongation factor GreA  39.86 
 
 
167 aa  99  2e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1099  transcription elongation factor GreA  39.74 
 
 
165 aa  99  2e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0225388  normal  0.455968 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2078  transcription elongation factor GreA  41.77 
 
 
158 aa  98.6  3e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000287405  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1100  transcription elongation factor GreA  39.04 
 
 
159 aa  98.2  4e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.648513  normal  0.266643 
 
 
-
 
NC_004310  BR1504  transcription elongation factor GreA  37.91 
 
 
157 aa  97.4  6e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.893814  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1865  transcription elongation factor GreA  41.14 
 
 
158 aa  97.4  6e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000182493  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1454  transcription elongation factor GreA  37.91 
 
 
203 aa  97.1  8e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.267598  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1660  transcription elongation factor GreA  38.56 
 
 
157 aa  96.7  1e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.985567  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0008  transcription elongation factor GreA  44.7 
 
 
159 aa  96.7  1e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4815  transcription elongation factor GreA  41.03 
 
 
160 aa  96.3  1e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0909183  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1577  transcription elongation factor GreA  39.72 
 
 
161 aa  96.7  1e-19  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1653  transcription elongation factor GreA  41.13 
 
 
162 aa  96.7  1e-19  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0186205  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4207  transcription elongation factor GreA  40.13 
 
 
169 aa  95.9  2e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.388023  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1901  transcription elongation factor GreA  41.14 
 
 
158 aa  95.5  2e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00416559  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23090  transcription elongation factor GreA  38.41 
 
 
163 aa  95.5  2e-19  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0640  transcription elongation factor GreA  38.22 
 
 
158 aa  95.1  3e-19  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.104464  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0571  prokaryotic transcription elongation factor, GreA/GreB, N-terminal domain protein  40.14 
 
 
159 aa  94.7  4e-19  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0436205 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1611  transcription elongation factor GreA  39.62 
 
 
158 aa  94.7  4e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  5.69568e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1372  transcription elongation factor GreA  36.18 
 
 
161 aa  94.7  4e-19  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2307  transcription elongation factor GreA  41.14 
 
 
158 aa  94.4  6e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0880  GreA/GreB family elongation factor  35.48 
 
 
158 aa  94  7e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1629  transcription elongation factor GreA  41.38 
 
 
162 aa  94  7e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.95572  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2887  transcription elongation factor GreA  39.07 
 
 
157 aa  94  8e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1887  transcription elongation factor GreA  41.5 
 
 
162 aa  94  8e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.559588 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1277  transcription elongation factor GreA  40.51 
 
 
158 aa  93.2  1e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.000293441  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1612  transcription elongation factor GreA  40.91 
 
 
160 aa  92.8  1e-18  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.986319  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0978  transcription elongation factor GreA  40.56 
 
 
158 aa  93.6  1e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.389185  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1775  transcription elongation factor GreA  39.24 
 
 
159 aa  93.2  1e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000308338  normal  0.0541245 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1064  transcription elongation factor GreA  39.86 
 
 
166 aa  92.8  1e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1129  GreA/GreB family elongation factor  38.93 
 
 
158 aa  92.8  2e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01495  putative transcription elongation factor  38.85 
 
 
158 aa  92.8  2e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42920  transcription elongation factor GreA  36.31 
 
 
158 aa  92.4  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.393679  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0327  transcription elongation factor GreA  40 
 
 
161 aa  92.4  2e-18  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0788  transcription elongation factor GreA  39.24 
 
 
158 aa  92.4  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1054  transcription elongation factor GreA  37.82 
 
 
157 aa  92.4  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0638  transcription elongation factor GreA  39.24 
 
 
158 aa  92.4  2e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1155  transcription elongation factor GreA  41.01 
 
 
156 aa  92.4  2e-18  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1444  transcription elongation factor GreA  42.76 
 
 
161 aa  91.7  3e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00276226  normal  0.0904446 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1013  transcription elongation factor GreA  40.14 
 
 
158 aa  91.7  3e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.267207  normal  0.0365336 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1078  transcription elongation factor GreA  40.14 
 
 
158 aa  91.7  3e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.949733  normal  0.134569 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1017  transcription elongation factor GreA  40.14 
 
 
158 aa  91.7  3e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.250708  hitchhiker  0.00044331 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>