More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_0008 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_0008  transcription elongation factor GreA  100 
 
 		 157 aa  312  9.999999999999999e-85  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000636821  hitchhiker  0.00000229317 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0077  transcription elongation factor GreA  94.9 
 
 		 157 aa  296  1e-79  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00207801  normal  0.174892 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2353  transcription elongation factor GreA  71.97 
 
 		 157 aa  222  1e-57  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000000957781  decreased coverage  0.00150302 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1676  transcription elongation factor GreA  68.35 
 
 		 155 aa  209  7.999999999999999e-54  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000127836  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0809  transcription elongation factor GreA  50 
 
 		 157 aa  146  9e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000158219  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2897  transcription elongation factor GreA  49.68 
 
 		 159 aa  144  5e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0395  transcription elongation factor GreA  50.96 
 
 		 158 aa  143  1e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0151  GreA/GreB family elongation factor  48.72 
 
 		 160 aa  141  4e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000000044733  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0174  transcription elongation factor GreA  49.04 
 
 		 158 aa  140  6e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000153177  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0250  transcription elongation factor GreA  50.32 
 
 		 158 aa  137  4.999999999999999e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000127535  normal  0.353375 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00740  transcription elongation factor GreA  47.33 
 
 		 161 aa  136  1e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000778945  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2481  transcription elongation factor GreA  45.51 
 
 		 159 aa  134  6.0000000000000005e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0972  transcription elongation factor GreA  45.57 
 
 		 158 aa  133  7.000000000000001e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0737  transcription elongation factor GreA  43.67 
 
 		 175 aa  132  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.718576  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1389  transcription elongation factor  43.31 
 
 		 160 aa  133  9.999999999999999e-31  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  3.76815e-17  hitchhiker  8.922560000000001e-24 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0162  transcription elongation factor GreA  47.13 
 
 		 156 aa  132  1.9999999999999998e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  7.34558e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0115  GreA/GreB family elongation factor  43.87 
 
 		 159 aa  132  1.9999999999999998e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000000137367  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4499  transcription elongation factor GreA  43.67 
 
 		 175 aa  132  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.251038  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4461  transcription elongation factor GreA  42.31 
 
 		 158 aa  131  3e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.310238  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4512  transcription elongation factor GreA  42.31 
 
 		 158 aa  131  3e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000192957  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3092  transcription elongation factor GreA  42.31 
 
 		 158 aa  131  3e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0130  transcription elongation factor GreA  47.71 
 
 		 163 aa  131  3e-30  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  unclonable  0.000000000129551  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19500  transcription elongation factor GreA  49.01 
 
 		 155 aa  131  3.9999999999999996e-30  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000496817  unclonable  0.000000000539704 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4275  transcription elongation factor GreA  42.31 
 
 		 158 aa  130  6e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.282937  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4112  transcription elongation factor GreA  42.31 
 
 		 158 aa  130  6e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4123  transcription elongation factor GreA  42.31 
 
 		 158 aa  130  6e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4607  transcription elongation factor GreA  42.31 
 
 		 158 aa  130  6e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2782  transcription elongation factor GreA  46.2 
 
 		 158 aa  130  6.999999999999999e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2468  transcription elongation factor GreA  46.2 
 
 		 158 aa  130  6.999999999999999e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4459  transcription elongation factor GreA  42.31 
 
 		 175 aa  130  6.999999999999999e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0719149 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0472  transcription elongation factor GreA  43.67 
 
 		 160 aa  130  9e-30  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.384084  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0208  transcription elongation factor GreA  50.63 
 
 		 158 aa  128  3e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000000182043  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1680  transcription elongation factor GreA  44.87 
 
 		 161 aa  128  3e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.212705 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2181  transcription elongation factor GreA  45.03 
 
 		 154 aa  127  5.0000000000000004e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.015275  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2239  transcription elongation factor GreA  46.2 
 
 		 156 aa  126  1.0000000000000001e-28  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  decreased coverage  0.000000131275  normal  0.39945 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4226  transcription elongation factor GreA  41.03 
 
 		 175 aa  126  1.0000000000000001e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1246  transcription elongation factor GreA  38.61 
 
 		 162 aa  124  4.0000000000000003e-28  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0270341  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0627  transcription elongation factor GreA  43.23 
 
 		 157 aa  123  1e-27  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0289  transcription elongation factor GreA  41.4 
 
 		 160 aa  122  1e-27  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1648  transcription elongation factor GreA  49.61 
 
 		 159 aa  122  2e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13240  transcription elongation factor GreA  45.57 
 
 		 156 aa  122  2e-27  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.00714364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0660  transcription elongation factor GreA  42.28 
 
 		 156 aa  121  3e-27  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.143981  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1214  transcription elongation factor GreA  44.3 
 
 		 158 aa  120  5e-27  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000531032  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0116  transcription elongation factor GreA  47.74 
 
 		 164 aa  116  9.999999999999999e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000000184686  hitchhiker  0.00194606 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3557  transcription elongation factor GreA  41.77 
 
 		 160 aa  112  1.0000000000000001e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000103558  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0658  transcription elongation factor GreA  41.61 
 
 		 162 aa  112  2.0000000000000002e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000211465  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0158  transcription elongation factor GreA  42.48 
 
 		 159 aa  111  3e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1117  transcription elongation factor GreA  43.31 
 
 		 159 aa  111  4.0000000000000004e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.789381  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1377  transcription elongation factor GreA  40.76 
 
 		 156 aa  110  7.000000000000001e-24  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0733  hypothetical protein  38.96 
 
 		 157 aa  109  1.0000000000000001e-23  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1128  transcription elongation factor GreA  41.83 
 
 		 156 aa  109  1.0000000000000001e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000607304  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2523  transcription elongation factor GreA  40.67 
 
 		 158 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000182345  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2887  transcription elongation factor GreA  41.13 
 
 		 157 aa  108  2.0000000000000002e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0008  transcription elongation factor GreA  47.37 
 
 		 159 aa  109  2.0000000000000002e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1466  transcription elongation factor GreA  41.4 
 
 		 176 aa  108  3e-23  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0366416  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4815  transcription elongation factor GreA  39.22 
 
 		 160 aa  108  3e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0909183  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1002  transcription elongation factor GreA  41.18 
 
 		 156 aa  107  7.000000000000001e-23  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000716767  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0906  transcription elongation factor GreA  41.14 
 
 		 160 aa  105  2e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1100  transcription elongation factor GreA  41.14 
 
 		 159 aa  105  2e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.648513  normal  0.266643 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1612  transcription elongation factor GreA  40.77 
 
 		 160 aa  105  3e-22  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.986319  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1564  transcription elongation factor GreA  40.51 
 
 		 160 aa  105  3e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.0000000000290434  hitchhiker  0.000735134 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0638  transcription elongation factor GreA  44.94 
 
 		 158 aa  105  4e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0788  transcription elongation factor GreA  44.94 
 
 		 158 aa  105  4e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2238  transcription elongation factor GreA  41.56 
 
 		 159 aa  103  7e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0176047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0495  transcription elongation factor GreA  40.13 
 
 		 160 aa  103  7e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.588124  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1781  transcription elongation factor GreA  39.49 
 
 		 159 aa  103  9e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.695085  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3748  transcription elongation factor GreA  40.94 
 
 		 156 aa  103  9e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2078  transcription elongation factor GreA  38.67 
 
 		 158 aa  103  1e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000287405  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1535  GreA/GreB family elongation factor  44.37 
 
 		 160 aa  103  1e-21  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3076  transcription elongation factor GreA  39.6 
 
 		 171 aa  102  1e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1672  transcription elongation factor GreA  39.49 
 
 		 159 aa  103  1e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.112053  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1865  transcription elongation factor GreA  38 
 
 		 158 aa  103  1e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000182493  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1775  transcription elongation factor GreA  39.16 
 
 		 159 aa  102  2e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000308338  normal  0.0541245 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1667  transcription elongation factor GreA  45 
 
 		 158 aa  102  2e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0669  transcription elongation factor GreA  36 
 
 		 159 aa  102  2e-21  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1701  transcription elongation factor GreA  45 
 
 		 158 aa  102  2e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1631  transcription elongation factor GreA  37.18 
 
 		 158 aa  102  2e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0576288  hitchhiker  0.00568101 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0201  transcription elongation factor GreA  36.24 
 
 		 167 aa  102  2e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000273731  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1023  transcription elongation factor GreA  38.85 
 
 		 160 aa  102  3e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.299103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1854  transcription elongation factor GreA  40.13 
 
 		 159 aa  102  3e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.866249  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1174  transcription elongation factor GreA  44.38 
 
 		 158 aa  101  4e-21  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1218  transcription elongation factor GreA  38.85 
 
 		 160 aa  101  4e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1089  transcription elongation factor GreA  38.85 
 
 		 160 aa  101  4e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.799328 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1277  transcription elongation factor GreA  38 
 
 		 158 aa  101  5e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.000293441  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1688  transcription elongation factor GreA  37.33 
 
 		 156 aa  101  5e-21  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.833443 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4821  transcription elongation factor GreA  41.03 
 
 		 154 aa  101  5e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1901  transcription elongation factor GreA  38 
 
 		 158 aa  100  6e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00416559  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2307  transcription elongation factor GreA  38.67 
 
 		 158 aa  100  8e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1254  transcription elongation factor GreA  38.85 
 
 		 158 aa  99.8  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.378894  normal  0.504509 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2677  transcription elongation factor GreA  41.77 
 
 		 160 aa  99.8  1e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2549  transcription elongation factor GreA  41.77 
 
 		 160 aa  99.8  1e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02242  Transcription elongation factor GreA  41.72 
 
 		 153 aa  99.8  1e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0681866  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0251  transcription elongation factor GreA  38.22 
 
 		 157 aa  100  1e-20  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.0440626  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1054  transcription elongation factor GreA  36.6 
 
 		 157 aa  99.8  1e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0668  transcription elongation factor GreA  40.94 
 
 		 156 aa  100  1e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.168252 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1784  transcription elongation factor GreA  36 
 
 		 165 aa  99.4  2e-20  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.867694  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1188  transcription elongation factor GreA  41.29 
 
 		 159 aa  99.4  2e-20  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  0.00439545  normal  0.0602948 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1611  transcription elongation factor GreA  36.91 
 
 		 158 aa  99.4  2e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  5.69568e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1372  transcription elongation factor GreA  36.67 
 
 		 161 aa  99.4  2e-20  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1577  transcription elongation factor GreA  36.91 
 
 		 161 aa  99  2e-20  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>