More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_3148 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014158  Tpau_3148  transcription elongation factor GreA  100 
 
 		 164 aa  333  9e-91  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0838733  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1636  transcription elongation factor GreA  90.8 
 
 		 164 aa  306  1.0000000000000001e-82  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4668  transcription elongation factor GreA  85.89 
 
 		 164 aa  291  3e-78  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.741319 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4375  transcription elongation factor GreA  85.37 
 
 		 164 aa  290  4e-78  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.366203  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4144  transcription elongation factor GreA  85.37 
 
 		 164 aa  290  4e-78  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0426558  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4219  transcription elongation factor GreA  85.37 
 
 		 164 aa  290  4e-78  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.120429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11098  transcription elongation factor GreA  84.15 
 
 		 164 aa  290  5e-78  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000759427  normal  0.450066 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2048  transcription elongation factor GreA  83.44 
 
 		 164 aa  284  5e-76  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.148142  normal  0.34158 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0707  transcription elongation factor GreA  70.12 
 
 		 162 aa  228  2e-59  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.927788  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31810  transcription elongation factor GreA  70.37 
 
 		 172 aa  225  2e-58  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.58029 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4418  transcription elongation factor GreA  64.2 
 
 		 163 aa  213  9.999999999999999e-55  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0923  transcription elongation factor GreA  60.9 
 
 		 165 aa  188  2e-47  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.212607  normal  0.453288 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0866  transcription elongation factor GreA  60.26 
 
 		 165 aa  187  4e-47  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0610793 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0726  transcription elongation factor GreA  54.88 
 
 		 167 aa  174  5e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3904  GreA/GreB family elongation factor  55.62 
 
 		 160 aa  166  2e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0764375  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1887  transcription elongation factor GreA  55.15 
 
 		 162 aa  166  2e-40  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.559588 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0094  GreA/GreB family elongation factor  54.04 
 
 		 166 aa  162  2.0000000000000002e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.351516  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0668  transcription elongation factor GreA  52.47 
 
 		 164 aa  161  4.0000000000000004e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0824  transcription elongation factor GreA  53.37 
 
 		 161 aa  159  2e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.364949  normal  0.362422 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1076  transcription elongation factor GreA  55.41 
 
 		 160 aa  159  2e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0940  transcription elongation factor GreA  53.8 
 
 		 167 aa  157  6e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1064  transcription elongation factor GreA  50 
 
 		 166 aa  149  2e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0447  transcription elongation factor GreA  50.62 
 
 		 167 aa  149  2e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3096  transcription elongation factor GreA  49.69 
 
 		 167 aa  148  4e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.289834 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1239  transcription elongation factor GreA  51.92 
 
 		 164 aa  147  6e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000243493 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1167  GreA/GreB family elongation factor  51.92 
 
 		 164 aa  146  9e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.440534  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8535  GreA/GreB family elongation factor  47.59 
 
 		 166 aa  145  2.0000000000000003e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.321987  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1893  transcription elongation factor GreA  50.61 
 
 		 160 aa  142  3e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23090  transcription elongation factor GreA  49.37 
 
 		 163 aa  140  6e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1099  transcription elongation factor GreA  49.69 
 
 		 165 aa  138  3e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0225388  normal  0.455968 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_05080  transcription elongation factor GreA  47.88 
 
 		 164 aa  134  7.000000000000001e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.543117  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08210  transcription elongation factor  47.24 
 
 		 160 aa  133  9.999999999999999e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.029534 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0940  GreA/GreB family elongation factor  48.45 
 
 		 161 aa  133  9.999999999999999e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0980  transcription elongation factor GreA  47.2 
 
 		 167 aa  131  3e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2635  GreA/GreB family elongation factor  46.95 
 
 		 160 aa  130  5e-30  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07260  transcription elongation factor  46.88 
 
 		 164 aa  122  2e-27  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.548379 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3597  GreA/GreB family elongation factor  46.91 
 
 		 155 aa  114  7.999999999999999e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0995544  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5616  GreA/GreB family elongation factor  45.12 
 
 		 153 aa  110  7.000000000000001e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0146939  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5236  GreA/GreB family elongation factor  45.12 
 
 		 153 aa  110  7.000000000000001e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5324  GreA/GreB family elongation factor  45.12 
 
 		 153 aa  110  7.000000000000001e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.316809 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4879  GreA/GreB family elongation factor  40.12 
 
 		 162 aa  106  1e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.36597  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1945  GreA/GreB family elongation factor  40.49 
 
 		 157 aa  102  2e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.817259 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1535  GreA/GreB family elongation factor  43.79 
 
 		 160 aa  102  3e-21  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4781  GreA/GreB family elongation factor  37.65 
 
 		 159 aa  96.3  2e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.830945 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0571  prokaryotic transcription elongation factor, GreA/GreB, N-terminal domain protein  39.51 
 
 		 159 aa  94.7  5e-19  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0436205 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2229  transcription elongation factor GreA  42.03 
 
 		 158 aa  89.4  2e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.570575  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0986  transcription elongation factor GreA  38.93 
 
 		 158 aa  89  3e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.589658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0768  transcription elongation factor  38.04 
 
 		 159 aa  88.6  4e-17  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.0000471261  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0439  transcription elongation factor GreA  40.58 
 
 		 158 aa  85.5  3e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.187063  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4821  transcription elongation factor GreA  41.36 
 
 		 154 aa  84  9e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0627  transcription elongation factor GreA  37.33 
 
 		 157 aa  82  0.000000000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1246  transcription elongation factor GreA  36.73 
 
 		 162 aa  79.3  0.00000000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0270341  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0654  transcription elongation factor GreA  34.21 
 
 		 164 aa  79  0.00000000000003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.156211  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2887  transcription elongation factor GreA  36.18 
 
 		 157 aa  79  0.00000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01495  putative transcription elongation factor  33.33 
 
 		 158 aa  76.3  0.0000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0589  transcription elongation factor GreA  38.24 
 
 		 157 aa  76.3  0.0000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00434692  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3355  transcription elongation factor GreA  39.01 
 
 		 158 aa  74.7  0.0000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00153993  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3402  transcription elongation factor GreA  38.3 
 
 		 153 aa  74.3  0.0000000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000615218 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4815  transcription elongation factor GreA  32.65 
 
 		 160 aa  74.3  0.0000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0909183  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19500  transcription elongation factor GreA  36.31 
 
 		 155 aa  74.3  0.0000000000007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000496817  unclonable  0.000000000539704 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03046  transcription elongation factor GreA  41.13 
 
 		 158 aa  73.6  0.000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000255742  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0526  transcription elongation factor GreA  41.13 
 
 		 158 aa  73.6  0.000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000858072  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3373  transcription elongation factor GreA  41.13 
 
 		 158 aa  73.6  0.000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.81015e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3666  transcription elongation factor GreA  41.13 
 
 		 158 aa  73.6  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000219579  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3477  transcription elongation factor GreA  41.13 
 
 		 158 aa  73.6  0.000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000110708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3589  transcription elongation factor GreA  41.13 
 
 		 158 aa  73.6  0.000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000874781  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4503  transcription elongation factor GreA  41.13 
 
 		 158 aa  73.6  0.000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000410908  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0519  transcription elongation factor GreA  41.13 
 
 		 158 aa  73.6  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000161642  hitchhiker  0.00372154 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02997  hypothetical protein  41.13 
 
 		 158 aa  73.6  0.000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000216901  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3489  transcription elongation factor GreA  41.13 
 
 		 158 aa  73.2  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0192346  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3558  transcription elongation factor GreA  41.13 
 
 		 158 aa  73.2  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0635889  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3657  transcription elongation factor GreA  41.13 
 
 		 158 aa  73.2  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00121074  normal  0.243551 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0880  GreA/GreB family elongation factor  37.5 
 
 		 158 aa  72.8  0.000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3488  transcription elongation factor GreA  41.13 
 
 		 158 aa  73.2  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000067905  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3574  transcription elongation factor GreA  36.43 
 
 		 153 aa  73.2  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.601656  hitchhiker  0.00344058 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1590  transcription elongation factor GreA  32.69 
 
 		 158 aa  72.8  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1188  transcription elongation factor GreA  34.38 
 
 		 159 aa  73.2  0.000000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  0.00439545  normal  0.0602948 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1000  transcription elongation factor GreA  38.85 
 
 		 158 aa  72.4  0.000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.302487  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0563  transcription elongation factor GreA  41.46 
 
 		 158 aa  72.4  0.000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00266162  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3595  transcription elongation factor GreA  41.13 
 
 		 158 aa  73.2  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.303006  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03407  transcription elongation factor GreA  38.97 
 
 		 157 aa  72  0.000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1629  transcription elongation factor GreA  37.06 
 
 		 162 aa  72  0.000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.95572  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1444  transcription elongation factor GreA  37.86 
 
 		 161 aa  72.4  0.000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00276226  normal  0.0904446 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0828  transcription elongation factor GreA  35.62 
 
 		 158 aa  72.4  0.000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0209829  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3076  transcription elongation factor GreA  37.96 
 
 		 171 aa  72.4  0.000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0951  GreA/GreB family elongation factor  35 
 
 		 158 aa  72.4  0.000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000196364  normal  0.439002 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0813  transcription elongation factor GreA  34.93 
 
 		 158 aa  72  0.000000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000426484  normal  0.0245884 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3474  transcription elongation factor GreA  40.65 
 
 		 158 aa  72  0.000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000137819  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0304  transcription elongation factor GreA  32.9 
 
 		 157 aa  71.6  0.000000000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0832  transcription elongation factor GreA  38.19 
 
 		 158 aa  71.2  0.000000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000149804  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002600  transcription elongation factor GreA  38.41 
 
 		 157 aa  70.9  0.000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000901215  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0480  transcription elongation factor GreA  37.68 
 
 		 158 aa  70.9  0.000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000270875  normal  0.813705 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0798  transcription elongation factor GreA  41.6 
 
 		 159 aa  70.9  0.000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000258876  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2847  transcription elongation factor GreA  35 
 
 		 158 aa  70.9  0.000000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000241028  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3615  transcription elongation factor GreA  40.32 
 
 		 158 aa  70.9  0.000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000143014  normal  0.24531 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1054  transcription elongation factor GreA  34.25 
 
 		 157 aa  70.5  0.000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6800  transcription elongation factor GreA  37.5 
 
 		 158 aa  70.5  0.000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.817091 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1191  transcription elongation factor GreA  35 
 
 		 158 aa  70.5  0.00000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4033  transcription elongation factor GreA  34.46 
 
 		 158 aa  70.1  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.000000315443  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0327  transcription elongation factor GreA  33.11 
 
 		 161 aa  70.1  0.00000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>