More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A2887 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A2887  transcription elongation factor GreA  100 
 
 		 157 aa  313  7e-85  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0910  transcription elongation factor GreA  69.43 
 
 		 157 aa  225  2e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2139  transcription elongation factor GreA  64.97 
 
 		 157 aa  218  3e-56  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.194554 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2715  transcription elongation factor GreA  64.97 
 
 		 158 aa  217  5e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2976  transcription elongation factor GreA  64.33 
 
 		 158 aa  216  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.174839  normal  0.133661 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4293  transcription elongation factor GreA  65.38 
 
 		 157 aa  214  2.9999999999999998e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.795745 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2474  transcription elongation factor GreA  67.95 
 
 		 156 aa  212  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0423  transcription elongation factor GreA  67.31 
 
 		 156 aa  212  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1776  transcription elongation factor GreA  67.31 
 
 		 156 aa  212  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325664  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3748  transcription elongation factor GreA  64.97 
 
 		 156 aa  210  7e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3030  transcription elongation factor GreA  66.45 
 
 		 152 aa  210  7e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.953757  decreased coverage  0.00490744 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0868  transcription elongation factor GreA  64.1 
 
 		 157 aa  209  1e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.639151  normal  0.282498 
 
 
-
 
NC_004310  BR1504  transcription elongation factor GreA  62.82 
 
 		 157 aa  209  2e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.893814  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1454  transcription elongation factor GreA  62.82 
 
 		 203 aa  208  3e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.267598  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0426  transcription elongation factor GreA  65.38 
 
 		 156 aa  207  4e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.194189  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3127  transcription elongation factor GreA  61.15 
 
 		 158 aa  207  4e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.59991  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2118  transcription elongation factor GreA  64.33 
 
 		 157 aa  207  4e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1660  transcription elongation factor GreA  62.18 
 
 		 157 aa  207  5e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.985567  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3076  transcription elongation factor GreA  64.74 
 
 		 171 aa  207  6e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3836  transcription elongation factor GreA  64.1 
 
 		 158 aa  206  9e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.722398 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1254  transcription elongation factor GreA  62.42 
 
 		 158 aa  206  1e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.378894  normal  0.504509 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2312  transcription elongation factor GreA  65.13 
 
 		 152 aa  204  4e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.693473  hitchhiker  0.00295599 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2751  transcription elongation factor GreA  63.06 
 
 		 168 aa  204  5e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4606  transcription elongation factor GreA  62.82 
 
 		 158 aa  204  5e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.127343  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6800  transcription elongation factor GreA  61.54 
 
 		 158 aa  203  7e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.817091 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2876  transcription elongation factor GreA  62.82 
 
 		 158 aa  201  4e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0984  transcription elongation factor GreA  60.26 
 
 		 157 aa  200  6e-51  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.406423  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1515  transcription elongation factor GreA  61.54 
 
 		 174 aa  199  8e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.796858 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0498  transcription elongation factor GreA  60.26 
 
 		 156 aa  199  9.999999999999999e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2450  transcription elongation factor GreA  61.54 
 
 		 158 aa  198  1.9999999999999998e-50  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.596907 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4421  transcription elongation factor GreA  60.9 
 
 		 158 aa  199  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1456  transcription elongation factor GreA  61.54 
 
 		 165 aa  199  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3400  transcription elongation factor GreA  60.26 
 
 		 158 aa  197  3e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0549133  normal  0.0891208 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0566  transcription elongation factor GreA  60.51 
 
 		 179 aa  197  6e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0510993  normal  0.103581 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0673  transcription elongation factor GreA  62.91 
 
 		 152 aa  194  3e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.487901 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1218  transcription elongation factor GreA  59.87 
 
 		 160 aa  193  7e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1089  transcription elongation factor GreA  59.87 
 
 		 160 aa  193  7e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.799328 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1023  transcription elongation factor GreA  59.24 
 
 		 160 aa  192  1e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.299103  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2209  transcription elongation factor GreA  58.97 
 
 		 166 aa  189  1e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2119  transcription elongation factor GreA  58.97 
 
 		 166 aa  189  1e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.736032  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1728  transcription elongation factor GreA  58.97 
 
 		 166 aa  189  1e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2073  transcription elongation factor GreA  58.71 
 
 		 168 aa  187  5.999999999999999e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.383099 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0978  transcription elongation factor GreA  59.87 
 
 		 158 aa  185  2e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.389185  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3017  transcription elongation factor GreA  57.14 
 
 		 157 aa  184  3e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1561  transcription elongation factor GreA  59.35 
 
 		 158 aa  184  5e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.970872  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1980  transcription elongation factor GreA  56.69 
 
 		 158 aa  180  7e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00819368 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00085  transcription elongation factor GreA  59.21 
 
 		 154 aa  176  1e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.428672  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0394  transcription elongation factor GreA  56.77 
 
 		 158 aa  175  2e-43  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.715679  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3357  transcription elongation factor GreA  55.13 
 
 		 159 aa  174  5e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.970031  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2612  transcription elongation factor GreA  59.24 
 
 		 158 aa  173  7e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.657313 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1851  transcription elongation factor GreA  57.32 
 
 		 158 aa  173  8e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.888423  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0780  GreA/GreB family elongation factor  59.24 
 
 		 158 aa  173  9e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000129967  hitchhiker  0.000100122 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2523  transcription elongation factor GreA  54.9 
 
 		 158 aa  173  9e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000182345  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0940  transcription elongation factor GreA  57.96 
 
 		 172 aa  172  9.999999999999999e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1774  transcription elongation factor GreA  57.32 
 
 		 158 aa  173  9.999999999999999e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.110279  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2229  transcription elongation factor GreA  57.05 
 
 		 158 aa  173  9.999999999999999e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.570575  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0453  transcription elongation factor GreA  56.86 
 
 		 158 aa  173  9.999999999999999e-43  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1129  GreA/GreB family elongation factor  57.96 
 
 		 158 aa  172  1.9999999999999998e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4207  transcription elongation factor GreA  54.19 
 
 		 169 aa  172  1.9999999999999998e-42  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.388023  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2677  GreA/GreB family elongation factor  56.05 
 
 		 158 aa  172  1.9999999999999998e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0986  transcription elongation factor GreA  56.41 
 
 		 158 aa  172  1.9999999999999998e-42  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.589658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0480  GreA/GreB family elongation factor  57.32 
 
 		 158 aa  171  2.9999999999999996e-42  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0337518  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2078  transcription elongation factor GreA  54.9 
 
 		 158 aa  171  2.9999999999999996e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000287405  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0654  transcription elongation factor GreA  53.46 
 
 		 164 aa  170  5.999999999999999e-42  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.156211  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0439  transcription elongation factor GreA  57.69 
 
 		 158 aa  170  6.999999999999999e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.187063  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0638  transcription elongation factor GreA  57.69 
 
 		 158 aa  170  7.999999999999999e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0788  transcription elongation factor GreA  57.69 
 
 		 158 aa  170  7.999999999999999e-42  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1611  transcription elongation factor GreA  52.9 
 
 		 158 aa  169  1e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  5.69568e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1775  transcription elongation factor GreA  55.19 
 
 		 159 aa  169  1e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000308338  normal  0.0541245 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0880  GreA/GreB family elongation factor  51.59 
 
 		 158 aa  169  1e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0700  transcription elongation factor GreA  55.7 
 
 		 159 aa  169  2e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0169393  normal  0.415235 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1469  transcription elongation factor GreA  57.96 
 
 		 158 aa  168  3e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3355  transcription elongation factor GreA  54.14 
 
 		 158 aa  168  3e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00153993  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1813  transcription elongation factor GreA  56.21 
 
 		 158 aa  168  3e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00359574  normal  0.0174151 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2389  transcription elongation factor GreA  57.96 
 
 		 158 aa  168  3e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.643877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2571  transcription elongation factor GreA  51.59 
 
 		 158 aa  167  4e-41  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000433551  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1865  transcription elongation factor GreA  52.26 
 
 		 158 aa  167  5e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000182493  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1000  transcription elongation factor GreA  52.87 
 
 		 158 aa  167  5e-41  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.302487  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3488  transcription elongation factor GreA  55.41 
 
 		 158 aa  167  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000067905  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3657  transcription elongation factor GreA  55.41 
 
 		 158 aa  167  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00121074  normal  0.243551 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3084  GreA/GreB family elongation factor  55.13 
 
 		 158 aa  167  6e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3595  transcription elongation factor GreA  55.41 
 
 		 158 aa  167  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.303006  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3558  transcription elongation factor GreA  55.41 
 
 		 158 aa  167  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0635889  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3489  transcription elongation factor GreA  55.41 
 
 		 158 aa  167  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0192346  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4930  transcription elongation factor GreA  56.69 
 
 		 158 aa  167  7e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.41417 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0669  transcription elongation factor GreA  49.36 
 
 		 159 aa  166  9e-41  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03046  transcription elongation factor GreA  55.41 
 
 		 158 aa  166  1e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000255742  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0526  transcription elongation factor GreA  55.41 
 
 		 158 aa  166  1e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000858072  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1277  transcription elongation factor GreA  53.59 
 
 		 158 aa  166  1e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.000293441  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3666  transcription elongation factor GreA  55.41 
 
 		 158 aa  166  1e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000219579  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4503  transcription elongation factor GreA  55.41 
 
 		 158 aa  166  1e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000410908  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02997  hypothetical protein  55.41 
 
 		 158 aa  166  1e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000216901  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3477  transcription elongation factor GreA  55.41 
 
 		 158 aa  166  1e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000110708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3373  transcription elongation factor GreA  55.41 
 
 		 158 aa  166  1e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.81015e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0519  transcription elongation factor GreA  55.41 
 
 		 158 aa  166  1e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000161642  hitchhiker  0.00372154 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3589  transcription elongation factor GreA  55.41 
 
 		 158 aa  166  1e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000874781  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1901  transcription elongation factor GreA  53.55 
 
 		 158 aa  165  2e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00416559  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0808  transcription elongation factor GreA  49.04 
 
 		 159 aa  165  2e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.350185  normal  0.0132742 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1429  transcription elongation factor GreA  51.95 
 
 		 159 aa  165  2e-40  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0133  transcription elongation factor GreA  54.72 
 
 		 162 aa  165  2e-40  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.431567  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>