More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3748 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3748  transcription elongation factor GreA  100 
 
 		 156 aa  313  7e-85  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3076  transcription elongation factor GreA  80 
 
 		 171 aa  252  2.0000000000000002e-66  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1776  transcription elongation factor GreA  74.84 
 
 		 156 aa  245  1e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325664  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0423  transcription elongation factor GreA  74.84 
 
 		 156 aa  245  1e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0498  transcription elongation factor GreA  77.42 
 
 		 156 aa  244  4e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2474  transcription elongation factor GreA  74.19 
 
 		 156 aa  240  5e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0426  transcription elongation factor GreA  70.32 
 
 		 156 aa  230  4.0000000000000004e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.194189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2887  transcription elongation factor GreA  64.97 
 
 		 157 aa  210  7e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0910  transcription elongation factor GreA  66.24 
 
 		 157 aa  207  3e-53  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0868  transcription elongation factor GreA  66.03 
 
 		 157 aa  204  3e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.639151  normal  0.282498 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3030  transcription elongation factor GreA  66.45 
 
 		 152 aa  203  7e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.953757  decreased coverage  0.00490744 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3400  transcription elongation factor GreA  64.1 
 
 		 158 aa  200  6e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0549133  normal  0.0891208 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4421  transcription elongation factor GreA  63.46 
 
 		 158 aa  200  7e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1980  transcription elongation factor GreA  63.06 
 
 		 158 aa  197  3.9999999999999996e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00819368 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1023  transcription elongation factor GreA  61.78 
 
 		 160 aa  196  7e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.299103  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1089  transcription elongation factor GreA  61.15 
 
 		 160 aa  195  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.799328 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1218  transcription elongation factor GreA  61.15 
 
 		 160 aa  195  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0566  transcription elongation factor GreA  63.06 
 
 		 179 aa  194  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0510993  normal  0.103581 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2976  transcription elongation factor GreA  61.78 
 
 		 158 aa  194  5.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.174839  normal  0.133661 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2715  transcription elongation factor GreA  61.78 
 
 		 158 aa  193  9e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1660  transcription elongation factor GreA  61.54 
 
 		 157 aa  191  2e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.985567  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2139  transcription elongation factor GreA  59.24 
 
 		 157 aa  191  2e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.194554 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2751  transcription elongation factor GreA  62.42 
 
 		 168 aa  191  3e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4293  transcription elongation factor GreA  58.97 
 
 		 157 aa  191  4e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.795745 
 
 
-
 
NC_004310  BR1504  transcription elongation factor GreA  60.9 
 
 		 157 aa  190  6e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.893814  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1454  transcription elongation factor GreA  60.26 
 
 		 203 aa  189  8e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.267598  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1254  transcription elongation factor GreA  61.15 
 
 		 158 aa  190  8e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.378894  normal  0.504509 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3127  transcription elongation factor GreA  59.24 
 
 		 158 aa  189  2e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.59991  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0673  transcription elongation factor GreA  64.24 
 
 		 152 aa  188  2e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.487901 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2118  transcription elongation factor GreA  59.24 
 
 		 157 aa  186  1e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1774  transcription elongation factor GreA  60.51 
 
 		 158 aa  184  3e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.110279  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3017  transcription elongation factor GreA  59.09 
 
 		 157 aa  184  5e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2312  transcription elongation factor GreA  61.84 
 
 		 152 aa  182  1.0000000000000001e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.693473  hitchhiker  0.00295599 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1469  transcription elongation factor GreA  59.24 
 
 		 158 aa  182  2.0000000000000003e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4606  transcription elongation factor GreA  58.97 
 
 		 158 aa  182  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.127343  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2389  transcription elongation factor GreA  59.24 
 
 		 158 aa  182  2.0000000000000003e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.643877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3836  transcription elongation factor GreA  59.62 
 
 		 158 aa  182  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.722398 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0984  transcription elongation factor GreA  58.33 
 
 		 157 aa  182  2.0000000000000003e-45  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.406423  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6800  transcription elongation factor GreA  59.62 
 
 		 158 aa  181  3e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.817091 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2612  transcription elongation factor GreA  58.6 
 
 		 158 aa  181  4.0000000000000006e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.657313 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1129  GreA/GreB family elongation factor  59.87 
 
 		 158 aa  180  5.0000000000000004e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1515  transcription elongation factor GreA  58.97 
 
 		 174 aa  181  5.0000000000000004e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.796858 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1456  transcription elongation factor GreA  58.97 
 
 		 165 aa  181  5.0000000000000004e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0978  transcription elongation factor GreA  59.24 
 
 		 158 aa  180  6e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.389185  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2450  transcription elongation factor GreA  59.62 
 
 		 158 aa  180  7e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.596907 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1561  transcription elongation factor GreA  59.35 
 
 		 158 aa  180  8.000000000000001e-45  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.970872  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00085  transcription elongation factor GreA  60.53 
 
 		 154 aa  179  1e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.428672  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0780  GreA/GreB family elongation factor  59.87 
 
 		 158 aa  179  1e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000129967  hitchhiker  0.000100122 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3357  transcription elongation factor GreA  59.62 
 
 		 159 aa  179  1e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.970031  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0394  transcription elongation factor GreA  58.71 
 
 		 158 aa  178  2e-44  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.715679  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1813  transcription elongation factor GreA  58.06 
 
 		 158 aa  178  2e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00359574  normal  0.0174151 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5475  transcription elongation factor GreA  58.6 
 
 		 158 aa  178  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.670951  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62900  transcription elongation factor GreA  58.6 
 
 		 158 aa  178  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3488  transcription elongation factor GreA  58.6 
 
 		 158 aa  177  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000067905  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3595  transcription elongation factor GreA  58.6 
 
 		 158 aa  177  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.303006  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3489  transcription elongation factor GreA  58.6 
 
 		 158 aa  177  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0192346  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3657  transcription elongation factor GreA  58.6 
 
 		 158 aa  177  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00121074  normal  0.243551 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3558  transcription elongation factor GreA  58.6 
 
 		 158 aa  177  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0635889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2876  transcription elongation factor GreA  58.97 
 
 		 158 aa  177  4.999999999999999e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4930  transcription elongation factor GreA  57.32 
 
 		 158 aa  177  4.999999999999999e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.41417 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1146  transcription elongation factor GreA  55.41 
 
 		 158 aa  177  5.999999999999999e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0563  transcription elongation factor GreA  57.96 
 
 		 158 aa  176  8e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00266162  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0798  transcription elongation factor GreA  56.96 
 
 		 159 aa  176  8e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000258876  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3355  transcription elongation factor GreA  57.96 
 
 		 158 aa  176  1e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00153993  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0453  transcription elongation factor GreA  58.82 
 
 		 158 aa  175  2e-43  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1776  transcription elongation factor GreA  56.69 
 
 		 158 aa  175  2e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0106174 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3084  GreA/GreB family elongation factor  58.6 
 
 		 158 aa  175  2e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3474  transcription elongation factor GreA  57.96 
 
 		 158 aa  174  4e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000137819  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03046  transcription elongation factor GreA  56.69 
 
 		 158 aa  172  9.999999999999999e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000255742  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0526  transcription elongation factor GreA  56.69 
 
 		 158 aa  172  9.999999999999999e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000858072  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3477  transcription elongation factor GreA  56.69 
 
 		 158 aa  172  9.999999999999999e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000110708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3589  transcription elongation factor GreA  56.69 
 
 		 158 aa  172  9.999999999999999e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000874781  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3666  transcription elongation factor GreA  56.69 
 
 		 158 aa  172  9.999999999999999e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000219579  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3373  transcription elongation factor GreA  56.69 
 
 		 158 aa  172  9.999999999999999e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.81015e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4503  transcription elongation factor GreA  56.69 
 
 		 158 aa  172  9.999999999999999e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000410908  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0828  transcription elongation factor GreA  55.41 
 
 		 158 aa  172  9.999999999999999e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0209829  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02997  hypothetical protein  56.69 
 
 		 158 aa  172  9.999999999999999e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000216901  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0519  transcription elongation factor GreA  56.69 
 
 		 158 aa  172  9.999999999999999e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000161642  hitchhiker  0.00372154 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0813  transcription elongation factor GreA  54.78 
 
 		 158 aa  172  1.9999999999999998e-42  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000426484  normal  0.0245884 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0700  transcription elongation factor GreA  57.86 
 
 		 159 aa  172  1.9999999999999998e-42  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0169393  normal  0.415235 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0832  transcription elongation factor GreA  55.41 
 
 		 158 aa  171  2.9999999999999996e-42  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000149804  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2007  GreA/GreB family elongation factor  56.49 
 
 		 180 aa  170  5.999999999999999e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.256198  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3615  transcription elongation factor GreA  56.69 
 
 		 158 aa  170  5.999999999999999e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000143014  normal  0.24531 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1000  transcription elongation factor GreA  54.78 
 
 		 158 aa  170  7.999999999999999e-42  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.302487  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0880  GreA/GreB family elongation factor  53.5 
 
 		 158 aa  169  1e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2677  GreA/GreB family elongation factor  53.5 
 
 		 158 aa  169  1e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42920  transcription elongation factor GreA  55.41 
 
 		 158 aa  169  1e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.393679  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4207  transcription elongation factor GreA  55.48 
 
 		 169 aa  168  2e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.388023  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0640  transcription elongation factor GreA  54.14 
 
 		 158 aa  168  3e-41  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.104464  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0875  transcription elongation factor GreA  56.05 
 
 		 158 aa  168  3e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.73287  normal  0.0631013 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1191  transcription elongation factor GreA  54.78 
 
 		 158 aa  167  4e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0940  transcription elongation factor GreA  56.05 
 
 		 172 aa  167  4e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2847  transcription elongation factor GreA  54.78 
 
 		 158 aa  167  5e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000241028  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002600  transcription elongation factor GreA  55.41 
 
 		 157 aa  167  5e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000901215  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1264  transcription elongation factor GreA  56.05 
 
 		 158 aa  167  6e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.165873 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2027  transcription elongation factor GreA  56.05 
 
 		 158 aa  167  6e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2821  transcription elongation factor GreA  54.14 
 
 		 158 aa  167  6e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0812  transcription elongation factor GreA  56.05 
 
 		 158 aa  167  6e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1293  transcription elongation factor GreA  56.05 
 
 		 158 aa  167  6e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3252  transcription elongation factor GreA  54.78 
 
 		 158 aa  166  9e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0358868  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>