4244 genes were found for organism Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 43    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>   


Locus tag
Gene type
Replicon accession
From
To
Strand
Gene Length
Product
Protein accession
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Organism name
Kingdom
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
Dshi_0001  CDS  NC_009952  128  1567  +  1440  putative oxidoreductase  YP_001531351  normal  1  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0002  CDS  NC_009952  1782  6320  +  4539  glutamate synthase  YP_001531352  normal  1  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0004  CDS  NC_009952  7257  8114  -  858  hypothetical protein  YP_001531354  normal  1  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0005  CDS  NC_009952  8220  8924  +  705  hypothetical protein  YP_001531355  normal  1  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0006  CDS  NC_009952  9028  9855  +  828  2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-carboxylate N-succinyltransferase  YP_001531356  normal  1  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0008  CDS  NC_009952  10683  11255  +  573  hypothetical protein  YP_001531358  normal  1  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0009  CDS  NC_009952  11747  11953  -  207  cold-shock DNA-binding domain protein  YP_001531359  normal  1  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0010  CDS  NC_009952  12121  12642  -  522  protein of unknown function DUF305  YP_001531360  normal  1  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0011  CDS  NC_009952  12777  13124  +  348  hypothetical protein  YP_001531361  normal  1  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0012  CDS  NC_009952  13129  14268  +  1140  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  YP_001531362  normal  1  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0013  CDS  NC_009952  14265  14693  +  429  GCN5-related N-acetyltransferase  YP_001531363  normal  0.592718  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0014  CDS  NC_009952  14693  15271  +  579  hypothetical protein  YP_001531364  normal  0.578692  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0015  CDS  NC_009952  15472  17727  +  2256  ribonuclease R  YP_001531365  normal  0.587853  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0016  CDS  NC_009952  18179  19426  +  1248  lytic murein transglycosylase  YP_001531366  normal  0.0388549  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0017  CDS  NC_009952  19516  20166  -  651  hypothetical protein  YP_001531367  normal  0.490701  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0018  CDS  NC_009952  20326  22629  -  2304  multicopper oxidase  YP_001531368  normal  0.49512  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0019  CDS  NC_009952  22866  24683  +  1818  GTP-binding protein TypA  YP_001531369  normal  0.664015  normal  0.72367  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0020  CDS  NC_009952  25297  26019  -  723  putative transcriptional regulator  YP_001531370  normal  0.0596078  normal  0.444842  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0021  CDS  NC_009952  25973  26377  -  405  hypothetical protein  YP_001531371  normal  0.0287157  normal  0.398215  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0022  CDS  NC_009952  26400  26954  +  555  hypothetical protein  YP_001531372  normal  0.0874338  normal  0.315714  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0023  CDS  NC_009952  26998  27618  +  621  ribonuclease HII  YP_001531373  normal  0.0404773  normal  0.332013  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0024  CDS  NC_009952  27713  28819  +  1107  adenine-specific methyltransferase  YP_001531374  normal  0.109862  normal  0.210092  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0025  CDS  NC_009952  29143  29814  +  672  transcriptional activator anti-ECFsigma factor  YP_001531375  normal  0.322497  normal  0.142099  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0026  CDS  NC_009952  29888  30529  +  642  NAD-dependent epimerase/dehydratase  YP_001531376  normal  0.208681  normal  0.101774  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0027  CDS  NC_009952  30653  31807  -  1155  alkane 1-monooxygenase  YP_001531377  normal  0.114145  normal  0.114958  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0028  CDS  NC_009952  31815  32909  -  1095  A/G-specific adenine glycosylase  YP_001531378  normal  0.598212  normal  0.0354214  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0029  CDS  NC_009952  32995  33507  +  513  protein of unknown function DUF1159  YP_001531379  normal  1  normal  0.0188375  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0030  CDS  NC_009952  33519  34190  +  672  putative thiol-disulfide oxidoreductase D  YP_001531380  normal  0.362131  normal  0.0119796  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0031  CDS  NC_009952  34226  35239  -  1014  tetraacyldisaccharide 4'-kinase  YP_001531381  normal  1  hitchhiker  0.00249261  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0032  CDS  NC_009952  35239  36555  -  1317  three-deoxy-D-manno-octulosonic-acid transferase domain protein  YP_001531382  normal  0.501952  hitchhiker  0.00172712  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0033  CDS  NC_009952  36716  36907  -  192  protein of unknown function DUF343  YP_001531383  normal  0.0508144  hitchhiker  0.000474909  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0034  CDS  NC_009952  36904  37551  -  648  ATP-dependent protease La (LON) domain protein  YP_001531384  normal  0.174994  hitchhiker  0.000554508  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0035  CDS  NC_009952  37578  38489  -  912  thioredoxin domain protein  YP_001531385  normal  1  hitchhiker  0.000613737  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0036  CDS  NC_009952  38563  39351  -  789  exodeoxyribonuclease III  YP_001531386  normal  1  hitchhiker  0.000572838  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0037  CDS  NC_009952  39692  40216  +  525  hypothetical protein  YP_001531387  normal  1  hitchhiker  0.000472266  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0038  CDS  NC_009952  40432  41118  -  687  two component transcriptional regulator  YP_001531388  normal  1  hitchhiker  0.000503825  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0039  CDS  NC_009952  41277  42347  +  1071  GTP cyclohydrolase II  YP_001531389  normal  1  hitchhiker  0.000270099  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0040  CDS  NC_009952  42375  42662  +  288  protein of unknown function DUF1330  YP_001531390  normal  1  hitchhiker  0.000083486  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0041  CDS  NC_009952  42669  43163  +  495  hypothetical protein  YP_001531391  normal  1  hitchhiker  0.0000155161  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0042  CDS  NC_009952  43160  43816  -  657  alanine racemase domain protein  YP_001531392  normal  1  hitchhiker  0.00000221923  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0043  CDS  NC_009952  43903  44862  -  960  porin  YP_001531393  normal  1  hitchhiker  0.000000258159  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0044  CDS  NC_009952  45163  45633  +  471  hypothetical protein  YP_001531394  normal  1  hitchhiker  0.0000000485186  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0045  CDS  NC_009952  45640  46014  -  375  hypothetical protein  YP_001531395  normal  1  hitchhiker  0.0000000429273  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0046  CDS  NC_009952  46315  46704  +  390  hypothetical protein  YP_001531396  normal  1  hitchhiker  0.00000000196644  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0047  CDS  NC_009952  46984  47406  -  423  hypothetical protein  YP_001531397  normal  1  hitchhiker  0.0000000000536333  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0048  CDS  NC_009952  47483  48445  -  963  putative transposase  YP_001531398  normal  1  decreased coverage  0.00000000000122957  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0049  CDS  NC_009952  48547  48753  +  207  hypothetical protein  YP_001531399  normal  1  decreased coverage  0.000000000000593849  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0050  CDS  NC_009952  48750  49232  -  483  protein of unknown function DUF955  YP_001531400  normal  1  hitchhiker  0.00000000000733414  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0051  CDS  NC_009952  49229  49645  -  417  hypothetical protein  YP_001531401  normal  1  hitchhiker  0.00000000000624109  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0052  CDS  NC_009952  49656  49868  -  213  hypothetical protein  YP_001531402  normal  1  hitchhiker  0.00000000000489669  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0053  CDS  NC_009952  49943  51163  +  1221  HI0933 family protein  YP_001531403  normal  1  hitchhiker  0.0000000000927745  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0054  CDS  NC_009952  51142  51732  -  591  glutathione S-transferase like protein  YP_001531404  normal  1  hitchhiker  0.0000000000644124  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0055  CDS  NC_009952  51747  52772  -  1026  DNA polymerase III, delta subunit  YP_001531405  normal  1  hitchhiker  0.000000000100325  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0056  CDS  NC_009952  52769  53263  -  495  hypothetical protein  YP_001531406  normal  1  hitchhiker  0.0000000000644124  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0057  CDS  NC_009952  53250  55859  -  2610  leucyl-tRNA synthetase  YP_001531407  normal  1  hitchhiker  0.000000000544837  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0058  CDS  NC_009952  55941  56645  -  705  outer membrane lipoprotein carrier protein  YP_001531408  normal  1  hitchhiker  0.000000236321  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0059  CDS  NC_009952  56686  59673  -  2988  DNA translocase  YP_001531409  normal  0.771975  hitchhiker  0.00000133062  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0060  CDS  NC_009952  59687  60868  -  1182  aminotransferase class I and II  YP_001531410  normal  0.119317  hitchhiker  0.0000032787  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0061  CDS  NC_009952  60992  62323  -  1332  amidase  YP_001531411  normal  0.222867  hitchhiker  0.0000105372  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0062  CDS  NC_009952  62385  63650  +  1266  2-octaprenyl-6-methoxyphenol hydroxylase  YP_001531412  normal  0.441254  hitchhiker  0.00000948983  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0063  CDS  NC_009952  63773  64567  -  795  inositol-phosphate phosphatase  YP_001531413  normal  0.695366  hitchhiker  0.0000489388  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0064  CDS  NC_009952  64554  65900  -  1347  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  YP_001531414  normal  0.669376  hitchhiker  0.000186098  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0065  CDS  NC_009952  65978  67468  -  1491  hypothetical protein  YP_001531415  normal  1  hitchhiker  0.000443618  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0066  CDS  NC_009952  67584  68342  +  759  dehydrogenase/reductase  YP_001531416  normal  1  hitchhiker  0.000301861  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0067  CDS  NC_009952  68339  69085  +  747  enoyl-CoA hydratase/isomerase  YP_001531417  normal  1  hitchhiker  0.000315563  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0068  CDS  NC_009952  69090  69674  -  585  lipoprotein  YP_001531418  normal  1  hitchhiker  0.000291944  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0069  CDS  NC_009952  69751  70632  -  882  auxin efflux carrier  YP_001531419  normal  1  hitchhiker  0.00130998  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0070  CDS  NC_009952  70719  71045  +  327  hemimethylated DNA binding protein  YP_001531420  normal  1  hitchhiker  0.00195677  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0071  CDS  NC_009952  71093  72676  -  1584  gamma-glutamyltransferase  YP_001531421  normal  1  hitchhiker  0.00177118  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0072  CDS  NC_009952  72738  73247  -  510  serine-protein kinase  YP_001531422  normal  1  hitchhiker  0.00642578  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0073  CDS  NC_009952  73262  73594  -  333  anti-sigma-factor antagonist  YP_001531423  normal  1  normal  0.0167054  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0074  CDS  NC_009952  73694  74872  +  1179  acetyl-CoA acetyltransferase  YP_001531424  normal  1  normal  0.0231112  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0075  CDS  NC_009952  75136  75378  -  243  hypothetical protein  YP_001531425  normal  1  normal  0.024044  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0076  CDS  NC_009952  75771  76007  +  237  hypothetical protein  YP_001531426  normal  1  normal  0.023493  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0077  CDS  NC_009952  76020  76910  +  891  hypothetical protein  YP_001531427  normal  1  normal  0.030478  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0078  CDS  NC_009952  76953  77537  +  585  hypothetical protein  YP_001531428  normal  1  normal  0.0266361  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0079  CDS  NC_009952  78091  78972  +  882  lipid A biosynthesis acyltransferase  YP_001531429  normal  1  normal  0.0319084  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0080  CDS  NC_009952  78969  79955  -  987  protein of unknown function DUF6 transmembrane  YP_001531430  normal  1  normal  0.109193  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0081  CDS  NC_009952  80080  81186  -  1107  3-isopropylmalate dehydrogenase  YP_001531431  normal  1  normal  0.0813149  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0082  CDS  NC_009952  81262  82386  -  1125  hypothetical protein  YP_001531432  normal  0.431101  normal  0.216389  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0083  CDS  NC_009952  82492  83097  -  606  isopropylmalate isomerase small subunit  YP_001531433  normal  0.384389  normal  0.18722  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0084  CDS  NC_009952  83135  83662  -  528  hypothetical protein  YP_001531434  normal  0.105076  normal  0.179004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0085  CDS  NC_009952  83697  85100  -  1404  isopropylmalate isomerase large subunit  YP_001531435  normal  0.362256  normal  0.223362  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0086  CDS  NC_009952  85412  86014  +  603  SOUL heme-binding protein  YP_001531436  normal  0.0502327  normal  0.302554  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0087  CDS  NC_009952  86213  86545  +  333  iojap-like protein  YP_001531437  decreased coverage  0.00113012  normal  0.300811  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0088  CDS  NC_009952  86564  87034  +  471  rRNA large subunit methyltransferase  YP_001531438  normal  0.0114414  normal  0.53865  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0089  CDS  NC_009952  87158  88675  +  1518  phosphoglyceromutase  YP_001531439  normal  0.0359859  normal  0.664593  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0090  CDS  NC_009952  88672  89775  +  1104  peptidase M23B  YP_001531440  normal  0.0628683  normal  0.786145  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0091  CDS  NC_009952  89783  91120  +  1338  carboxyl-terminal protease  YP_001531441  normal  0.0132582  normal  0.640744  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0092  CDS  NC_009952  91122  91604  +  483  NUDIX hydrolase  YP_001531442  normal  0.0201302  normal  0.41925  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0093  CDS  NC_009952  91896  92264  -  369  hypothetical protein  YP_001531443  hitchhiker  0.00931908  normal  0.326902  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0094  CDS  NC_009952  92411  93343  -  933  hypothetical protein  YP_001531444  normal  0.213264  normal  0.218715  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0095  CDS  NC_009952  93348  94247  -  900  hypothetical protein  YP_001531445  normal  0.131989  normal  0.289582  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0096  CDS  NC_009952  94244  94774  -  531  hypothetical protein  YP_001531446  normal  0.82218  normal  0.251189  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0097  CDS  NC_009952  95154  95567  -  414  hypothetical protein  YP_001531447  normal  1  normal  0.326902  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0098  CDS  NC_009952  95564  96019  -  456  hypothetical protein  YP_001531448  normal  1  normal  0.330028  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0099  CDS  NC_009952  96161  96931  -  771  hypothetical protein  YP_001531449  normal  1  normal  0.253921  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0100  CDS  NC_009952  96999  98882  -  1884  putative transposase  YP_001531450  normal  1  normal  0.733769  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0101  CDS  NC_009952  99281  99538  +  258  hypothetical protein  YP_001531451  normal  1  normal  0.670843  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Dshi_0102  CDS  NC_009952  99840  102824  +  2985  DNA polymerase III, alpha subunit  YP_001531452  normal  1  normal  1  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria 
 
 
-
 
Page 1 of 43    << first  < prev  1  2  3  4  5  6  7  8  9  10  11    next >  last >>