More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0042 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0042  alanine racemase domain protein  100 
 
 		 218 aa  444  1.0000000000000001e-124  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000221923 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0414  hypothetical protein  72.09 
 
 		 217 aa  328  5.0000000000000004e-89  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.720535  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0048  hypothetical protein  70.64 
 
 		 218 aa  319  1.9999999999999998e-86  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.434055 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2762  alanine racemase domain-containing protein  64.95 
 
 		 217 aa  285  2.9999999999999996e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0716815  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3131  alanine racemase domain-containing protein  63.64 
 
 		 220 aa  276  1e-73  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.803662  hitchhiker  0.000192693 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0844  hypothetical protein  64.59 
 
 		 221 aa  266  2e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0278  alanine racemase domain-containing protein  61.29 
 
 		 232 aa  266  2.9999999999999995e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.334709  normal  0.0228737 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2502  alanine racemase domain-containing protein  63.64 
 
 		 221 aa  264  7e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.936846  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1857  alanine racemase domain protein  55.09 
 
 		 247 aa  247  1e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.821186 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0174  hypothetical protein  60.59 
 
 		 228 aa  244  6e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.405099  normal  0.913317 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0282  hypothetical protein  57.48 
 
 		 219 aa  244  6e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.118746 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1578  alanine racemase domain-containing protein  54.17 
 
 		 247 aa  244  6.999999999999999e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.417677  normal  0.0750539 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1661  alanine racemase domain protein  53.7 
 
 		 244 aa  239  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.19823 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3634  hypothetical protein  57.77 
 
 		 242 aa  237  1e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.205526  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0096  hypothetical protein  56.07 
 
 		 225 aa  236  2e-61  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.480165  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5034  alanine racemase domain-containing protein  59.9 
 
 		 214 aa  236  3e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.355489 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0438  hypothetical protein  56.07 
 
 		 221 aa  235  4e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0335  alanine racemase domain protein  57.41 
 
 		 230 aa  234  5.0000000000000005e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00537658 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4380  hypothetical protein  56.81 
 
 		 219 aa  234  6e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1403  alanine racemase domain-containing protein  55.24 
 
 		 227 aa  234  6e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.113582 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1285  alanine racemase domain-containing protein  60.1 
 
 		 230 aa  234  1.0000000000000001e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0383  hypothetical protein  56.07 
 
 		 221 aa  233  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.69916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1021  alanine racemase domain protein  57.77 
 
 		 227 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.952251  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0226  alanine racemase domain-containing protein  55.9 
 
 		 230 aa  233  2.0000000000000002e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0695521  normal  0.167093 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0288  alanine racemase domain protein  56.8 
 
 		 219 aa  233  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3208  hypothetical protein  55.76 
 
 		 225 aa  232  3e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.491657  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0089  hypothetical protein  55.14 
 
 		 224 aa  231  4.0000000000000004e-60  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.937473  normal  0.0909898 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4107  alanine racemase domain-containing protein  52.29 
 
 		 250 aa  229  3e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.760524  normal  0.399061 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2856  alanine racemase domain-containing protein  55.19 
 
 		 221 aa  228  5e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0170216  normal  0.0492664 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4249  alanine racemase domain protein  55.4 
 
 		 219 aa  228  6e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.405464 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3197  alanine racemase domain-containing protein  55.87 
 
 		 219 aa  226  2e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1094  alanine racemase domain-containing protein  58.88 
 
 		 250 aa  225  4e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3923  alanine racemase domain protein  54.46 
 
 		 219 aa  225  5.0000000000000005e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.823584  normal  0.338994 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1741  hypothetical protein  54.38 
 
 		 226 aa  224  1e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1808  hypothetical protein  53.92 
 
 		 226 aa  221  9e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01766  hypothetical protein  52.58 
 
 		 226 aa  215  5e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.720058  normal  0.155386 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2952  hypothetical protein  53.88 
 
 		 225 aa  214  5e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3024  hypothetical protein  52.83 
 
 		 220 aa  209  2e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0433  hypothetical protein  53.4 
 
 		 191 aa  205  4e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0628  alanine racemase domain protein  53.33 
 
 		 248 aa  203  1e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0643141 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0415  alanine racemase domain protein  47.17 
 
 		 225 aa  203  2e-51  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.837437  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0102  hypothetical protein  48.06 
 
 		 226 aa  197  9e-50  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2054  alanine racemase domain-containing protein  52.78 
 
 		 229 aa  188  5e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0733965  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2164  alanine racemase domain protein  40 
 
 		 219 aa  176  2e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1179  alanine racemase domain-containing protein  44.74 
 
 		 227 aa  165  5e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1763  alanine racemase domain protein  44.84 
 
 		 231 aa  162  4.0000000000000004e-39  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.510381  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2860  hypothetical protein  41.18 
 
 		 228 aa  161  6e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00719508  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3641  hypothetical protein  44.34 
 
 		 226 aa  160  1e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0536  alanine racemase domain-containing protein  42.67 
 
 		 237 aa  160  2e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1137  alanine racemase domain-containing protein  42.33 
 
 		 233 aa  159  3e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.218353  normal  0.343329 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0830  hypothetical protein  41.67 
 
 		 232 aa  159  3e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0543  membrane protein, related to K+ transport  39.29 
 
 		 255 aa  159  4e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.42956  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0138  hypothetical protein  41.23 
 
 		 242 aa  158  7e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0131746 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0832  alanine racemase domain-containing protein  40.35 
 
 		 232 aa  157  9e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.399806  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4204  hypothetical protein  41.85 
 
 		 231 aa  157  1e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.810944  hitchhiker  0.00932277 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3263  pyridoxal phosphate enzyme, YggS family  40.81 
 
 		 234 aa  156  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02781  predicted enzyme  41.26 
 
 		 234 aa  155  3e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.121558  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0744  alanine racemase domain protein  41.26 
 
 		 234 aa  155  3e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02744  hypothetical protein  41.26 
 
 		 234 aa  155  3e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.108166  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3111  alanine racemase  41.26 
 
 		 234 aa  155  3e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4254  pyridoxal phosphate enzyme, YggS family  41.26 
 
 		 234 aa  155  3e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.499723  normal  0.581588 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3093  alanine racemase  41.26 
 
 		 234 aa  155  3e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000310002 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3274  alanine racemase family  40.81 
 
 		 234 aa  155  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0475278 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1127  alanine racemase domain-containing protein  40.74 
 
 		 233 aa  155  3e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0116545  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3347  alanine racemase family  40.81 
 
 		 234 aa  155  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.335784  normal  0.144225 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3295  alanine racemase  41.26 
 
 		 234 aa  155  3e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0717  alanine racemase domain protein  43.58 
 
 		 232 aa  156  3e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.799329 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3443  pyridoxal phosphate enzyme, YggS family  40.81 
 
 		 234 aa  155  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0820315 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3383  pyridoxal phosphate enzyme, YggS family  41.26 
 
 		 234 aa  155  3e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0763  alanine racemase domain-containing protein  41.26 
 
 		 234 aa  155  3e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.265197  hitchhiker  0.00045087 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2517  alanine racemase domain-containing protein  44.04 
 
 		 232 aa  155  4e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.225473  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0775  alanine racemase domain protein  39.29 
 
 		 241 aa  154  1e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.2038  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03578  hypothetical protein  40.62 
 
 		 236 aa  154  1e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4150  alanine racemase domain-containing protein  44.29 
 
 		 230 aa  154  1e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.766912 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3339  alanine racemase family protein  40.36 
 
 		 234 aa  153  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.519694 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0477  hypothetical protein  42.99 
 
 		 228 aa  152  4e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3685  alanine racemase domain-containing protein  43.44 
 
 		 237 aa  152  5e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000728212  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1288  hypothetical protein  45.05 
 
 		 232 aa  151  5.9999999999999996e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1332  alanine racemase domain-containing protein  40.47 
 
 		 244 aa  151  5.9999999999999996e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00993906 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3607  alanine racemase domain protein  37.95 
 
 		 237 aa  151  8.999999999999999e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.94886  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0760  alanine racemase domain protein  39.65 
 
 		 241 aa  150  1e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0494  hypothetical protein  44.75 
 
 		 230 aa  150  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002457  hypothetical protein  41.07 
 
 		 233 aa  150  1e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0896  hypothetical protein  41.28 
 
 		 231 aa  150  2e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000533107 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0371  alanine racemase domain-containing protein  44.19 
 
 		 228 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1449  alanine racemase domain protein  43.59 
 
 		 223 aa  150  2e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2263  alanine racemase domain protein  43.06 
 
 		 212 aa  149  3e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3981  hypothetical protein  44.5 
 
 		 232 aa  149  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.409738 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3718  hypothetical protein  40.58 
 
 		 227 aa  149  3e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1365  alanine racemase domain-containing protein  44.62 
 
 		 213 aa  149  3e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0384344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2503  hypothetical protein  43.59 
 
 		 227 aa  148  5e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03080  alanine racemase domain protein  42.41 
 
 		 234 aa  148  7e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00378005  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3025  alanine racemase domain-containing protein  39.53 
 
 		 232 aa  147  9e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000116618  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5319  hypothetical protein  42.99 
 
 		 228 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.213827 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1232  alanine racemase domain-containing protein  41.47 
 
 		 234 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000871207  normal  0.432188 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4967  alanine racemase domain-containing protein  44.12 
 
 		 228 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3054  hypothetical protein  45.16 
 
 		 235 aa  146  2.0000000000000003e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.281414  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05160  hypothetical protein  43.12 
 
 		 230 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.181322  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2477  hypothetical protein  43.12 
 
 		 235 aa  146  3e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.58685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1784  alanine racemase domain-containing protein  40.59 
 
 		 241 aa  145  3e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>