More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0064 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0064  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  100 
 
 		 448 aa  877    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.669376  hitchhiker  0.000186098 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2639  microcin-processing peptidase 1  68.68 
 
 		 473 aa  611  9.999999999999999e-175  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.818625  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2575  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  69.2 
 
 		 447 aa  561  1.0000000000000001e-159  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.336858 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0403  microcin-processing peptidase 1  68.47 
 
 		 449 aa  560  1e-158  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0481166  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0916  microcin-processing peptidase 1  68.75 
 
 		 447 aa  558  1e-157  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0214325  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3001  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  67.19 
 
 		 463 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.382298  normal  0.100895 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2687  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  64.97 
 
 		 450 aa  489  1e-137  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4112  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  49.44 
 
 		 465 aa  389  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0631  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  47.43 
 
 		 468 aa  391  1e-107  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1346  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  50.68 
 
 		 465 aa  384  1e-105  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.200432  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1852  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  48.87 
 
 		 465 aa  381  1e-104  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.405759  decreased coverage  0.000697877 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2560  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  48.2 
 
 		 479 aa  377  1e-103  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.206592  normal  0.703309 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3182  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  49.32 
 
 		 463 aa  372  1e-102  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.167211  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1687  putative Zn-dependent protease, pmbA-like protein  49.44 
 
 		 464 aa  370  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.85577 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0575  microcin-processing peptidase 1  46.67 
 
 		 452 aa  353  2e-96  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.580246  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4708  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  49.05 
 
 		 465 aa  347  2e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0903  PmbA/TldD related protein  45.41 
 
 		 448 aa  346  6e-94  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3042  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  45.54 
 
 		 456 aa  338  9.999999999999999e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0191  pmbA protein  44.85 
 
 		 447 aa  331  1e-89  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0211  pmbA protein  44.62 
 
 		 447 aa  329  5.0000000000000004e-89  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0485  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  44.75 
 
 		 448 aa  324  2e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0599498 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2361  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  45.31 
 
 		 448 aa  317  4e-85  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0529  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  43.61 
 
 		 448 aa  313  3.9999999999999997e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.334504 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0310  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  42.21 
 
 		 446 aa  310  4e-83  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0108287 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0421  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  43.2 
 
 		 448 aa  308  2.0000000000000002e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.753001 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0569  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  45.3 
 
 		 447 aa  305  7e-82  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.289965 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1785  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  44.44 
 
 		 442 aa  305  1.0000000000000001e-81  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.179483  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0434  microcin-processing peptidase 1  43.98 
 
 		 445 aa  304  2.0000000000000002e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1208  TldD/PmbA family protein  39.32 
 
 		 443 aa  299  8e-80  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.99051  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1559  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  40.22 
 
 		 448 aa  292  9e-78  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.792233  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0294  microcin-processing peptidase 1  42.51 
 
 		 448 aa  292  1e-77  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0413  microcin-processing peptidase 1  39.91 
 
 		 452 aa  286  4e-76  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0570132  normal  0.116989 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4534  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  44.1 
 
 		 443 aa  285  2.0000000000000002e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.333963 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0584  microcin-processing peptidase 1  39.55 
 
 		 432 aa  279  6e-74  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000109453  normal  0.168168 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0639  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  38.93 
 
 		 453 aa  272  7e-72  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.169541 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0865  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  40.58 
 
 		 448 aa  269  7e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.619374  normal  0.968432 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0753  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  40.85 
 
 		 448 aa  267  2.9999999999999995e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0158404 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0600  pmbA protein  40.85 
 
 		 448 aa  267  2.9999999999999995e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4261  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  39.07 
 
 		 481 aa  266  8e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0597  microcin-processing peptidase 1  38.43 
 
 		 447 aa  264  2e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3552  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  38.14 
 
 		 456 aa  264  2e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1984  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  39.59 
 
 		 457 aa  264  3e-69  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.189239  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2323  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  38.2 
 
 		 469 aa  263  4.999999999999999e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.118827  normal  0.680287 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2887  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  36.98 
 
 		 468 aa  263  4.999999999999999e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0572  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  38.58 
 
 		 446 aa  263  6.999999999999999e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.37217 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2415  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  38.43 
 
 		 452 aa  262  1e-68  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0422  peptidase PmbA  37.78 
 
 		 450 aa  261  2e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1385  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  38.79 
 
 		 469 aa  261  2e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000808939  normal  0.0131442 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0847  microcin-processing peptidase 1  37.61 
 
 		 448 aa  260  4e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.273419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4384  peptidase PmbA  38.57 
 
 		 446 aa  258  2e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0949  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  37.61 
 
 		 448 aa  257  4e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.438811  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0887  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  38.89 
 
 		 457 aa  256  5e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.537787 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2148  microcin-processing peptidase 1  38.98 
 
 		 446 aa  256  6e-67  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.293206  normal  0.258287 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0267  peptidase PmbA  37.73 
 
 		 446 aa  255  9e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4463  pmbA protein  36.26 
 
 		 448 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0853906  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1053  microcin-processing peptidase 1  37.89 
 
 		 486 aa  254  2.0000000000000002e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3287  microcin-processing peptidase 1  38.27 
 
 		 476 aa  254  2.0000000000000002e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.685721 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0971  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  37.89 
 
 		 469 aa  254  3e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0235752  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0275  peptidase PmbA  37.73 
 
 		 446 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4713  peptidase PmbA  37.75 
 
 		 450 aa  253  5.000000000000001e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0390  microcin-processing peptidase 1  33.57 
 
 		 444 aa  253  5.000000000000001e-66  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.248859  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2079  microcin-processing peptidase 1  38.05 
 
 		 485 aa  253  5.000000000000001e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.941845 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01893  PmbA  37.12 
 
 		 455 aa  253  6e-66  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3663  peptidase PmbA  37.64 
 
 		 446 aa  252  8.000000000000001e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04103  predicted peptidase required for the maturation and secretion of the antibiotic peptide MccB17  37.53 
 
 		 450 aa  252  9.000000000000001e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04067  hypothetical protein  37.53 
 
 		 450 aa  252  9.000000000000001e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.853589  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0527  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  36.42 
 
 		 448 aa  252  9.000000000000001e-66  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3759  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  37.3 
 
 		 450 aa  252  1e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4849  peptidase PmbA  37.3 
 
 		 446 aa  251  1e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5754  peptidase PmbA  37.3 
 
 		 446 aa  251  1e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1274  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  36.78 
 
 		 448 aa  252  1e-65  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.277535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4488  peptidase PmbA  37.3 
 
 		 446 aa  251  1e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4805  peptidase PmbA  37.3 
 
 		 446 aa  251  1e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3821  peptidase PmbA  38.34 
 
 		 446 aa  251  2e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.450146  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12740  Peptidase U62, modulator of DNA gyrase activity  40.27 
 
 		 448 aa  251  2e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0982  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  36.96 
 
 		 448 aa  251  2e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3776  peptidase PmbA  37.3 
 
 		 450 aa  251  2e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0942  pmbA protein  36.96 
 
 		 452 aa  251  3e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.236157  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0383  pmbA protein  38.14 
 
 		 444 aa  251  3e-65  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.976724  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4838  peptidase PmbA  37.75 
 
 		 446 aa  250  3e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4818  peptidase PmbA  37.75 
 
 		 446 aa  250  3e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4688  peptidase PmbA  37.75 
 
 		 446 aa  250  3e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.358914 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4783  peptidase PmbA  37.75 
 
 		 446 aa  250  4e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.137949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0816  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  38.22 
 
 		 457 aa  250  4e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4760  microcin-processing peptidase 1  35.78 
 
 		 460 aa  249  5e-65  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.447651  normal  0.0115347 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2264  microcin-processing peptidase 1  39.24 
 
 		 434 aa  249  6e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2570  microcin-processing peptidase 1  38.29 
 
 		 455 aa  249  6e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3721  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  39.29 
 
 		 459 aa  249  6e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000000190523  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0650  pmbA protein  32.63 
 
 		 448 aa  249  8e-65  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.501682  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4720  peptidase PmbA  37.53 
 
 		 446 aa  248  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4273  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  38.19 
 
 		 448 aa  249  1e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.296435  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0781  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  38.02 
 
 		 456 aa  248  1e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.212486  normal  0.0539475 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2222  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  39.46 
 
 		 470 aa  248  2e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002397  PmbA protein  36.7 
 
 		 447 aa  246  4e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4154  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  35.82 
 
 		 448 aa  246  4e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0193  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  37.14 
 
 		 441 aa  246  4e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.26115  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1673  pmbA protein  38.26 
 
 		 498 aa  246  6.999999999999999e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.463741  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3740  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  37.92 
 
 		 460 aa  245  9e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0482  PmbA protein  37.92 
 
 		 453 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.325985 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1081  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  38.88 
 
 		 456 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>