More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4112 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_2560  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  79.91 
 
 		 479 aa  715    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.206592  normal  0.703309 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1346  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  90 
 
 		 465 aa  790    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.200432  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1852  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  94.41 
 
 		 465 aa  835    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.405759  decreased coverage  0.000697877 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4708  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  82.8 
 
 		 465 aa  712    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4112  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  100 
 
 		 465 aa  935    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3182  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  82.59 
 
 		 463 aa  709    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.167211  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1687  putative Zn-dependent protease, pmbA-like protein  81.03 
 
 		 464 aa  701    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.85577 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0631  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  58.77 
 
 		 468 aa  499  1e-140  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0903  PmbA/TldD related protein  54.75 
 
 		 448 aa  442  1e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0575  microcin-processing peptidase 1  54.68 
 
 		 452 aa  438  1e-121  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.580246  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0191  pmbA protein  52.24 
 
 		 447 aa  412  1e-114  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0211  pmbA protein  52.02 
 
 		 447 aa  409  1e-113  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1785  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  56.21 
 
 		 442 aa  411  1e-113  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.179483  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2639  microcin-processing peptidase 1  50.34 
 
 		 473 aa  409  1e-113  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.818625  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3042  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  51.56 
 
 		 456 aa  410  1e-113  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0421  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  54.46 
 
 		 448 aa  404  1e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.753001 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0485  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  52.8 
 
 		 448 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0599498 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0529  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  52.57 
 
 		 448 aa  394  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.334504 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0310  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  50.61 
 
 		 446 aa  395  1e-108  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0108287 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0294  microcin-processing peptidase 1  51.83 
 
 		 448 aa  391  1e-107  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2361  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  51.31 
 
 		 448 aa  380  1e-104  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1208  TldD/PmbA family protein  48.17 
 
 		 443 aa  372  1e-102  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.99051  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0434  microcin-processing peptidase 1  52.97 
 
 		 445 aa  372  1e-102  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0064  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  49.44 
 
 		 448 aa  360  2e-98  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.669376  hitchhiker  0.000186098 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0569  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  50.37 
 
 		 447 aa  356  5.999999999999999e-97  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.289965 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0403  microcin-processing peptidase 1  49.66 
 
 		 449 aa  350  2e-95  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0481166  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0639  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  43.24 
 
 		 453 aa  343  5e-93  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.169541 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3001  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  47.31 
 
 		 463 aa  342  9e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.382298  normal  0.100895 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2575  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  48.21 
 
 		 447 aa  340  2e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.336858 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0916  microcin-processing peptidase 1  48.09 
 
 		 447 aa  340  2.9999999999999998e-92  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0214325  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4534  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  48.07 
 
 		 443 aa  336  3.9999999999999995e-91  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.333963 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0650  pmbA protein  40.63 
 
 		 448 aa  321  1.9999999999999998e-86  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.501682  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2687  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  48.14 
 
 		 450 aa  318  1e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0390  microcin-processing peptidase 1  40.39 
 
 		 444 aa  317  3e-85  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.248859  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4760  microcin-processing peptidase 1  39.55 
 
 		 460 aa  299  8e-80  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.447651  normal  0.0115347 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0600  pmbA protein  40.53 
 
 		 448 aa  295  2e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0753  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  40.53 
 
 		 448 aa  295  2e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0158404 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2415  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  39.29 
 
 		 452 aa  293  6e-78  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0584  microcin-processing peptidase 1  39.04 
 
 		 432 aa  289  8e-77  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000109453  normal  0.168168 
 
 
-
 
NC_002978  WD1234  pmbA protein  39.02 
 
 		 444 aa  288  2e-76  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01893  PmbA  40.35 
 
 		 455 aa  286  5.999999999999999e-76  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1559  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  37.78 
 
 		 448 aa  283  4.0000000000000003e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.792233  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0422  peptidase PmbA  37.94 
 
 		 450 aa  281  2e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2148  microcin-processing peptidase 1  39.11 
 
 		 446 aa  279  7e-74  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.293206  normal  0.258287 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0413  microcin-processing peptidase 1  38.1 
 
 		 452 aa  277  3e-73  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0570132  normal  0.116989 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04103  predicted peptidase required for the maturation and secretion of the antibiotic peptide MccB17  37.94 
 
 		 450 aa  276  6e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3759  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  37.94 
 
 		 450 aa  276  6e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4849  peptidase PmbA  37.94 
 
 		 446 aa  276  6e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4488  peptidase PmbA  37.94 
 
 		 446 aa  276  6e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04067  hypothetical protein  37.94 
 
 		 450 aa  276  6e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.853589  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5754  peptidase PmbA  37.94 
 
 		 446 aa  276  6e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4805  peptidase PmbA  37.94 
 
 		 446 aa  276  6e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0597  microcin-processing peptidase 1  37.61 
 
 		 447 aa  274  2.0000000000000002e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4713  peptidase PmbA  37.7 
 
 		 450 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0267  peptidase PmbA  37.76 
 
 		 446 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3776  peptidase PmbA  37.47 
 
 		 450 aa  273  5.000000000000001e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0275  peptidase PmbA  38 
 
 		 446 aa  273  5.000000000000001e-72  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2896  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  39.74 
 
 		 455 aa  272  8.000000000000001e-72  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0426  peptidase PmbA  39.16 
 
 		 446 aa  272  1e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3343  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  37 
 
 		 453 aa  271  1e-71  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0433792  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4384  peptidase PmbA  37.7 
 
 		 446 aa  271  1e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4720  peptidase PmbA  37.47 
 
 		 446 aa  272  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0490  peptidase PmbA  39.16 
 
 		 446 aa  272  1e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4818  peptidase PmbA  37.47 
 
 		 446 aa  271  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4688  peptidase PmbA  37.47 
 
 		 446 aa  271  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.358914 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4838  peptidase PmbA  37.47 
 
 		 446 aa  271  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4783  peptidase PmbA  37.24 
 
 		 446 aa  270  4e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.137949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0414  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  38.83 
 
 		 455 aa  270  5e-71  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.273882  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2115  peptidase PmbA  36.98 
 
 		 447 aa  269  7e-71  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1169  peptidase PmbA  38.93 
 
 		 446 aa  268  1e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0355671 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0572  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  38.63 
 
 		 446 aa  268  1e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.37217 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0474  PmbA protein  39.37 
 
 		 455 aa  268  2e-70  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.184246  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3740  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  39.61 
 
 		 460 aa  268  2e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3663  peptidase PmbA  38.32 
 
 		 446 aa  268  2e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1984  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  36.65 
 
 		 457 aa  267  2.9999999999999995e-70  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.189239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2232  microcin-processing peptidase 1  37.61 
 
 		 446 aa  266  5e-70  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.352601  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3721  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  36.7 
 
 		 459 aa  263  4.999999999999999e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000000190523  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00273  pmbA protein  37.39 
 
 		 443 aa  261  3e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0193  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  35.89 
 
 		 441 aa  260  4e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.26115  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0492  peptidase PmbA  37.64 
 
 		 447 aa  259  5.0000000000000005e-68  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.855998  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2264  microcin-processing peptidase 1  38.01 
 
 		 434 aa  259  5.0000000000000005e-68  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002397  PmbA protein  35.35 
 
 		 447 aa  259  1e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03671  peptidase PmbA  35.28 
 
 		 447 aa  258  1e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3821  peptidase PmbA  36.83 
 
 		 446 aa  259  1e-67  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.450146  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3552  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  36.93 
 
 		 456 aa  258  2e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0383  pmbA protein  36.65 
 
 		 444 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.976724  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4388  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  35.4 
 
 		 446 aa  253  5.000000000000001e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2133  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  37.84 
 
 		 448 aa  251  2e-65  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2079  microcin-processing peptidase 1  36.14 
 
 		 485 aa  250  4e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.941845 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2887  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  35.65 
 
 		 468 aa  249  6e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2222  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  37.56 
 
 		 470 aa  249  8e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4551  pmbA protein  36.61 
 
 		 453 aa  249  1e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1735  hypothetical protein  34.53 
 
 		 452 aa  249  1e-64  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3287  microcin-processing peptidase 1  33.76 
 
 		 476 aa  249  1e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.685721 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1673  pmbA protein  36.89 
 
 		 498 aa  248  2e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.463741  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1385  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  35.36 
 
 		 469 aa  248  2e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000808939  normal  0.0131442 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1735  hypothetical protein  34.3 
 
 		 452 aa  247  3e-64  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0416  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  36.92 
 
 		 446 aa  247  3e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2844  TldD/PmbA family protein  36.44 
 
 		 456 aa  246  8e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0538  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  35.09 
 
 		 447 aa  246  8e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>