More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1852 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_2560  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  80.58 
 
 
479 aa  716    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.206592  normal  0.703309 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1852  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  100 
 
 
465 aa  933    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.405759  decreased coverage  0.000697877 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4708  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  81.51 
 
 
465 aa  707    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4112  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  94.41 
 
 
465 aa  836    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3182  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  82.81 
 
 
463 aa  707    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.167211  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1346  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  90 
 
 
465 aa  790    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.200432  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1687  putative Zn-dependent protease, pmbA-like protein  80.8 
 
 
464 aa  702    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.85577 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0631  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  56.62 
 
 
468 aa  500  1e-140  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0903  PmbA/TldD related protein  54.57 
 
 
448 aa  441  9.999999999999999e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0575  microcin-processing peptidase 1  54.92 
 
 
452 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.580246  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0211  pmbA protein  52.02 
 
 
447 aa  412  1e-114  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0191  pmbA protein  52.24 
 
 
447 aa  415  1e-114  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3042  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  51.79 
 
 
456 aa  409  1e-113  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0421  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  54.24 
 
 
448 aa  402  1e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.753001 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2639  microcin-processing peptidase 1  48.64 
 
 
473 aa  405  1e-111  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.818625  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1785  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  55.97 
 
 
442 aa  404  1e-111  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.179483  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0294  microcin-processing peptidase 1  51.94 
 
 
448 aa  396  1e-109  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0310  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  50.85 
 
 
446 aa  393  1e-108  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0108287 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0485  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  52.57 
 
 
448 aa  394  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0599498 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0529  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  52.57 
 
 
448 aa  391  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.334504 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2361  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  51.31 
 
 
448 aa  380  1e-104  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1208  TldD/PmbA family protein  48.17 
 
 
443 aa  375  1e-103  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.99051  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0434  microcin-processing peptidase 1  52.72 
 
 
445 aa  372  1e-101  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0064  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  49.55 
 
 
448 aa  366  1e-100  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.669376  hitchhiker  0.000186098 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0569  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  50.61 
 
 
447 aa  357  1.9999999999999998e-97  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.289965 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0403  microcin-processing peptidase 1  49.66 
 
 
449 aa  356  5.999999999999999e-97  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0481166  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0916  microcin-processing peptidase 1  48.76 
 
 
447 aa  350  4e-95  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0214325  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2575  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  48.65 
 
 
447 aa  350  4e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.336858 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0639  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  43.24 
 
 
453 aa  348  2e-94  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.169541 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3001  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  49.33 
 
 
463 aa  347  4e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.382298  normal  0.100895 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4534  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  48.48 
 
 
443 aa  337  2.9999999999999997e-91  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.333963 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2687  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  48.14 
 
 
450 aa  324  2e-87  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0650  pmbA protein  39.76 
 
 
448 aa  319  6e-86  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.501682  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0390  microcin-processing peptidase 1  39.06 
 
 
444 aa  312  1e-83  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.248859  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2415  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  39.96 
 
 
452 aa  303  3.0000000000000004e-81  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4760  microcin-processing peptidase 1  40.22 
 
 
460 aa  301  2e-80  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.447651  normal  0.0115347 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0753  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  40.4 
 
 
448 aa  291  1e-77  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0158404 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0600  pmbA protein  40.4 
 
 
448 aa  291  1e-77  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01893  PmbA  41.18 
 
 
455 aa  290  4e-77  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0584  microcin-processing peptidase 1  38.36 
 
 
432 aa  288  1e-76  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000109453  normal  0.168168 
 
 
-
 
NC_002978  WD1234  pmbA protein  38.54 
 
 
444 aa  288  2e-76  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0422  peptidase PmbA  37.94 
 
 
450 aa  286  5.999999999999999e-76  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1559  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  37.33 
 
 
448 aa  284  3.0000000000000004e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.792233  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2232  microcin-processing peptidase 1  39.41 
 
 
446 aa  283  5.000000000000001e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.352601  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2148  microcin-processing peptidase 1  38.19 
 
 
446 aa  281  2e-74  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.293206  normal  0.258287 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0413  microcin-processing peptidase 1  38.32 
 
 
452 aa  281  2e-74  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0570132  normal  0.116989 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0572  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  36.98 
 
 
446 aa  281  2e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.37217 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4720  peptidase PmbA  38.32 
 
 
446 aa  281  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4688  peptidase PmbA  37.78 
 
 
446 aa  280  4e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.358914 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4818  peptidase PmbA  37.78 
 
 
446 aa  280  4e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4838  peptidase PmbA  37.78 
 
 
446 aa  280  4e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3759  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  36.97 
 
 
450 aa  279  7e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4783  peptidase PmbA  37.56 
 
 
446 aa  279  8e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.137949  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4849  peptidase PmbA  36.97 
 
 
446 aa  279  8e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4488  peptidase PmbA  36.97 
 
 
446 aa  279  8e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4805  peptidase PmbA  36.97 
 
 
446 aa  279  8e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5754  peptidase PmbA  36.97 
 
 
446 aa  279  8e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4713  peptidase PmbA  37.7 
 
 
450 aa  279  9e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04103  predicted peptidase required for the maturation and secretion of the antibiotic peptide MccB17  37.47 
 
 
450 aa  279  1e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04067  hypothetical protein  37.47 
 
 
450 aa  279  1e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.853589  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3776  peptidase PmbA  37.47 
 
 
450 aa  278  2e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3740  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  37.83 
 
 
460 aa  277  3e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4384  peptidase PmbA  36.32 
 
 
446 aa  275  1.0000000000000001e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1984  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  37.92 
 
 
457 aa  275  1.0000000000000001e-72  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.189239  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0267  peptidase PmbA  37.06 
 
 
446 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0597  microcin-processing peptidase 1  36.71 
 
 
447 aa  274  2.0000000000000002e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0414  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  40.27 
 
 
455 aa  274  2.0000000000000002e-72  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.273882  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0275  peptidase PmbA  37.06 
 
 
446 aa  273  5.000000000000001e-72  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2896  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  40.22 
 
 
455 aa  272  7e-72  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3721  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  37.39 
 
 
459 aa  272  9e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000000190523  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0474  PmbA protein  40.05 
 
 
455 aa  272  1e-71  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.184246  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3663  peptidase PmbA  37.08 
 
 
446 aa  271  2e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2264  microcin-processing peptidase 1  40.39 
 
 
434 aa  271  2e-71  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3343  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  37 
 
 
453 aa  271  2.9999999999999997e-71  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0433792  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00273  pmbA protein  37.06 
 
 
443 aa  268  1e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0193  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  35.92 
 
 
441 aa  267  4e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.26115  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2115  peptidase PmbA  36.43 
 
 
447 aa  266  8.999999999999999e-70  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0426  peptidase PmbA  38.23 
 
 
446 aa  265  1e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0490  peptidase PmbA  38.23 
 
 
446 aa  265  1e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0383  pmbA protein  39.19 
 
 
444 aa  263  4e-69  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.976724  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3821  peptidase PmbA  36.83 
 
 
446 aa  262  1e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.450146  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1169  peptidase PmbA  38 
 
 
446 aa  261  2e-68  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0355671 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0416  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  35.37 
 
 
446 aa  259  9e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0492  peptidase PmbA  36.96 
 
 
447 aa  258  1e-67  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.855998  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03671  peptidase PmbA  34.58 
 
 
447 aa  257  3e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2133  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  37.28 
 
 
448 aa  257  3e-67  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0538  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  35.51 
 
 
447 aa  257  4e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4388  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  37.41 
 
 
446 aa  256  5e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2222  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  38.44 
 
 
470 aa  256  6e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3805  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  35.51 
 
 
461 aa  256  6e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0533  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  35.51 
 
 
461 aa  255  9e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0594  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  35.51 
 
 
447 aa  255  1.0000000000000001e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1735  hypothetical protein  35.2 
 
 
452 aa  255  1.0000000000000001e-66  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0512  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  35.51 
 
 
461 aa  255  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2079  microcin-processing peptidase 1  36.82 
 
 
485 aa  255  1.0000000000000001e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.941845 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3067  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  36.9 
 
 
447 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3455  microcin-processing peptidase 1  35.43 
 
 
447 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0495  microcin-processing peptidase 1  35.43 
 
 
447 aa  255  2.0000000000000002e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3631  microcin-processing peptidase 1  35.43 
 
 
447 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0847  microcin-processing peptidase 1  35.87 
 
 
448 aa  254  3e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.273419  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>