More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0193 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0193  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  100 
 
 		 441 aa  906    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.26115  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00273  pmbA protein  67.05 
 
 		 443 aa  624  1e-178  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002397  PmbA protein  62.5 
 
 		 447 aa  561  1.0000000000000001e-159  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4551  pmbA protein  61.99 
 
 		 453 aa  551  1e-156  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03671  peptidase PmbA  61.82 
 
 		 447 aa  554  1e-156  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2115  peptidase PmbA  61.05 
 
 		 447 aa  548  1e-155  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04103  predicted peptidase required for the maturation and secretion of the antibiotic peptide MccB17  57.5 
 
 		 450 aa  535  1e-151  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4713  peptidase PmbA  57.73 
 
 		 450 aa  535  1e-151  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04067  hypothetical protein  57.5 
 
 		 450 aa  535  1e-151  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.853589  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3759  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  57.27 
 
 		 450 aa  533  1e-150  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4488  peptidase PmbA  57.27 
 
 		 446 aa  533  1e-150  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4805  peptidase PmbA  57.27 
 
 		 446 aa  533  1e-150  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4849  peptidase PmbA  57.27 
 
 		 446 aa  533  1e-150  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5754  peptidase PmbA  57.27 
 
 		 446 aa  533  1e-150  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3776  peptidase PmbA  57.5 
 
 		 450 aa  534  1e-150  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4384  peptidase PmbA  57.53 
 
 		 446 aa  525  1e-148  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0492  peptidase PmbA  59.64 
 
 		 447 aa  527  1e-148  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.855998  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4818  peptidase PmbA  56.59 
 
 		 446 aa  525  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4838  peptidase PmbA  56.59 
 
 		 446 aa  525  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4688  peptidase PmbA  56.59 
 
 		 446 aa  525  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.358914 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0275  peptidase PmbA  57.86 
 
 		 446 aa  524  1e-147  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4720  peptidase PmbA  56.36 
 
 		 446 aa  522  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0267  peptidase PmbA  57.18 
 
 		 446 aa  521  1e-147  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0422  peptidase PmbA  56.59 
 
 		 450 aa  522  1e-147  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4783  peptidase PmbA  56.36 
 
 		 446 aa  523  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.137949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0572  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  57.76 
 
 		 446 aa  523  1e-147  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.37217 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3663  peptidase PmbA  57.53 
 
 		 446 aa  521  1e-146  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0490  peptidase PmbA  58.54 
 
 		 446 aa  517  1.0000000000000001e-145  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0426  peptidase PmbA  58.54 
 
 		 446 aa  517  1.0000000000000001e-145  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4078  pmba protein  57.24 
 
 		 447 aa  514  1e-144  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1169  peptidase PmbA  58.31 
 
 		 446 aa  513  1e-144  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0355671 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4388  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  56.51 
 
 		 446 aa  509  1e-143  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0495  microcin-processing peptidase 1  56.56 
 
 		 447 aa  509  1e-143  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3740  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  57.08 
 
 		 460 aa  509  1e-143  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0482  PmbA protein  57.01 
 
 		 453 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.325985 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0512  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  55.88 
 
 		 461 aa  508  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3455  microcin-processing peptidase 1  56.33 
 
 		 447 aa  508  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3805  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  55.66 
 
 		 461 aa  505  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0538  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  55.66 
 
 		 447 aa  504  1e-141  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0594  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  55.88 
 
 		 447 aa  503  1e-141  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3821  peptidase PmbA  56.62 
 
 		 446 aa  501  1e-141  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.450146  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0533  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  55.43 
 
 		 461 aa  503  1e-141  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1327  antibiotic maturation factor  56.36 
 
 		 450 aa  504  1e-141  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3631  microcin-processing peptidase 1  56.11 
 
 		 447 aa  504  1e-141  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0416  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  55.78 
 
 		 446 aa  495  1e-139  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3721  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  55.88 
 
 		 459 aa  497  1e-139  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000000190523  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0942  pmbA protein  52.28 
 
 		 452 aa  472  1e-132  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.236157  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0383  pmbA protein  52.5 
 
 		 444 aa  473  1e-132  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.976724  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0982  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  52.28 
 
 		 448 aa  473  1e-132  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3067  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  56.04 
 
 		 447 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1132  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  51.7 
 
 		 441 aa  469  1.0000000000000001e-131  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0798905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4273  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  52.28 
 
 		 448 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.296435  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0847  microcin-processing peptidase 1  52.05 
 
 		 448 aa  465  9.999999999999999e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.273419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0949  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  51.83 
 
 		 448 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.438811  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0597  microcin-processing peptidase 1  52.87 
 
 		 447 aa  456  1e-127  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0584  microcin-processing peptidase 1  55.74 
 
 		 432 aa  457  1e-127  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000109453  normal  0.168168 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4463  pmbA protein  50.68 
 
 		 448 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0853906  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4154  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  51.14 
 
 		 448 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0413  microcin-processing peptidase 1  51.26 
 
 		 452 aa  452  1.0000000000000001e-126  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0570132  normal  0.116989 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58050  PmbA protein  52.06 
 
 		 449 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0170866  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5086  putative modulator of DNA gyrase  51.61 
 
 		 449 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0865  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  52.05 
 
 		 448 aa  442  1e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.619374  normal  0.968432 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2232  microcin-processing peptidase 1  51.94 
 
 		 446 aa  443  1e-123  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.352601  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1735  hypothetical protein  51.14 
 
 		 452 aa  439  9.999999999999999e-123  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12740  Peptidase U62, modulator of DNA gyrase activity  51.83 
 
 		 448 aa  439  9.999999999999999e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1735  hypothetical protein  50.68 
 
 		 452 aa  435  1e-121  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01893  PmbA  50.11 
 
 		 455 aa  437  1e-121  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2133  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  49.08 
 
 		 448 aa  429  1e-119  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1984  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  50.23 
 
 		 457 aa  431  1e-119  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.189239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2415  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  51.38 
 
 		 452 aa  429  1e-119  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2264  microcin-processing peptidase 1  52.07 
 
 		 434 aa  429  1e-119  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1559  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  48.97 
 
 		 448 aa  430  1e-119  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.792233  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2148  microcin-processing peptidase 1  52.46 
 
 		 446 aa  426  1e-118  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.293206  normal  0.258287 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0600  pmbA protein  53.56 
 
 		 448 aa  427  1e-118  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0753  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  53.56 
 
 		 448 aa  427  1e-118  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0158404 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0887  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  50 
 
 		 457 aa  419  1e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.537787 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0816  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  49.54 
 
 		 457 aa  420  1e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2570  microcin-processing peptidase 1  50.91 
 
 		 455 aa  419  1e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0911  microcin-processing peptidase 1  50.91 
 
 		 460 aa  415  9.999999999999999e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0781  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  50.34 
 
 		 456 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.212486  normal  0.0539475 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0474  PmbA protein  48.18 
 
 		 455 aa  415  9.999999999999999e-116  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.184246  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0414  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  48.3 
 
 		 455 aa  411  1e-113  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.273882  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2965  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  49.54 
 
 		 456 aa  411  1e-113  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.194502  normal  0.400947 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3552  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  49.77 
 
 		 456 aa  409  1e-113  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2836  PmbA protein  49.43 
 
 		 455 aa  411  1e-113  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.442501  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0389  pmbA protein  49.09 
 
 		 456 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2222  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  49.43 
 
 		 470 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1040  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  49.2 
 
 		 456 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4195  microcin-processing peptidase 1  49.2 
 
 		 456 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2532  pmbA protein  49.09 
 
 		 456 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1673  pmbA protein  49.43 
 
 		 498 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.463741  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2904  TldD/PmbA family protein  49.09 
 
 		 456 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2844  TldD/PmbA family protein  49.09 
 
 		 456 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1019  microcin-processing peptidase 1  49.77 
 
 		 456 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.946133 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0242  pmbA protein  49.09 
 
 		 456 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2896  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  48.29 
 
 		 455 aa  406  1.0000000000000001e-112  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0602  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  49.2 
 
 		 456 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0961  peptidase U62 modulator of DNA gyrase  49.2 
 
 		 456 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.713767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0957  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  49.2 
 
 		 456 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1081  peptidase U62, modulator of DNA gyrase  49.2 
 
 		 456 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>