43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0055 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0055  DNA polymerase III, delta subunit  100 
 
 		 341 aa  669    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000100325 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0043  DNA polymerase III, delta subunit  60.06 
 
 		 342 aa  402  1e-111  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.302173 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0409  DNA polymerase III, delta subunit  59.05 
 
 		 343 aa  375  1e-103  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2767  DNA polymerase III, delta subunit  59.33 
 
 		 342 aa  355  7.999999999999999e-97  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2496  DNA polymerase III, delta  51.67 
 
 		 330 aa  322  5e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.776259 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0838  DNA polymerase III, delta subunit  50.61 
 
 		 330 aa  315  5e-85  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3137  DNA polymerase III, delta  52.42 
 
 		 330 aa  314  9.999999999999999e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.226338  hitchhiker  0.0000037205 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3629  DNA polymerase III subunit delta  34.12 
 
 		 342 aa  119  7e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.628858  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2959  DNA polymerase III, delta subunit  31.3 
 
 		 350 aa  104  2e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1278  DNA polymerase III subunit delta  30.81 
 
 		 347 aa  97.8  2e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0093  DNA polymerase III subunit delta  31.91 
 
 		 342 aa  92.4  9e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.194892 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0387  DNA polymerase III subunit delta  32.61 
 
 		 342 aa  90.1  5e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.252909  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0100  DNA polymerase III subunit delta  33.76 
 
 		 342 aa  87  4e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.427702  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0286  DNA polymerase III subunit delta  28.65 
 
 		 342 aa  84.3  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1587  DNA polymerase III subunit delta  29.53 
 
 		 343 aa  82.4  0.000000000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0083136 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0434  DNA polymerase III subunit delta  34.32 
 
 		 342 aa  82  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1866  DNA polymerase III subunit delta  29.24 
 
 		 343 aa  82  0.00000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0971828 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0292  DNA polymerase III subunit delta  31.37 
 
 		 343 aa  79.7  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.259297  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1652  DNA polymerase III subunit delta  28.36 
 
 		 343 aa  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.884155 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1024  DNA polymerase III subunit delta  28.28 
 
 		 342 aa  75.5  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3317  DNA polymerase III subunit delta  27.62 
 
 		 345 aa  74.3  0.000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1448  DNA polymerase III subunit delta  33.5 
 
 		 342 aa  69.7  0.00000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0077  DNA polymerase III, delta subunit  19.8 
 
 		 334 aa  68.2  0.0000000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0222  DNA polymerase III, delta subunit  27.27 
 
 		 340 aa  67.4  0.0000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.730888  normal  0.129327 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1406  DNA polymerase III subunit delta  29.91 
 
 		 342 aa  67.4  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.242045 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0169  DNA polymerase III subunit delta  29.82 
 
 		 342 aa  67.8  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2048  DNA polymerase III subunit delta  28.65 
 
 		 334 aa  65.9  0.000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.296688  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0339  DNA polymerase III, delta subunit  27.19 
 
 		 338 aa  65.1  0.000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00729017 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0050  DNA polymerase III subunit delta  24.85 
 
 		 347 aa  60.8  0.00000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4384  DNA polymerase III subunit delta  25.21 
 
 		 347 aa  60.1  0.00000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3217  DNA polymerase III, delta subunit  26.53 
 
 		 340 aa  59.7  0.00000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0863  DNA polymerase III subunit delta  25.66 
 
 		 347 aa  56.6  0.0000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3200  DNA polymerase III subunit delta  26.15 
 
 		 343 aa  56.2  0.0000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4096  DNA polymerase III subunit delta  30.49 
 
 		 345 aa  56.6  0.0000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.327315  normal  0.0146653 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5028  DNA polymerase III subunit delta  26.35 
 
 		 350 aa  54.7  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.726212 
 
 
-
 
NC_004310  BR2057  DNA polymerase III subunit delta  24.4 
 
 		 347 aa  54.3  0.000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0126  hypothetical protein  20.48 
 
 		 334 aa  53.9  0.000003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1977  DNA polymerase III subunit delta  24.44 
 
 		 388 aa  53.1  0.000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.286095  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4252  DNA polymerase III subunit delta  26.72 
 
 		 346 aa  52.8  0.000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.400931 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3018  DNA polymerase III, delta subunit  28.93 
 
 		 343 aa  51.2  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3379  DNA polymerase III, delta subunit  27.91 
 
 		 346 aa  48.1  0.0002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.126679  normal  0.707778 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3926  DNA polymerase III subunit delta  26.23 
 
 		 346 aa  48.1  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.455818 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2850  DNA polymerase III, delta subunit  33.03 
 
 		 340 aa  44.7  0.002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.160345  normal  0.104898 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>