82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_1448 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_1448  DNA polymerase III subunit delta  100 
 
 		 342 aa  658    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0286  DNA polymerase III subunit delta  45 
 
 		 342 aa  278  1e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0387  DNA polymerase III subunit delta  45.29 
 
 		 342 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.252909  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0100  DNA polymerase III subunit delta  46.18 
 
 		 342 aa  273  4.0000000000000004e-72  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.427702  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0093  DNA polymerase III subunit delta  44.12 
 
 		 342 aa  269  5.9999999999999995e-71  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.194892 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1024  DNA polymerase III subunit delta  46.65 
 
 		 342 aa  267  2e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0434  DNA polymerase III subunit delta  45.32 
 
 		 342 aa  262  4.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1587  DNA polymerase III subunit delta  47.54 
 
 		 343 aa  262  6.999999999999999e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0083136 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0292  DNA polymerase III subunit delta  44.61 
 
 		 343 aa  261  1e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.259297  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1866  DNA polymerase III subunit delta  46.96 
 
 		 343 aa  259  6e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0971828 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0169  DNA polymerase III subunit delta  42.65 
 
 		 342 aa  258  9e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1652  DNA polymerase III subunit delta  46.96 
 
 		 343 aa  256  3e-67  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.884155 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1406  DNA polymerase III subunit delta  45.03 
 
 		 342 aa  252  8.000000000000001e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.242045 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4096  DNA polymerase III subunit delta  46.04 
 
 		 345 aa  242  7.999999999999999e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.327315  normal  0.0146653 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1977  DNA polymerase III subunit delta  36.99 
 
 		 388 aa  225  1e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.286095  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0863  DNA polymerase III subunit delta  36.31 
 
 		 347 aa  224  2e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2057  DNA polymerase III subunit delta  36.71 
 
 		 347 aa  224  2e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0050  DNA polymerase III subunit delta  37.61 
 
 		 347 aa  216  2.9999999999999998e-55  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0222  DNA polymerase III, delta subunit  40 
 
 		 340 aa  208  9e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.730888  normal  0.129327 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0339  DNA polymerase III, delta subunit  39.83 
 
 		 338 aa  208  1e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00729017 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3317  DNA polymerase III subunit delta  35.55 
 
 		 345 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4252  DNA polymerase III subunit delta  35.16 
 
 		 346 aa  196  4.0000000000000005e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.400931 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3926  DNA polymerase III subunit delta  36.02 
 
 		 346 aa  195  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.455818 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4384  DNA polymerase III subunit delta  35.84 
 
 		 347 aa  188  1e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3200  DNA polymerase III subunit delta  36.63 
 
 		 343 aa  185  1.0000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3629  DNA polymerase III subunit delta  37.46 
 
 		 342 aa  175  8e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.628858  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0639  DNA polymerase III subunit delta  37.2 
 
 		 337 aa  166  4e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.858672 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1278  DNA polymerase III subunit delta  38.04 
 
 		 347 aa  158  2e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2048  DNA polymerase III subunit delta  37.39 
 
 		 334 aa  152  1e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.296688  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2959  DNA polymerase III, delta subunit  38.19 
 
 		 350 aa  146  6e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0043  DNA polymerase III, delta subunit  27.84 
 
 		 342 aa  103  6e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.302173 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5028  DNA polymerase III subunit delta  31.16 
 
 		 350 aa  103  6e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.726212 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0077  DNA polymerase III, delta subunit  20.07 
 
 		 334 aa  90.9  3e-17  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0126  hypothetical protein  19.45 
 
 		 334 aa  89.4  9e-17  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2850  DNA polymerase III, delta subunit  30.62 
 
 		 340 aa  83.2  0.000000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.160345  normal  0.104898 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0625  DNA polymerase III subunit delta  29.23 
 
 		 351 aa  80.1  0.00000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4849  DNA polymerase III subunit delta  31.41 
 
 		 351 aa  79.3  0.00000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4671  DNA polymerase III subunit delta  31.32 
 
 		 345 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4796  DNA polymerase III subunit delta  31.32 
 
 		 345 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.306681 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4959  DNA polymerase III subunit delta  30.21 
 
 		 345 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.67916 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4354  DNA polymerase III subunit delta  27.97 
 
 		 345 aa  73.9  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4814  DNA polymerase III, delta subunit  27.97 
 
 		 345 aa  73.9  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.664461  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0055  DNA polymerase III, delta subunit  26.98 
 
 		 341 aa  72  0.00000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000100325 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2767  DNA polymerase III, delta subunit  28.9 
 
 		 342 aa  71.6  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2496  DNA polymerase III, delta  28.45 
 
 		 330 aa  70.5  0.00000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.776259 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3379  DNA polymerase III, delta subunit  25.56 
 
 		 346 aa  67.8  0.0000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.126679  normal  0.707778 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0409  DNA polymerase III, delta subunit  27.46 
 
 		 343 aa  68.6  0.0000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0838  DNA polymerase III, delta subunit  28.15 
 
 		 330 aa  67.4  0.0000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3788  DNA polymerase III subunit delta  25.37 
 
 		 342 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.350473  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0364  hypothetical protein  21.4 
 
 		 330 aa  63.5  0.000000005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2931  DNA polymerase III, delta subunit  24.35 
 
 		 343 aa  62.8  0.000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.118412  decreased coverage  0.00725914 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1119  DNA polymerase III subunit delta  27.78 
 
 		 345 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.774232  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3018  DNA polymerase III, delta subunit  24.09 
 
 		 343 aa  61.6  0.00000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12200  DNA polymerase III subunit delta  27.78 
 
 		 345 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.754313  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08980  DNA polymerase III subunit delta  25.71 
 
 		 346 aa  60.8  0.00000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0881789  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0755  DNA polymerase III, delta subunit  23.81 
 
 		 329 aa  59.7  0.00000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00516911  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3137  DNA polymerase III, delta  26.67 
 
 		 330 aa  57.8  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.226338  hitchhiker  0.0000037205 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3591  DNA polymerase III, delta subunit  25.12 
 
 		 328 aa  55.8  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.490351  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0703  DNA polymerase III, delta subunit  19.46 
 
 		 344 aa  54.3  0.000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000446236  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1564  DNA polymerase III, delta subunit  21.37 
 
 		 340 aa  54.3  0.000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01661  putative DNA polymerase III, delta subunit, probably ATP hydrolase  22.76 
 
 		 320 aa  52.8  0.000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000516884  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1587  DNA polymerase III, delta subunit  26.13 
 
 		 333 aa  51.6  0.00002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0770  DNA polymerase III, delta subunit  24.34 
 
 		 329 aa  50.4  0.00004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0617  DNA polymerase III, delta subunit  27.11 
 
 		 330 aa  49.3  0.00009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.733396  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2356  DNA polymerase III, delta subunit  27.66 
 
 		 374 aa  49.3  0.00009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.855853 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0457  DNA polymerase III, delta subunit  27.11 
 
 		 330 aa  49.3  0.00009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.199837  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1720  DNA polymerase III, delta subunit  20.14 
 
 		 354 aa  48.9  0.0001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3217  DNA polymerase III, delta subunit  24.04 
 
 		 340 aa  48.9  0.0001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0203  DNA polymerase III, delta subunit  26.67 
 
 		 334 aa  48.1  0.0002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4316  DNA polymerase III, delta subunit  23.18 
 
 		 332 aa  47  0.0004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00186458  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2663  DNA polymerase III, delta subunit  24.3 
 
 		 344 aa  47  0.0005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.193878  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1404  DNA polymerase III, delta subunit  23.79 
 
 		 389 aa  47  0.0005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.162572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2110  DNA polymerase III, delta subunit  23.53 
 
 		 336 aa  46.6  0.0005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12890  DNA polymerase III, delta subunit  23.05 
 
 		 337 aa  46.6  0.0007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  6.02263e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1185  DNA polymerase III subunit delta  24.51 
 
 		 341 aa  46.2  0.0009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.37813  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1555  DNA polymerase III subunit delta  21.69 
 
 		 346 aa  45.4  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0502343  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3146  DNA polymerase III subunit delta  23.74 
 
 		 341 aa  44.7  0.003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3310  DNA polymerase III subunit delta  25.3 
 
 		 348 aa  43.9  0.004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0143934 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2346  DNA polymerase III subunit delta  26.85 
 
 		 352 aa  44.3  0.004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.21014  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1174  DNA polymerase III subunit delta  23.21 
 
 		 343 aa  43.5  0.006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.874565  normal  0.138606 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3704  DNA polymerase III, delta subunit  19.39 
 
 		 346 aa  42.7  0.01  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000203003  decreased coverage  0.000000325428 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2277  DNA-directed DNA polymerase  27.11 
 
 		 344 aa  42.7  0.01  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>