76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0434 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0434  DNA polymerase III subunit delta  100 
 
 		 342 aa  672    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0387  DNA polymerase III subunit delta  91.81 
 
 		 342 aa  620  1e-177  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.252909  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0292  DNA polymerase III subunit delta  86.88 
 
 		 343 aa  594  1e-169  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.259297  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0093  DNA polymerase III subunit delta  71.93 
 
 		 342 aa  502  1e-141  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.194892 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0286  DNA polymerase III subunit delta  71.55 
 
 		 342 aa  503  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0169  DNA polymerase III subunit delta  71.35 
 
 		 342 aa  498  1e-140  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0100  DNA polymerase III subunit delta  74.56 
 
 		 342 aa  499  1e-140  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.427702  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1448  DNA polymerase III subunit delta  45.32 
 
 		 342 aa  261  8.999999999999999e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1587  DNA polymerase III subunit delta  43.15 
 
 		 343 aa  250  3e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0083136 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1652  DNA polymerase III subunit delta  42.57 
 
 		 343 aa  249  6e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.884155 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1866  DNA polymerase III subunit delta  43.6 
 
 		 343 aa  248  1e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0971828 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0222  DNA polymerase III, delta subunit  40.71 
 
 		 340 aa  243  3e-63  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.730888  normal  0.129327 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0339  DNA polymerase III, delta subunit  42.69 
 
 		 338 aa  242  7.999999999999999e-63  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00729017 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1024  DNA polymerase III subunit delta  42.57 
 
 		 342 aa  240  2e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1977  DNA polymerase III subunit delta  39.31 
 
 		 388 aa  230  3e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.286095  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4096  DNA polymerase III subunit delta  42.68 
 
 		 345 aa  229  5e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.327315  normal  0.0146653 
 
 
-
 
NC_004310  BR2057  DNA polymerase III subunit delta  38.48 
 
 		 347 aa  228  1e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1406  DNA polymerase III subunit delta  41.69 
 
 		 342 aa  226  3e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.242045 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0863  DNA polymerase III subunit delta  36.44 
 
 		 347 aa  219  7.999999999999999e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3317  DNA polymerase III subunit delta  38.95 
 
 		 345 aa  211  1e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0050  DNA polymerase III subunit delta  35.76 
 
 		 347 aa  204  2e-51  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3200  DNA polymerase III subunit delta  35.47 
 
 		 343 aa  187  2e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3926  DNA polymerase III subunit delta  35.94 
 
 		 346 aa  178  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.455818 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4252  DNA polymerase III subunit delta  34.78 
 
 		 346 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.400931 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4384  DNA polymerase III subunit delta  33.33 
 
 		 347 aa  167  2e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3629  DNA polymerase III subunit delta  31.66 
 
 		 342 aa  157  3e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.628858  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2959  DNA polymerase III, delta subunit  34.89 
 
 		 350 aa  148  2.0000000000000003e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0639  DNA polymerase III subunit delta  32.25 
 
 		 337 aa  132  6e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.858672 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1278  DNA polymerase III subunit delta  34.91 
 
 		 347 aa  132  1.0000000000000001e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2048  DNA polymerase III subunit delta  31.66 
 
 		 334 aa  110  4.0000000000000004e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.296688  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5028  DNA polymerase III subunit delta  29.6 
 
 		 350 aa  98.6  2e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.726212 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0043  DNA polymerase III, delta subunit  25.79 
 
 		 342 aa  90.1  4e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.302173 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0077  DNA polymerase III, delta subunit  21.94 
 
 		 334 aa  87.4  3e-16  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0055  DNA polymerase III, delta subunit  30.7 
 
 		 341 aa  85.1  0.000000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000100325 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2767  DNA polymerase III, delta subunit  27.95 
 
 		 342 aa  85.1  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0126  hypothetical protein  25.97 
 
 		 334 aa  80.5  0.00000000000004  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0838  DNA polymerase III, delta subunit  28.52 
 
 		 330 aa  75.1  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2496  DNA polymerase III, delta  28.15 
 
 		 330 aa  74.3  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.776259 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2850  DNA polymerase III, delta subunit  27.43 
 
 		 340 aa  73.2  0.000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.160345  normal  0.104898 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3217  DNA polymerase III, delta subunit  27.85 
 
 		 340 aa  72.8  0.000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0364  hypothetical protein  20.8 
 
 		 330 aa  71.6  0.00000000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3137  DNA polymerase III, delta  26.76 
 
 		 330 aa  69.7  0.00000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.226338  hitchhiker  0.0000037205 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3379  DNA polymerase III, delta subunit  25.66 
 
 		 346 aa  60.1  0.00000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.126679  normal  0.707778 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0755  DNA polymerase III, delta subunit  23.17 
 
 		 329 aa  60.1  0.00000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00516911  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0770  DNA polymerase III, delta subunit  23.68 
 
 		 329 aa  57.8  0.0000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3018  DNA polymerase III, delta subunit  27.73 
 
 		 343 aa  57.8  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4796  DNA polymerase III subunit delta  24.07 
 
 		 345 aa  57  0.0000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.306681 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0409  DNA polymerase III, delta subunit  25.7 
 
 		 343 aa  57  0.0000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4671  DNA polymerase III subunit delta  24.07 
 
 		 345 aa  56.6  0.0000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4849  DNA polymerase III subunit delta  24.07 
 
 		 351 aa  56.6  0.0000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4959  DNA polymerase III subunit delta  22.79 
 
 		 345 aa  56.2  0.0000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.67916 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2068  DNA polymerase III, delta subunit  26.39 
 
 		 335 aa  55.5  0.000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0576  DNA polymerase III, delta subunit  23.81 
 
 		 330 aa  54.3  0.000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3132  DNA polymerase III, delta subunit  24.55 
 
 		 331 aa  53.9  0.000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000219361  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0625  DNA polymerase III subunit delta  23.39 
 
 		 351 aa  53.9  0.000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0179  DNA polymerase III, delta subunit  22.33 
 
 		 331 aa  51.2  0.00003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2298  DNA polymerase III, delta subunit  27.19 
 
 		 334 aa  50.8  0.00004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0132973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1577  DNA polymerase III, delta subunit  26.67 
 
 		 336 aa  48.5  0.0001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.475992  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3591  DNA polymerase III, delta subunit  24.56 
 
 		 328 aa  48.5  0.0002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.490351  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1733  DNA polymerase III, delta subunit  26.8 
 
 		 338 aa  48.5  0.0002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1404  DNA polymerase III, delta subunit  26.45 
 
 		 389 aa  47.8  0.0003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.162572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3310  DNA polymerase III subunit delta  24.72 
 
 		 348 aa  47.8  0.0003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0143934 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2207  DNA polymerase III, delta subunit, putative  26.32 
 
 		 337 aa  47.4  0.0004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1004  DNA polymerase III subunit delta  27.7 
 
 		 348 aa  47.4  0.0004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2086  DNA polymerase III, delta subunit  23.94 
 
 		 332 aa  47.4  0.0004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.11707  normal  0.37357 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2277  DNA-directed DNA polymerase  27.14 
 
 		 344 aa  45.4  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07750  DNA polymerase III, delta subunit  28.57 
 
 		 330 aa  45.4  0.001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.648586 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21151  DNA polymerase III subunit delta  22.99 
 
 		 342 aa  45.1  0.002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1587  DNA polymerase III, delta subunit  28 
 
 		 333 aa  44.7  0.002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1644  DNA polymerase III subunit delta  21.72 
 
 		 324 aa  45.1  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.240012  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1245  DNA polymerase III subunit delta  24.08 
 
 		 342 aa  45.1  0.002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.440133  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1679  DNA polymerase III subunit delta  21.72 
 
 		 324 aa  45.1  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00348184  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2865  DNA polymerase III, delta subunit  21.4 
 
 		 343 aa  44.3  0.003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00085099  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0044  DNA polymerase III, delta subunit  26.82 
 
 		 342 aa  43.9  0.004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000438472  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2110  DNA polymerase III, delta subunit  24.24 
 
 		 336 aa  43.1  0.007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0460  DNA polymerase III, delta subunit  24.06 
 
 		 338 aa  42.7  0.009  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>