65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3200 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3200  DNA polymerase III subunit delta  100 
 
 		 343 aa  689    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4384  DNA polymerase III subunit delta  60.47 
 
 		 347 aa  428  1e-119  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4252  DNA polymerase III subunit delta  60.76 
 
 		 346 aa  423  1e-117  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.400931 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3926  DNA polymerase III subunit delta  60.17 
 
 		 346 aa  419  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.455818 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1977  DNA polymerase III subunit delta  41.98 
 
 		 388 aa  283  4.0000000000000003e-75  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.286095  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0863  DNA polymerase III subunit delta  41.98 
 
 		 347 aa  281  9e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2057  DNA polymerase III subunit delta  41.98 
 
 		 347 aa  281  1e-74  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3317  DNA polymerase III subunit delta  41.52 
 
 		 345 aa  262  8e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0050  DNA polymerase III subunit delta  35.76 
 
 		 347 aa  238  1e-61  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1024  DNA polymerase III subunit delta  36.71 
 
 		 342 aa  199  5e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0286  DNA polymerase III subunit delta  36.05 
 
 		 342 aa  199  6e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0093  DNA polymerase III subunit delta  35.16 
 
 		 342 aa  194  2e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.194892 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0100  DNA polymerase III subunit delta  35.17 
 
 		 342 aa  186  4e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.427702  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0169  DNA polymerase III subunit delta  35.17 
 
 		 342 aa  185  9e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1406  DNA polymerase III subunit delta  36.99 
 
 		 342 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.242045 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1866  DNA polymerase III subunit delta  35.84 
 
 		 343 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0971828 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0387  DNA polymerase III subunit delta  35.47 
 
 		 342 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.252909  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0434  DNA polymerase III subunit delta  35.47 
 
 		 342 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1652  DNA polymerase III subunit delta  35.55 
 
 		 343 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.884155 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1587  DNA polymerase III subunit delta  35.55 
 
 		 343 aa  182  7e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0083136 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1448  DNA polymerase III subunit delta  36.15 
 
 		 342 aa  178  1e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0292  DNA polymerase III subunit delta  36.6 
 
 		 343 aa  177  2e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.259297  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4096  DNA polymerase III subunit delta  35.91 
 
 		 345 aa  175  8e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.327315  normal  0.0146653 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0339  DNA polymerase III, delta subunit  34.02 
 
 		 338 aa  170  3e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00729017 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0222  DNA polymerase III, delta subunit  33.04 
 
 		 340 aa  151  2e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.730888  normal  0.129327 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3629  DNA polymerase III subunit delta  32.03 
 
 		 342 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.628858  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0639  DNA polymerase III subunit delta  31.63 
 
 		 337 aa  123  4e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.858672 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2048  DNA polymerase III subunit delta  31.4 
 
 		 334 aa  119  9e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.296688  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1278  DNA polymerase III subunit delta  34.1 
 
 		 347 aa  119  9.999999999999999e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2959  DNA polymerase III, delta subunit  30.37 
 
 		 350 aa  105  1e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2850  DNA polymerase III, delta subunit  29.18 
 
 		 340 aa  82  0.00000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.160345  normal  0.104898 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5028  DNA polymerase III subunit delta  31 
 
 		 350 aa  80.9  0.00000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.726212 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0126  hypothetical protein  23.75 
 
 		 334 aa  78.2  0.0000000000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0043  DNA polymerase III, delta subunit  24.7 
 
 		 342 aa  66.6  0.0000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.302173 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0077  DNA polymerase III, delta subunit  20.06 
 
 		 334 aa  64.7  0.000000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1588  DNA polymerase III delta subunit-like protein  26.88 
 
 		 325 aa  62.4  0.00000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0554592  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3217  DNA polymerase III, delta subunit  22.71 
 
 		 340 aa  60.5  0.00000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0755  DNA polymerase III, delta subunit  24.41 
 
 		 329 aa  58.9  0.0000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00516911  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01661  putative DNA polymerase III, delta subunit, probably ATP hydrolase  26.61 
 
 		 320 aa  58.2  0.0000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000516884  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2767  DNA polymerase III, delta subunit  26.62 
 
 		 342 aa  58.5  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2298  DNA polymerase III, delta subunit  25.78 
 
 		 334 aa  57.4  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0132973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3018  DNA polymerase III, delta subunit  26.97 
 
 		 343 aa  57  0.0000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0617  DNA polymerase III, delta subunit  22.55 
 
 		 330 aa  57  0.0000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.733396  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0457  DNA polymerase III, delta subunit  22.55 
 
 		 330 aa  57  0.0000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.199837  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0055  DNA polymerase III, delta subunit  26.15 
 
 		 341 aa  56.2  0.0000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000100325 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0770  DNA polymerase III, delta subunit  24.41 
 
 		 329 aa  55.8  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1564  DNA polymerase III, delta subunit  24.22 
 
 		 340 aa  54.7  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2277  DNA-directed DNA polymerase  28.72 
 
 		 344 aa  53.5  0.000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0409  DNA polymerase III, delta subunit  27.21 
 
 		 343 aa  53.1  0.000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0364  hypothetical protein  26.09 
 
 		 330 aa  52.8  0.00001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3379  DNA polymerase III, delta subunit  26.11 
 
 		 346 aa  50.4  0.00004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.126679  normal  0.707778 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4959  DNA polymerase III subunit delta  23.97 
 
 		 345 aa  50.1  0.00006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.67916 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0203  DNA polymerase III, delta subunit  26.04 
 
 		 334 aa  47.8  0.0002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4316  DNA polymerase III, delta subunit  24.63 
 
 		 332 aa  47  0.0005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00186458  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3132  DNA polymerase III, delta subunit  26.62 
 
 		 331 aa  46.2  0.0008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000219361  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01876  DNA polymerase III subunit delta  27.87 
 
 		 342 aa  45.4  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.84431  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1404  DNA polymerase III, delta subunit  23.75 
 
 		 389 aa  45.8  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.162572  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1655  DNA polymerase III, delta subunit  24.74 
 
 		 328 aa  45.4  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.61853  hitchhiker  0.00217926 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1720  DNA polymerase III, delta subunit  18.67 
 
 		 354 aa  44.7  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4181  DNA polymerase III subunit delta  20 
 
 		 327 aa  43.5  0.005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4220  DNA polymerase III subunit delta  20 
 
 		 327 aa  43.5  0.005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0946  DNA polymerase III, delta subunit  21.4 
 
 		 331 aa  43.1  0.007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1311  DNA polymerase III subunit delta  25.33 
 
 		 343 aa  42.7  0.008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0576  DNA polymerase III, delta subunit  23.21 
 
 		 330 aa  42.7  0.009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0838  DNA polymerase III, delta subunit  27.1 
 
 		 330 aa  42.7  0.009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>