46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0043 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0043  DNA polymerase III, delta subunit  100 
 
 		 342 aa  686    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.302173 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0055  DNA polymerase III, delta subunit  60.06 
 
 		 341 aa  402  1e-111  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000100325 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0409  DNA polymerase III, delta subunit  57.99 
 
 		 343 aa  361  8e-99  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2767  DNA polymerase III, delta subunit  55.15 
 
 		 342 aa  345  8e-94  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2496  DNA polymerase III, delta  51.49 
 
 		 330 aa  342  7e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.776259 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0838  DNA polymerase III, delta subunit  50.89 
 
 		 330 aa  336  2.9999999999999997e-91  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3137  DNA polymerase III, delta  52.38 
 
 		 330 aa  330  2e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.226338  hitchhiker  0.0000037205 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3629  DNA polymerase III subunit delta  33.92 
 
 		 342 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.628858  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1278  DNA polymerase III subunit delta  31.53 
 
 		 347 aa  115  8.999999999999998e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1448  DNA polymerase III subunit delta  27.84 
 
 		 342 aa  100  3e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2959  DNA polymerase III, delta subunit  29.63 
 
 		 350 aa  98.6  1e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1024  DNA polymerase III subunit delta  29.51 
 
 		 342 aa  99  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0286  DNA polymerase III subunit delta  28.37 
 
 		 342 aa  99  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1587  DNA polymerase III subunit delta  29.63 
 
 		 343 aa  96.3  7e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0083136 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1866  DNA polymerase III subunit delta  29.32 
 
 		 343 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0971828 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0387  DNA polymerase III subunit delta  26.35 
 
 		 342 aa  93.2  6e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.252909  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1652  DNA polymerase III subunit delta  28.7 
 
 		 343 aa  92  1e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.884155 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3317  DNA polymerase III subunit delta  29.18 
 
 		 345 aa  91.7  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4096  DNA polymerase III subunit delta  29.15 
 
 		 345 aa  89.4  9e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.327315  normal  0.0146653 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0093  DNA polymerase III subunit delta  26.93 
 
 		 342 aa  89.4  9e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.194892 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0292  DNA polymerase III subunit delta  26.99 
 
 		 343 aa  86.7  5e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.259297  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0434  DNA polymerase III subunit delta  25.21 
 
 		 342 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1406  DNA polymerase III subunit delta  29.6 
 
 		 342 aa  83.6  0.000000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.242045 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0639  DNA polymerase III subunit delta  27.25 
 
 		 337 aa  81.6  0.00000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.858672 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0100  DNA polymerase III subunit delta  25.79 
 
 		 342 aa  81.6  0.00000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.427702  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0050  DNA polymerase III subunit delta  26.1 
 
 		 347 aa  80.9  0.00000000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0169  DNA polymerase III subunit delta  25 
 
 		 342 aa  80.1  0.00000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2048  DNA polymerase III subunit delta  29.18 
 
 		 334 aa  78.6  0.0000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.296688  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0222  DNA polymerase III, delta subunit  25.07 
 
 		 340 aa  73.6  0.000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.730888  normal  0.129327 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0339  DNA polymerase III, delta subunit  28.32 
 
 		 338 aa  70.9  0.00000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00729017 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0863  DNA polymerase III subunit delta  24.56 
 
 		 347 aa  68.2  0.0000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2057  DNA polymerase III subunit delta  24.24 
 
 		 347 aa  67.8  0.0000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0077  DNA polymerase III, delta subunit  19.94 
 
 		 334 aa  67  0.0000000004  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3379  DNA polymerase III, delta subunit  26.59 
 
 		 346 aa  67  0.0000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.126679  normal  0.707778 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3200  DNA polymerase III subunit delta  24.7 
 
 		 343 aa  66.6  0.0000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1977  DNA polymerase III subunit delta  23.94 
 
 		 388 aa  66.2  0.0000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.286095  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0126  hypothetical protein  19.76 
 
 		 334 aa  61.6  0.00000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4252  DNA polymerase III subunit delta  28.63 
 
 		 346 aa  61.2  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.400931 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3926  DNA polymerase III subunit delta  26.74 
 
 		 346 aa  57  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.455818 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2850  DNA polymerase III, delta subunit  27.35 
 
 		 340 aa  54.7  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.160345  normal  0.104898 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4384  DNA polymerase III subunit delta  23.53 
 
 		 347 aa  54.7  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3217  DNA polymerase III, delta subunit  27.76 
 
 		 340 aa  51.2  0.00003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0364  hypothetical protein  20.8 
 
 		 330 aa  47.4  0.0004  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2086  DNA polymerase III, delta subunit  26.29 
 
 		 332 aa  46.2  0.0007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.11707  normal  0.37357 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5028  DNA polymerase III subunit delta  24.59 
 
 		 350 aa  46.2  0.0008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.726212 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2298  DNA polymerase III, delta subunit  23.7 
 
 		 334 aa  45.8  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0132973  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>