230 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0073 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0073  anti-sigma-factor antagonist  100 
 
 		 110 aa  223  9e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0167054 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1501  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  57.01 
 
 		 115 aa  126  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0151  anti-sigma-factor antagonist  57.01 
 
 		 107 aa  125  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.458723 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2906  anti-sigma-factor antagonist  57.01 
 
 		 107 aa  126  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.256971 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0066  anti-sigma-factor antagonist  50 
 
 		 114 aa  111  3e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.517234  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4051  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  49.55 
 
 		 115 aa  99.8  1e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0820  anti-sigma-factor antagonist  42.72 
 
 		 121 aa  87  8e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1427  anti-anti-sigma factor  35.78 
 
 		 111 aa  77.4  0.00000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.473908  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2660  anti-sigma-factor antagonist  36.36 
 
 		 111 aa  75.9  0.0000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.144992  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1874  anti- anti-sigma regulatory factor  33.33 
 
 		 113 aa  73.2  0.000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000307887  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2101  anti-sigma-factor antagonist  35.45 
 
 		 111 aa  73.2  0.000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4580  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  36.45 
 
 		 122 aa  72.4  0.000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.81884  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2976  anti-sigma factor antagonist  36.11 
 
 		 111 aa  72.4  0.000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.467221  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1585  anti-sigma-factor antagonist  33.03 
 
 		 113 aa  72.4  0.000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.760541 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2649  anti-sigma-factor antagonist  33.03 
 
 		 113 aa  71.6  0.000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.779168  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2044  anti-sigma-factor antagonist  33.94 
 
 		 111 aa  71.6  0.000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000100859  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1523  anti-sigma-factor antagonist  32.11 
 
 		 119 aa  68.2  0.00000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2619  anti-sigma-factor antagonist  33.65 
 
 		 142 aa  67.4  0.00000000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.531415  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1686  anti-sigma B factor antagonist  37.84 
 
 		 111 aa  66.6  0.0000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1167  anti-sigma-factor antagonist  30.43 
 
 		 127 aa  65.9  0.0000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000216807 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1352  anti-sigma-factor antagonist  33.71 
 
 		 110 aa  65.9  0.0000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0187779  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1431  anti-anti-sigma factor family protein  35.56 
 
 		 114 aa  62.8  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1231  anti-sigma-factor antagonist  34 
 
 		 109 aa  62.8  0.000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1334  anti-sigma-factor antagonist  32.95 
 
 		 110 aa  63.2  0.000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0232359  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0328  putative anti-sigma F factor antagonist  36.96 
 
 		 97 aa  62.4  0.000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0115  anti-sigma-factor antagonist  33.98 
 
 		 110 aa  62  0.000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1017  anti-sigma-factor antagonist  32.38 
 
 		 117 aa  61.2  0.000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.128025  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3127  anti-sigma-factor antagonist  36.67 
 
 		 109 aa  61.2  0.000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2163  anti-sigma-factor antagonist  31.68 
 
 		 111 aa  60.8  0.000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0395828  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2143  anti-sigma-factor antagonist  36.21 
 
 		 170 aa  61.2  0.000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00880865  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0301  anti-sigma-factor antagonist  34.86 
 
 		 110 aa  59.7  0.00000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2747  anti-sigma-factor antagonist  35.71 
 
 		 110 aa  59.3  0.00000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1117  anti-sigma-factor antagonist  32.71 
 
 		 117 aa  59.3  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.113154  normal  0.94353 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1838  anti-sigma-factor antagonist  35.71 
 
 		 115 aa  58.9  0.00000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.422336  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2833  anti-anti-sigma factor  36.11 
 
 		 111 aa  59.3  0.00000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0663  anti-sigma-factor antagonist  36.36 
 
 		 117 aa  58.5  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0435  anti-sigma-factor antagonist  37.04 
 
 		 102 aa  58.5  0.00000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0683  anti-sigma-factor antagonist  36.36 
 
 		 117 aa  58.5  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.338606  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0122  anti-sigma factor antagonist  33.68 
 
 		 117 aa  57.8  0.00000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.672861  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1827  anti-sigma-factor antagonist  31.82 
 
 		 111 aa  57.8  0.00000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1827  anti-sigma-factor antagonist  34.38 
 
 		 115 aa  57  0.00000009  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3055  anti-sigma factor antagonist  40.32 
 
 		 151 aa  56.2  0.0000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2671  anti-sigma-factor antagonist  34.07 
 
 		 119 aa  56.6  0.0000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1843  anti-sigma-factor antagonist  31.33 
 
 		 104 aa  56.6  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1869  anti-sigma-factor antagonist  31.33 
 
 		 104 aa  56.6  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.735453  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07000  anti-sigma-factor antagonist spoIIAA  31.19 
 
 		 120 aa  56.6  0.0000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2616  anti-sigma-factor antagonist  39.13 
 
 		 111 aa  56.2  0.0000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3451  anti-sigma-factor antagonist  33.71 
 
 		 110 aa  55.8  0.0000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1279  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  32.18 
 
 		 112 aa  55.8  0.0000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0179706  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0920  anti-sigma-factor antagonist  32.1 
 
 		 115 aa  55.8  0.0000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.548618  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1836  anti-sigma-factor antagonist  32.69 
 
 		 117 aa  55.8  0.0000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0177  anti-sigma-factor antagonist  32.14 
 
 		 108 aa  55.5  0.0000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0872  anti-sigma-factor antagonist  32.04 
 
 		 120 aa  55.5  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0371  anti-anti-sigma factor  35.24 
 
 		 112 aa  55.1  0.0000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.117703  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0118  anti-sigma-factor antagonist  27.27 
 
 		 111 aa  55.1  0.0000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1621  anti-sigma-factor antagonist  44.26 
 
 		 110 aa  55.5  0.0000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4828  anti-sigma-factor antagonist  32.38 
 
 		 117 aa  55.1  0.0000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0932  anti-sigma-factor antagonist  33.33 
 
 		 111 aa  54.3  0.0000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.554798  normal  0.118928 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3767  anti-sigma-factor antagonist  31.13 
 
 		 117 aa  54.3  0.0000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0751293  unclonable  0.00000923115 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0744  anti-sigma-factor antagonist (STAS) and sugar transfersase  37.5 
 
 		 351 aa  53.9  0.0000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.00000000000102583  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0135  anti-sigma F factor antagonist  29.81 
 
 		 117 aa  53.9  0.0000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.666066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1975  anti-sigma-factor antagonist  33.33 
 
 		 113 aa  53.9  0.0000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.441965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2070  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  34.09 
 
 		 133 aa  53.5  0.0000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0391516 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4302  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  31.53 
 
 		 113 aa  53.1  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0035  anti-sigma-factor antagonist  32 
 
 		 116 aa  53.1  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2067  anti-sigma-factor antagonist  31.19 
 
 		 112 aa  53.5  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0494  putative anti-anti-sigma regulatory factor  34 
 
 		 116 aa  52.8  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.937687 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1015  anti-sigma-factor antagonist  35.56 
 
 		 107 aa  52.8  0.000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000155666  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1366  anti-anti-sigma regulatory factor, SpoIIAA  32.26 
 
 		 107 aa  52.4  0.000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.528676  normal  0.641817 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3448  anti-sigma-factor antagonist  32.71 
 
 		 112 aa  52.4  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0429116  normal  0.223607 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2078  anti-sigma-factor antagonist and sugar transfersase  33 
 
 		 332 aa  52.8  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000182563 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0221  anti-sigma-factor antagonist  32.43 
 
 		 116 aa  52.8  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2555  anti-sigma-factor antagonist  39.36 
 
 		 249 aa  52.4  0.000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0792  anti-sigma-factor antagonist  26.47 
 
 		 112 aa  52.8  0.000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3649  anti-sigma-factor antagonist  32.14 
 
 		 109 aa  52.4  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5320  anti-sigma-factor antagonist  27.52 
 
 		 115 aa  51.6  0.000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.232831 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2556  anti-sigma-factor antagonist  28.42 
 
 		 116 aa  52  0.000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7537  hypothetical protein  27.68 
 
 		 121 aa  51.6  0.000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.773264  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3722  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  32.53 
 
 		 129 aa  51.2  0.000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.853614  normal  0.538424 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8450  anti-sigma-factor antagonist  33.64 
 
 		 113 aa  51.6  0.000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000560985 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1159  anti-sigma-factor antagonist  32.97 
 
 		 121 aa  51.6  0.000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.562047  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0182  anti-sigma-factor antagonist  36.05 
 
 		 112 aa  51.2  0.000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.143145  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2057  anti-anti-sigma factor  28.74 
 
 		 117 aa  51.2  0.000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.313767  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2186  anti-sigma-factor antagonist  36.26 
 
 		 110 aa  51.2  0.000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1829  anti-sigma-factor antagonist  33.64 
 
 		 117 aa  51.2  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.721407  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2418  anti-sigma-factor antagonist  30.77 
 
 		 111 aa  50.4  0.000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.217831  normal  0.711574 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0194  anti-sigma F factor antagonist  24.27 
 
 		 112 aa  50.4  0.000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0312  anti-sigma-factor antagonist  30.91 
 
 		 113 aa  50.4  0.000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.123512 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1702  anti-anti-sigma regulatory factor  25.45 
 
 		 113 aa  50.1  0.000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.39095  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2762  anti-sigma-factor antagonist  36.61 
 
 		 111 aa  50.1  0.00001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000433544 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2665  anti-sigma-factor antagonist  28.16 
 
 		 138 aa  49.7  0.00001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1422  anti-sigma-factor antagonist  32.97 
 
 		 250 aa  49.7  0.00001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0204  anti-sigma-factor antagonist  36.94 
 
 		 114 aa  49.7  0.00001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.930412  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1700  anti-sigma-factor antagonist  38.36 
 
 		 113 aa  49.7  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.293305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0483  anti-sigma-factor antagonist  31.58 
 
 		 122 aa  50.1  0.00001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0339513  hitchhiker  0.00320787 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1972  anti-sigma-factor antagonist  25.45 
 
 		 111 aa  48.9  0.00002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000507939  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1663  anti-sigma-factor antagonist  26.36 
 
 		 111 aa  49.3  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.457146  normal  0.122734 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1453  anti-sigma-factor antagonist  24.55 
 
 		 123 aa  49.7  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0890138  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0407  anti-sigma-factor antagonist  29.25 
 
 		 113 aa  49.7  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0395  anti-sigma-factor antagonist  29.25 
 
 		 113 aa  48.9  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.126622  normal  0.178954 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>