68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0025 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0025  transcriptional activator anti-ECFsigma factor  100 
 
 		 223 aa  456  1e-127  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.322497  normal  0.142099 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3233  anti-ECFsigma factor, ChrR  68.35 
 
 		 220 aa  313  1.9999999999999998e-84  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.741075  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1906  anti-ECFsigma factor, ChrR  63.3 
 
 		 228 aa  293  2e-78  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.150648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1575  anti-ECFsigma factor, ChrR  55.3 
 
 		 220 aa  253  1.0000000000000001e-66  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1180  anti-ECFsigma factor, ChrR  58.18 
 
 		 222 aa  251  6e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.700022  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000607  hypothetical protein  54.3 
 
 		 223 aa  242  3.9999999999999997e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000379555  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1373  anti-ECFsigma factor, ChrR  53.18 
 
 		 239 aa  240  2e-62  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.86738  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1225  anti-sigm factor, ChrR  57.67 
 
 		 220 aa  239  2.9999999999999997e-62  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00201902  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02219  predicted transcription negative regulator  51.15 
 
 		 218 aa  227  1e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.279228  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0852  anti-ECFsigma factor, ChrR  52.09 
 
 		 214 aa  223  2e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.413109  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0893  anti-ECFsigma factor, ChrR  51.61 
 
 		 221 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1332  anti-ECFsigma factor, ChrR  51.61 
 
 		 228 aa  218  3.9999999999999997e-56  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.469882 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0858  anti-ECFsigma factor, ChrR  51.61 
 
 		 221 aa  218  5e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0881  anti-ECFsigma factor, ChrR  51.61 
 
 		 221 aa  218  5e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1362  anti-ECFsigma factor, ChrR  50.69 
 
 		 218 aa  217  1e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3481  anti-ECFsigma factor, ChrR  51.15 
 
 		 221 aa  215  4e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0821  hypothetical protein  51.63 
 
 		 214 aa  211  7.999999999999999e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1495  anti-ECFsigma factor, ChrR  48.17 
 
 		 222 aa  211  1e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3840  anti-ECFsigma factor, ChrR  47.98 
 
 		 224 aa  189  2.9999999999999997e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1969  anti-ECFsigma factor, ChrR  49.54 
 
 		 232 aa  188  5e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5392  anti-ECFsigma factor, ChrR  48.18 
 
 		 227 aa  186  4e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.503327  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4157  anti-sigm factor, ChrR  50.23 
 
 		 219 aa  184  8e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.424525 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0586  anti-ECFsigma factor, ChrR  47.25 
 
 		 222 aa  178  5.999999999999999e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1005  anti-ECFsigma factor, ChrR  48.18 
 
 		 222 aa  176  3e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000085079 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6445  anti-ECFsigma factor, ChrR  46.3 
 
 		 244 aa  167  1e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0560639  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0869  anti-sigm factor, ChrR  44.04 
 
 		 225 aa  166  2.9999999999999998e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0948086  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4247  anti-ECFsigma factor, ChrR  46.02 
 
 		 236 aa  164  8e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.364362  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6152  anti-ECFsigma factor, ChrR  45.45 
 
 		 222 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.310747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0423  anti-ECFsigma factor, ChrR  44.75 
 
 		 222 aa  161  6e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.47204  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0982  hypothetical protein  41.74 
 
 		 223 aa  160  1e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4129  anti-ECFsigma factor, ChrR  42.98 
 
 		 235 aa  160  1e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1793  transcriptional regulator  41.28 
 
 		 230 aa  158  8e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.376612  normal  0.0711079 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0451  anti-ECFsigma factor, ChrR  39.07 
 
 		 241 aa  154  1e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.38082 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0840  anti-sigma factor, ChrR  42.15 
 
 		 230 aa  154  1e-36  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.518055 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2083  anti-ECFsigma factor, ChrR  42.47 
 
 		 222 aa  146  3e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.246255  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00891  hypothetical protein  41.28 
 
 		 226 aa  142  4e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0537795  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0881  hypothetical protein  46.84 
 
 		 192 aa  137  1e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0707525  n/a   
 
 
-
 
NC_011695  PHATRDRAFT_41079  predicted protein  38.67 
 
 		 243 aa  135  6.0000000000000005e-31  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3618  anti-ECFsigma factor, ChrR  39.55 
 
 		 212 aa  134  9.999999999999999e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0730754  hitchhiker  0.00137205 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1782  anti-ECFsigma factor, ChrR  41.44 
 
 		 234 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0336195  normal  0.05616 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1946  anti-ECFsigma factor, ChrR  35.68 
 
 		 224 aa  114  8.999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00378013  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1968  anti-Sigm factor, ChrR  35.76 
 
 		 150 aa  80.1  0.00000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.603561  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3257  anti-ECFsigma factor, ChrR  41.38 
 
 		 206 aa  60.5  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.442246  normal  0.111032 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6449  anti-ECFsigma factor, ChrR  45.31 
 
 		 117 aa  60.5  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0335897 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4481  anti-ECFsigma factor, ChrR  43.75 
 
 		 117 aa  58.9  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0996  anti-ECFsigma factor, ChrR  44.9 
 
 		 216 aa  50.8  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.84209 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3608  anti-Sigm factor, ChrR  32.67 
 
 		 132 aa  50.8  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1454  anti-ECFsigma factor, ChrR  36.49 
 
 		 125 aa  50.1  0.00003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5650  Allophanate hydrolase  39.06 
 
 		 114 aa  49.7  0.00004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0555941  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2037  anti-ECFsigma factor, ChrR  35.48 
 
 		 262 aa  47  0.0002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.280175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4022  anti-sigm factor, ChrR  32.1 
 
 		 213 aa  46.6  0.0003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1378  putative transcriptional activator  36.07 
 
 		 228 aa  46.2  0.0004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.857298  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0090  anti sigma factor protein  35.9 
 
 		 230 aa  44.7  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03283  hypothetical protein  37.1 
 
 		 219 aa  43.9  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2756  anti-ECFsigma factor, ChrR  35.21 
 
 		 213 aa  43.1  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1093  anti-sigma factor ChrR  35.21 
 
 		 213 aa  43.1  0.003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4076  anti-ECFsigma factor, ChrR  27.96 
 
 		 231 aa  43.1  0.003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3373  anti-sigma factor ChrR, putative  37.1 
 
 		 224 aa  42.7  0.004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1748  anti-ECFsigma factor, ChrR  39.58 
 
 		 243 aa  43.1  0.004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0800571  hitchhiker  0.00180975 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6860  anti-ECFsigma factor, ChrR  39.34 
 
 		 136 aa  42.7  0.004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.354848  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2319  anti-ECFsigma factor, ChrR  29.85 
 
 		 228 aa  42.7  0.004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2598  anti-ECFsigma factor, ChrR  39.58 
 
 		 243 aa  42.7  0.004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2712  anti-ECFsigma factor, ChrR  39.58 
 
 		 243 aa  43.1  0.004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.134488  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2637  anti-ECFsigma factor, ChrR  39.58 
 
 		 240 aa  42.7  0.004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1477  anti-ECFsigma factor, ChrR  31.75 
 
 		 249 aa  42.7  0.005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.688237  normal  0.852126 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1333  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.33 
 
 		 223 aa  42.7  0.005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0130181  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0768  hypothetical protein  29.89 
 
 		 159 aa  42  0.008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0339  anti-sigma factor ChrR, putative  33.33 
 
 		 218 aa  42  0.008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.275978 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>