58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1333 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1333  anti-ECFsigma factor, ChrR  100 
 
 		 223 aa  467  1.0000000000000001e-131  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0130181  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01438  Transcription negative regulator ChrR  52.03 
 
 		 246 aa  250  1e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03283  hypothetical protein  31.84 
 
 		 219 aa  149  5e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002701  putative transcriptional activator ChrR  32.58 
 
 		 219 aa  145  6e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2319  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.47 
 
 		 228 aa  136  2e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1890  putative transcriptional activator  33.48 
 
 		 226 aa  135  4e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1378  putative transcriptional activator  33.62 
 
 		 228 aa  133  1.9999999999999998e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.857298  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0996  anti-ECFsigma factor, ChrR  32.89 
 
 		 216 aa  129  3e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.84209 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2598  anti-ECFsigma factor, ChrR  31.6 
 
 		 243 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2276  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.47 
 
 		 231 aa  125  7e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1985  transcriptional activator, putative  29.83 
 
 		 230 aa  124  8.000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2637  anti-ECFsigma factor, ChrR  31.17 
 
 		 240 aa  123  2e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2712  anti-ECFsigma factor, ChrR  31.6 
 
 		 243 aa  122  6e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.134488  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2348  anti-ECFsigma factor, ChrR  32.34 
 
 		 231 aa  121  9e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.527033  normal  0.0659937 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1748  anti-ECFsigma factor, ChrR  32.67 
 
 		 243 aa  121  9e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0800571  hitchhiker  0.00180975 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2037  anti-ECFsigma factor, ChrR  29.06 
 
 		 262 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.280175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2779  anti-ECFsigma factor, ChrR  29.64 
 
 		 246 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.960019 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3373  anti-sigma factor ChrR, putative  30.53 
 
 		 224 aa  118  7.999999999999999e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2472  anti-sigm factor, ChrR  30.94 
 
 		 223 aa  117  9.999999999999999e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.483016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2323  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.45 
 
 		 235 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.586398  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2466  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.77 
 
 		 231 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4076  anti-ECFsigma factor, ChrR  29.65 
 
 		 231 aa  111  1.0000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0365  anti-ECFsigma factor  29.73 
 
 		 223 aa  108  5e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.931641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1477  anti-ECFsigma factor, ChrR  29.02 
 
 		 249 aa  106  3e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.688237  normal  0.852126 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2756  anti-ECFsigma factor, ChrR  28 
 
 		 213 aa  92.8  4e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0517  anti-ECFsigma factor, ChrR  27.8 
 
 		 212 aa  92.4  5e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.112614  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2935  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.63 
 
 		 214 aa  91.7  7e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.714383  normal  0.0760187 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1093  anti-sigma factor ChrR  28 
 
 		 213 aa  91.3  1e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0339  anti-sigma factor ChrR, putative  27.49 
 
 		 218 aa  90.5  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.275978 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0550  anti-ECFsigma factor, ChrR  31.48 
 
 		 220 aa  89.4  4e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.259297  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0416  anti-ECFsigma factor, ChrR  26.51 
 
 		 211 aa  79.7  0.00000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.168999 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0721  anti-Sigm factor, ChrR  24.67 
 
 		 224 aa  77.8  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.699177  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1042  transcriptional activator ChrR  23.61 
 
 		 220 aa  75.9  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.998121  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1630  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.22 
 
 		 235 aa  75.5  0.0000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3569  transcriptional regulator  29.55 
 
 		 223 aa  75.5  0.0000000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0090  anti sigma factor protein  25.81 
 
 		 230 aa  75.1  0.0000000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0891  transcriptional activator ChrR  24.19 
 
 		 220 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.627944 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1618  anti-ECFsigma factor, ChrR  22.55 
 
 		 214 aa  73.6  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.61386 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2958  transcriptional regulator  29.28 
 
 		 216 aa  72.8  0.000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.406558 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0487  anti-sigm factor, ChrR  26.54 
 
 		 219 aa  72.8  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221511  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1439  anti-ECFsigma factor, ChrR  34.94 
 
 		 214 aa  72  0.000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.297382 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1553  anti-ECFsigma factor, ChrR  27.23 
 
 		 212 aa  70.9  0.00000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1960  anti-ECFsigma factor, ChrR  26.11 
 
 		 214 aa  64.3  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0408517 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4022  anti-sigm factor, ChrR  22.6 
 
 		 213 aa  61.6  0.000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6449  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.35 
 
 		 117 aa  53.5  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0335897 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4481  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.33 
 
 		 117 aa  52  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1867  anti-ECFsigma factor, ChrR  29.46 
 
 		 226 aa  49.7  0.00004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.947993 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5392  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.14 
 
 		 227 aa  46.2  0.0004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.503327  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0586  anti-ECFsigma factor, ChrR  35.71 
 
 		 222 aa  45.1  0.0008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02219  predicted transcription negative regulator  29.41 
 
 		 218 aa  45.1  0.0008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.279228  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4157  anti-sigm factor, ChrR  37.14 
 
 		 219 aa  45.1  0.0008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.424525 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5650  Allophanate hydrolase  33.33 
 
 		 114 aa  45.1  0.0009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0555941  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1575  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.14 
 
 		 220 aa  44.3  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0275  anti-ECFsigma factor, ChrR  24.22 
 
 		 227 aa  44.3  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1793  transcriptional regulator  33.8 
 
 		 230 aa  44.7  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.376612  normal  0.0711079 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1906  anti-ECFsigma factor, ChrR  25.19 
 
 		 228 aa  42.7  0.004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.150648  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0025  transcriptional activator anti-ECFsigma factor  33.33 
 
 		 223 aa  42.7  0.005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.322497  normal  0.142099 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2083  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.33 
 
 		 222 aa  42.4  0.006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.246255  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>