50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1867 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_1867  anti-ECFsigma factor, ChrR  100 
 
 		 226 aa  454  1e-127  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.947993 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0275  anti-ECFsigma factor, ChrR  40.44 
 
 		 227 aa  156  2e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0339  anti-sigma factor ChrR, putative  42.34 
 
 		 218 aa  152  4e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.275978 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0550  anti-ECFsigma factor, ChrR  40.64 
 
 		 220 aa  148  7e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.259297  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0090  anti sigma factor protein  39.13 
 
 		 230 aa  139  3e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1093  anti-sigma factor ChrR  38.25 
 
 		 213 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2756  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.25 
 
 		 213 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0365  anti-ECFsigma factor  36.89 
 
 		 223 aa  137  8.999999999999999e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.931641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0891  transcriptional activator ChrR  36.77 
 
 		 220 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.627944 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4022  anti-sigm factor, ChrR  34.56 
 
 		 213 aa  135  6.0000000000000005e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0721  anti-Sigm factor, ChrR  38.96 
 
 		 224 aa  132  3e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.699177  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2935  anti-ECFsigma factor, ChrR  36.82 
 
 		 214 aa  132  5e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.714383  normal  0.0760187 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1042  transcriptional activator ChrR  34.68 
 
 		 220 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.998121  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0487  anti-sigm factor, ChrR  40.64 
 
 		 219 aa  130  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1553  anti-ECFsigma factor, ChrR  34.91 
 
 		 212 aa  119  3.9999999999999996e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4076  anti-ECFsigma factor, ChrR  31.34 
 
 		 231 aa  118  6e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0416  anti-ECFsigma factor, ChrR  35.81 
 
 		 211 aa  116  3e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.168999 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3569  transcriptional regulator  33.48 
 
 		 223 aa  109  4.0000000000000004e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1960  anti-ECFsigma factor, ChrR  31.19 
 
 		 214 aa  102  4e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0408517 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2472  anti-sigm factor, ChrR  27.75 
 
 		 223 aa  101  1e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.483016  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1618  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.18 
 
 		 214 aa  92  7e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.61386 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1439  anti-ECFsigma factor, ChrR  31.73 
 
 		 214 aa  89.4  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.297382 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2958  transcriptional regulator  30.53 
 
 		 216 aa  84.7  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.406558 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1630  anti-ECFsigma factor, ChrR  32.9 
 
 		 235 aa  81.6  0.000000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0517  anti-ECFsigma factor, ChrR  25.81 
 
 		 212 aa  80.5  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.112614  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0996  anti-ECFsigma factor, ChrR  27.19 
 
 		 216 aa  74.3  0.000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.84209 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03283  hypothetical protein  27.1 
 
 		 219 aa  68.9  0.00000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1890  putative transcriptional activator  26.42 
 
 		 226 aa  67.4  0.0000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002701  putative transcriptional activator ChrR  26.46 
 
 		 219 aa  66.6  0.0000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2637  anti-ECFsigma factor, ChrR  25.31 
 
 		 240 aa  62.8  0.000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2598  anti-ECFsigma factor, ChrR  24.6 
 
 		 243 aa  60.5  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1477  anti-ECFsigma factor, ChrR  26.15 
 
 		 249 aa  60.8  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.688237  normal  0.852126 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3373  anti-sigma factor ChrR, putative  24.76 
 
 		 224 aa  60.5  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2712  anti-ECFsigma factor, ChrR  24.19 
 
 		 243 aa  58.9  0.00000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.134488  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1748  anti-ECFsigma factor, ChrR  24.19 
 
 		 243 aa  58.9  0.00000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0800571  hitchhiker  0.00180975 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2037  anti-ECFsigma factor, ChrR  29.6 
 
 		 262 aa  57.8  0.0000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.280175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2779  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.71 
 
 		 246 aa  57.4  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.960019 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2323  anti-ECFsigma factor, ChrR  26.03 
 
 		 235 aa  56.6  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.586398  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2466  anti-ECFsigma factor, ChrR  23.73 
 
 		 231 aa  55.5  0.0000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2276  anti-ECFsigma factor, ChrR  24.37 
 
 		 231 aa  55.5  0.0000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1985  transcriptional activator, putative  24.26 
 
 		 230 aa  54.3  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01438  Transcription negative regulator ChrR  23.36 
 
 		 246 aa  53.5  0.000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2319  anti-ECFsigma factor, ChrR  30 
 
 		 228 aa  53.9  0.000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1473  hypothetical protein  31.86 
 
 		 210 aa  52.8  0.000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2348  anti-ECFsigma factor, ChrR  24.27 
 
 		 231 aa  51.2  0.00001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.527033  normal  0.0659937 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1333  anti-ECFsigma factor, ChrR  29.46 
 
 		 223 aa  49.7  0.00004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0130181  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3257  anti-ECFsigma factor, ChrR  22.99 
 
 		 206 aa  45.8  0.0005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.442246  normal  0.111032 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1378  putative transcriptional activator  28.57 
 
 		 228 aa  45.8  0.0005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.857298  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4129  anti-ECFsigma factor, ChrR  32.53 
 
 		 235 aa  42.7  0.004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1454  anti-ECFsigma factor, ChrR  29.55 
 
 		 125 aa  42.7  0.004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>