56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_2276 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_2276  anti-ECFsigma factor, ChrR  100 
 
 		 231 aa  481  1e-135  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2348  anti-ECFsigma factor, ChrR  93.94 
 
 		 231 aa  454  1e-127  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.527033  normal  0.0659937 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2466  anti-ECFsigma factor, ChrR  90.91 
 
 		 231 aa  440  1e-123  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1985  transcriptional activator, putative  73.28 
 
 		 230 aa  353  1e-96  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2323  anti-ECFsigma factor, ChrR  61.79 
 
 		 235 aa  300  2e-80  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.586398  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2712  anti-ECFsigma factor, ChrR  60.32 
 
 		 243 aa  290  1e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.134488  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2598  anti-ECFsigma factor, ChrR  61.13 
 
 		 243 aa  290  2e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1748  anti-ECFsigma factor, ChrR  60.32 
 
 		 243 aa  289  3e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0800571  hitchhiker  0.00180975 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2637  anti-ECFsigma factor, ChrR  60.66 
 
 		 240 aa  288  5.0000000000000004e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2319  anti-ECFsigma factor, ChrR  52.59 
 
 		 228 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2037  anti-ECFsigma factor, ChrR  46.95 
 
 		 262 aa  224  6e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.280175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2779  anti-ECFsigma factor, ChrR  39.43 
 
 		 246 aa  186  2e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.960019 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0996  anti-ECFsigma factor, ChrR  42.67 
 
 		 216 aa  186  3e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.84209 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1378  putative transcriptional activator  41.38 
 
 		 228 aa  179  2.9999999999999997e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.857298  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3373  anti-sigma factor ChrR, putative  38.96 
 
 		 224 aa  175  5e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1477  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.1 
 
 		 249 aa  168  5e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.688237  normal  0.852126 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1890  putative transcriptional activator  38.08 
 
 		 226 aa  137  1e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01438  Transcription negative regulator ChrR  30.31 
 
 		 246 aa  125  4.0000000000000003e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1333  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.47 
 
 		 223 aa  125  7e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0130181  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002701  putative transcriptional activator ChrR  30.21 
 
 		 219 aa  119  3e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4076  anti-ECFsigma factor, ChrR  31.65 
 
 		 231 aa  115  5e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03283  hypothetical protein  29.36 
 
 		 219 aa  108  8.000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0090  anti sigma factor protein  28.57 
 
 		 230 aa  105  8e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0365  anti-ECFsigma factor  28.94 
 
 		 223 aa  97.4  2e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.931641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2935  anti-ECFsigma factor, ChrR  29.06 
 
 		 214 aa  95.9  5e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.714383  normal  0.0760187 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1093  anti-sigma factor ChrR  28.63 
 
 		 213 aa  90.9  2e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2472  anti-sigm factor, ChrR  27.9 
 
 		 223 aa  90.1  3e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.483016  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3569  transcriptional regulator  28.89 
 
 		 223 aa  89  6e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2756  anti-ECFsigma factor, ChrR  27.75 
 
 		 213 aa  87.8  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0416  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.07 
 
 		 211 aa  85.1  8e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.168999 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0517  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.76 
 
 		 212 aa  84  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.112614  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0550  anti-ECFsigma factor, ChrR  27.59 
 
 		 220 aa  82.8  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.259297  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1553  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.26 
 
 		 212 aa  81.3  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0721  anti-Sigm factor, ChrR  26.5 
 
 		 224 aa  77  0.0000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.699177  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0339  anti-sigma factor ChrR, putative  26.18 
 
 		 218 aa  75.1  0.0000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.275978 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2958  transcriptional regulator  28.7 
 
 		 216 aa  72  0.000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.406558 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0487  anti-sigm factor, ChrR  26.27 
 
 		 219 aa  71.2  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4022  anti-sigm factor, ChrR  24.89 
 
 		 213 aa  70.9  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1630  anti-ECFsigma factor, ChrR  24.29 
 
 		 235 aa  68.6  0.00000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1618  anti-ECFsigma factor, ChrR  24.89 
 
 		 214 aa  65.5  0.0000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.61386 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1439  anti-ECFsigma factor, ChrR  25.22 
 
 		 214 aa  63.5  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.297382 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1960  anti-ECFsigma factor, ChrR  42.65 
 
 		 214 aa  63.5  0.000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0408517 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0891  transcriptional activator ChrR  23.58 
 
 		 220 aa  63.2  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.627944 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1867  anti-ECFsigma factor, ChrR  24.37 
 
 		 226 aa  55.5  0.0000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.947993 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1042  transcriptional activator ChrR  22.41 
 
 		 220 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.998121  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1454  anti-ECFsigma factor, ChrR  36.99 
 
 		 125 aa  52  0.000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6449  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.33 
 
 		 117 aa  48.1  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0335897 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5650  Allophanate hydrolase  30.36 
 
 		 114 aa  47  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0555941  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4481  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.33 
 
 		 117 aa  46.2  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1782  anti-ECFsigma factor, ChrR  31.71 
 
 		 234 aa  43.5  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0336195  normal  0.05616 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4247  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.05 
 
 		 236 aa  42.4  0.006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.364362  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4129  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.3 
 
 		 235 aa  42  0.007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2083  anti-ECFsigma factor, ChrR  34.41 
 
 		 222 aa  42  0.009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.246255  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1373  anti-ECFsigma factor, ChrR  31.43 
 
 		 239 aa  42  0.009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.86738  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0982  hypothetical protein  32.14 
 
 		 223 aa  41.6  0.01  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5392  anti-ECFsigma factor, ChrR  35.19 
 
 		 227 aa  41.6  0.01  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.503327  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>