62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_2319 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_2319  anti-ECFsigma factor, ChrR  100 
 
 		 228 aa  471  1e-132  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2276  anti-ECFsigma factor, ChrR  52.59 
 
 		 231 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2348  anti-ECFsigma factor, ChrR  53.02 
 
 		 231 aa  232  4.0000000000000004e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.527033  normal  0.0659937 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2466  anti-ECFsigma factor, ChrR  53.22 
 
 		 231 aa  231  9e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2712  anti-ECFsigma factor, ChrR  48.43 
 
 		 243 aa  229  2e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.134488  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1748  anti-ECFsigma factor, ChrR  48.43 
 
 		 243 aa  229  3e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0800571  hitchhiker  0.00180975 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2323  anti-ECFsigma factor, ChrR  51.69 
 
 		 235 aa  229  3e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.586398  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2637  anti-ECFsigma factor, ChrR  49 
 
 		 240 aa  226  2e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2598  anti-ECFsigma factor, ChrR  49.19 
 
 		 243 aa  225  4e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1985  transcriptional activator, putative  49.58 
 
 		 230 aa  224  7e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2037  anti-ECFsigma factor, ChrR  46.95 
 
 		 262 aa  222  3e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.280175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3373  anti-sigma factor ChrR, putative  41.74 
 
 		 224 aa  182  3e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0996  anti-ECFsigma factor, ChrR  42.86 
 
 		 216 aa  181  1e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.84209 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2779  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.06 
 
 		 246 aa  177  1e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.960019 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1378  putative transcriptional activator  39.66 
 
 		 228 aa  176  3e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.857298  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1477  anti-ECFsigma factor, ChrR  35.74 
 
 		 249 aa  154  2e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.688237  normal  0.852126 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01438  Transcription negative regulator ChrR  31.45 
 
 		 246 aa  141  6e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1333  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.47 
 
 		 223 aa  136  2e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0130181  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4076  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.48 
 
 		 231 aa  127  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002701  putative transcriptional activator ChrR  33.05 
 
 		 219 aa  126  3e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03283  hypothetical protein  31.03 
 
 		 219 aa  124  9e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1890  putative transcriptional activator  34.48 
 
 		 226 aa  123  3e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2472  anti-sigm factor, ChrR  29.74 
 
 		 223 aa  99.4  5e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.483016  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0090  anti sigma factor protein  28.14 
 
 		 230 aa  96.7  3e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0365  anti-ECFsigma factor  27.19 
 
 		 223 aa  90.9  1e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.931641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0517  anti-ECFsigma factor, ChrR  29.69 
 
 		 212 aa  91.3  1e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.112614  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2935  anti-ECFsigma factor, ChrR  29.52 
 
 		 214 aa  89.7  3e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.714383  normal  0.0760187 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2756  anti-ECFsigma factor, ChrR  27.19 
 
 		 213 aa  85.5  6e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1093  anti-sigma factor ChrR  27.63 
 
 		 213 aa  84  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0721  anti-Sigm factor, ChrR  27.78 
 
 		 224 aa  83.6  0.000000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.699177  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3569  transcriptional regulator  28.19 
 
 		 223 aa  76.6  0.0000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0550  anti-ECFsigma factor, ChrR  26.2 
 
 		 220 aa  74.7  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.259297  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0416  anti-ECFsigma factor, ChrR  25.33 
 
 		 211 aa  74.3  0.000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.168999 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1960  anti-ECFsigma factor, ChrR  27.1 
 
 		 214 aa  74.3  0.000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0408517 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0339  anti-sigma factor ChrR, putative  25.33 
 
 		 218 aa  68.2  0.00000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.275978 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1553  anti-ECFsigma factor, ChrR  24.66 
 
 		 212 aa  67.4  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0487  anti-sigm factor, ChrR  34.69 
 
 		 219 aa  65.1  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1630  anti-ECFsigma factor, ChrR  23.83 
 
 		 235 aa  63.9  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1439  anti-ECFsigma factor, ChrR  26.13 
 
 		 214 aa  62.4  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.297382 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1618  anti-ECFsigma factor, ChrR  35.63 
 
 		 214 aa  62  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.61386 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2958  transcriptional regulator  23.89 
 
 		 216 aa  62  0.000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.406558 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1042  transcriptional activator ChrR  23.5 
 
 		 220 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.998121  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0891  transcriptional activator ChrR  24.46 
 
 		 220 aa  58.5  0.00000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.627944 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4022  anti-sigm factor, ChrR  22.87 
 
 		 213 aa  58.2  0.0000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1867  anti-ECFsigma factor, ChrR  30 
 
 		 226 aa  53.9  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.947993 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5650  Allophanate hydrolase  28.21 
 
 		 114 aa  50.4  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0555941  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1454  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.57 
 
 		 125 aa  48.9  0.00007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2083  anti-ECFsigma factor, ChrR  36.71 
 
 		 222 aa  47.8  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.246255  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0275  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.61 
 
 		 227 aa  47.4  0.0002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1005  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.33 
 
 		 222 aa  45.8  0.0006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000085079 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1906  anti-ECFsigma factor, ChrR  35.53 
 
 		 228 aa  45.8  0.0006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.150648  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6445  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.33 
 
 		 244 aa  44.7  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0560639  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5392  anti-ECFsigma factor, ChrR  30 
 
 		 227 aa  43.5  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.503327  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0869  anti-sigm factor, ChrR  34.18 
 
 		 225 aa  43.9  0.002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0948086  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4129  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.38 
 
 		 235 aa  44.3  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1332  anti-ECFsigma factor, ChrR  35.9 
 
 		 228 aa  43.5  0.003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.469882 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0982  hypothetical protein  31.65 
 
 		 223 aa  43.1  0.004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0025  transcriptional activator anti-ECFsigma factor  29.85 
 
 		 223 aa  42.7  0.004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.322497  normal  0.142099 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1373  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.99 
 
 		 239 aa  42.7  0.004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.86738  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6152  anti-ECFsigma factor, ChrR  32.1 
 
 		 222 aa  42  0.009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.310747  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4157  anti-sigm factor, ChrR  27.37 
 
 		 219 aa  41.6  0.01  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.424525 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4247  anti-ECFsigma factor, ChrR  27.45 
 
 		 236 aa  41.6  0.01  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.364362  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>