68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2472 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2472  anti-sigm factor, ChrR  100 
 
 		 223 aa  464  9.999999999999999e-131  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.483016  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0517  anti-ECFsigma factor, ChrR  39.01 
 
 		 212 aa  154  8e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.112614  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4076  anti-ECFsigma factor, ChrR  35.14 
 
 		 231 aa  148  7e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0365  anti-ECFsigma factor  31.94 
 
 		 223 aa  127  1.0000000000000001e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.931641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2756  anti-ECFsigma factor, ChrR  32.56 
 
 		 213 aa  118  9e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1333  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.94 
 
 		 223 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0130181  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1630  anti-ECFsigma factor, ChrR  34.2 
 
 		 235 aa  116  3e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2935  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.7 
 
 		 214 aa  115  5e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.714383  normal  0.0760187 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1093  anti-sigma factor ChrR  31.48 
 
 		 213 aa  115  6e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0090  anti sigma factor protein  30.26 
 
 		 230 aa  114  8.999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0721  anti-Sigm factor, ChrR  32.47 
 
 		 224 aa  113  3e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.699177  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0550  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.41 
 
 		 220 aa  112  3e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.259297  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1890  putative transcriptional activator  29.73 
 
 		 226 aa  110  2.0000000000000002e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1553  anti-ECFsigma factor, ChrR  29.17 
 
 		 212 aa  108  5e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3569  transcriptional regulator  27.15 
 
 		 223 aa  105  5e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3373  anti-sigma factor ChrR, putative  30.04 
 
 		 224 aa  104  1e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1042  transcriptional activator ChrR  28.18 
 
 		 220 aa  104  1e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.998121  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0891  transcriptional activator ChrR  28.12 
 
 		 220 aa  103  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.627944 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01438  Transcription negative regulator ChrR  27.98 
 
 		 246 aa  102  3e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1867  anti-ECFsigma factor, ChrR  27.75 
 
 		 226 aa  101  1e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.947993 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0996  anti-ECFsigma factor, ChrR  29.09 
 
 		 216 aa  100  2e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.84209 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0416  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.23 
 
 		 211 aa  99.8  3e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.168999 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03283  hypothetical protein  30.28 
 
 		 219 aa  99.8  3e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1618  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.23 
 
 		 214 aa  99.8  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.61386 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2958  transcriptional regulator  30.49 
 
 		 216 aa  99.8  3e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.406558 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2319  anti-ECFsigma factor, ChrR  29.74 
 
 		 228 aa  99.4  4e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0339  anti-sigma factor ChrR, putative  27.65 
 
 		 218 aa  96.7  3e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.275978 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1477  anti-ECFsigma factor, ChrR  27.6 
 
 		 249 aa  94.7  1e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.688237  normal  0.852126 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2779  anti-ECFsigma factor, ChrR  24.6 
 
 		 246 aa  94  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.960019 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1378  putative transcriptional activator  28.02 
 
 		 228 aa  92  7e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.857298  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1985  transcriptional activator, putative  25.76 
 
 		 230 aa  90.9  1e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4022  anti-sigm factor, ChrR  26.17 
 
 		 213 aa  90.5  2e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2276  anti-ECFsigma factor, ChrR  27.9 
 
 		 231 aa  90.1  3e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2466  anti-ECFsigma factor, ChrR  29.18 
 
 		 231 aa  89  5e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2037  anti-ECFsigma factor, ChrR  26.15 
 
 		 262 aa  89  5e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.280175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1960  anti-ECFsigma factor, ChrR  27.85 
 
 		 214 aa  88.2  8e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0408517 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002701  putative transcriptional activator ChrR  28.9 
 
 		 219 aa  87.8  1e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2348  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.21 
 
 		 231 aa  86.3  3e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.527033  normal  0.0659937 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0487  anti-sigm factor, ChrR  29.17 
 
 		 219 aa  86.3  4e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221511  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1439  anti-ECFsigma factor, ChrR  27.83 
 
 		 214 aa  84.7  9e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.297382 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0275  anti-ECFsigma factor, ChrR  27.75 
 
 		 227 aa  82.8  0.000000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2598  anti-ECFsigma factor, ChrR  26.83 
 
 		 243 aa  82.8  0.000000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2637  anti-ECFsigma factor, ChrR  27.57 
 
 		 240 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2712  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.05 
 
 		 243 aa  79.7  0.00000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.134488  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1748  anti-ECFsigma factor, ChrR  26.94 
 
 		 243 aa  76.6  0.0000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0800571  hitchhiker  0.00180975 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2323  anti-ECFsigma factor, ChrR  25.86 
 
 		 235 aa  73.2  0.000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.586398  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4481  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.96 
 
 		 117 aa  49.3  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02219  predicted transcription negative regulator  41.67 
 
 		 218 aa  48.5  0.00007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.279228  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1180  anti-ECFsigma factor, ChrR  43.33 
 
 		 222 aa  47.8  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.700022  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2083  anti-ECFsigma factor, ChrR  40.74 
 
 		 222 aa  47.8  0.0001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.246255  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1373  anti-ECFsigma factor, ChrR  41.18 
 
 		 239 aa  47  0.0002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.86738  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6449  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.66 
 
 		 117 aa  46.6  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0335897 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1495  anti-ECFsigma factor, ChrR  42.31 
 
 		 222 aa  45.8  0.0005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1793  transcriptional regulator  35 
 
 		 230 aa  45.8  0.0006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.376612  normal  0.0711079 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3481  anti-ECFsigma factor, ChrR  42.86 
 
 		 221 aa  44.7  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0881  anti-ECFsigma factor, ChrR  42.86 
 
 		 221 aa  44.7  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5650  Allophanate hydrolase  37.66 
 
 		 114 aa  44.7  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0555941  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3840  anti-ECFsigma factor, ChrR  48.84 
 
 		 224 aa  44.3  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0893  anti-ECFsigma factor, ChrR  42.86 
 
 		 221 aa  44.7  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0858  anti-ECFsigma factor, ChrR  42.86 
 
 		 221 aa  44.7  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1362  anti-ECFsigma factor, ChrR  42.31 
 
 		 218 aa  43.9  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1225  anti-sigm factor, ChrR  41.07 
 
 		 220 aa  43.1  0.003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00201902  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1906  anti-ECFsigma factor, ChrR  44 
 
 		 228 aa  42.7  0.005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.150648  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5392  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.04 
 
 		 227 aa  42.4  0.006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.503327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1575  anti-ECFsigma factor, ChrR  41.82 
 
 		 220 aa  42.4  0.006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4129  anti-ECFsigma factor, ChrR  35 
 
 		 235 aa  42  0.007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6445  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.04 
 
 		 244 aa  42  0.007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0560639  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000607  hypothetical protein  44 
 
 		 223 aa  41.6  0.009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000379555  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>