70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1985 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1985  transcriptional activator, putative  100 
 
 		 230 aa  482  1e-135  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2276  anti-ECFsigma factor, ChrR  73.28 
 
 		 231 aa  353  1e-96  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2348  anti-ECFsigma factor, ChrR  72.41 
 
 		 231 aa  348  4e-95  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.527033  normal  0.0659937 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2466  anti-ECFsigma factor, ChrR  70.69 
 
 		 231 aa  345  3e-94  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2323  anti-ECFsigma factor, ChrR  59.83 
 
 		 235 aa  286  2e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.586398  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2637  anti-ECFsigma factor, ChrR  56.73 
 
 		 240 aa  271  5.000000000000001e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2598  anti-ECFsigma factor, ChrR  57.2 
 
 		 243 aa  268  8e-71  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2712  anti-ECFsigma factor, ChrR  56.85 
 
 		 243 aa  266  2e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.134488  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1748  anti-ECFsigma factor, ChrR  56.85 
 
 		 243 aa  266  2e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0800571  hitchhiker  0.00180975 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2319  anti-ECFsigma factor, ChrR  49.58 
 
 		 228 aa  224  7e-58  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2037  anti-ECFsigma factor, ChrR  41.22 
 
 		 262 aa  202  3e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.280175  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1378  putative transcriptional activator  42.17 
 
 		 228 aa  193  2e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.857298  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2779  anti-ECFsigma factor, ChrR  39.84 
 
 		 246 aa  190  1e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.960019 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0996  anti-ECFsigma factor, ChrR  43.72 
 
 		 216 aa  188  5e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.84209 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3373  anti-sigma factor ChrR, putative  41.45 
 
 		 224 aa  182  3e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1477  anti-ECFsigma factor, ChrR  39.29 
 
 		 249 aa  175  4e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.688237  normal  0.852126 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1890  putative transcriptional activator  34.89 
 
 		 226 aa  143  2e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01438  Transcription negative regulator ChrR  31.66 
 
 		 246 aa  130  1.0000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1333  anti-ECFsigma factor, ChrR  29.83 
 
 		 223 aa  124  8.000000000000001e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0130181  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03283  hypothetical protein  32.48 
 
 		 219 aa  122  3e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002701  putative transcriptional activator ChrR  32.48 
 
 		 219 aa  120  1.9999999999999998e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4076  anti-ECFsigma factor, ChrR  34.33 
 
 		 231 aa  119  4.9999999999999996e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0090  anti sigma factor protein  31.36 
 
 		 230 aa  110  3e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0416  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.34 
 
 		 211 aa  103  3e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.168999 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2935  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.22 
 
 		 214 aa  98.2  9e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.714383  normal  0.0760187 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0365  anti-ECFsigma factor  28.57 
 
 		 223 aa  97.8  1e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.931641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1093  anti-sigma factor ChrR  28.82 
 
 		 213 aa  94  2e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2756  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.82 
 
 		 213 aa  94.4  2e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2472  anti-sigm factor, ChrR  25.76 
 
 		 223 aa  90.9  1e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.483016  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0517  anti-ECFsigma factor, ChrR  26.81 
 
 		 212 aa  84.7  0.000000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.112614  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0550  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.94 
 
 		 220 aa  84  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.259297  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0721  anti-Sigm factor, ChrR  28.33 
 
 		 224 aa  83.2  0.000000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.699177  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0339  anti-sigma factor ChrR, putative  28.57 
 
 		 218 aa  79.3  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.275978 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3569  transcriptional regulator  26.11 
 
 		 223 aa  79.3  0.00000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0487  anti-sigm factor, ChrR  34.71 
 
 		 219 aa  73.6  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1553  anti-ECFsigma factor, ChrR  27.63 
 
 		 212 aa  72.8  0.000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1618  anti-ECFsigma factor, ChrR  34.02 
 
 		 214 aa  66.6  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.61386 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1630  anti-ECFsigma factor, ChrR  23.63 
 
 		 235 aa  64.7  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1439  anti-ECFsigma factor, ChrR  27.42 
 
 		 214 aa  63.9  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.297382 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1960  anti-ECFsigma factor, ChrR  39.71 
 
 		 214 aa  63.5  0.000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0408517 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4022  anti-sigm factor, ChrR  23.5 
 
 		 213 aa  62  0.000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2958  transcriptional regulator  24.78 
 
 		 216 aa  61.6  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.406558 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0891  transcriptional activator ChrR  24.89 
 
 		 220 aa  60.1  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.627944 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5650  Allophanate hydrolase  28.1 
 
 		 114 aa  56.6  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0555941  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1042  transcriptional activator ChrR  23.48 
 
 		 220 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.998121  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6449  anti-ECFsigma factor, ChrR  36.76 
 
 		 117 aa  55.5  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0335897 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4481  anti-ECFsigma factor, ChrR  29.9 
 
 		 117 aa  55.5  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1867  anti-ECFsigma factor, ChrR  24.26 
 
 		 226 aa  54.3  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.947993 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1575  anti-ECFsigma factor, ChrR  31.31 
 
 		 220 aa  51.2  0.00001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1454  anti-ECFsigma factor, ChrR  32.61 
 
 		 125 aa  50.1  0.00003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1782  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.33 
 
 		 234 aa  49.7  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0336195  normal  0.05616 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1332  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.33 
 
 		 228 aa  46.2  0.0004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.469882 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2083  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.33 
 
 		 222 aa  46.2  0.0004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.246255  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5392  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.3 
 
 		 227 aa  45.8  0.0005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.503327  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1373  anti-ECFsigma factor, ChrR  29.35 
 
 		 239 aa  45.8  0.0005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.86738  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6445  anti-ECFsigma factor, ChrR  31.33 
 
 		 244 aa  45.8  0.0006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0560639  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0982  hypothetical protein  30.19 
 
 		 223 aa  45.4  0.0008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4247  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.05 
 
 		 236 aa  44.7  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.364362  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1906  anti-ECFsigma factor, ChrR  34.12 
 
 		 228 aa  43.9  0.002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.150648  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0275  anti-ECFsigma factor, ChrR  29.59 
 
 		 227 aa  44.3  0.002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6152  anti-ECFsigma factor, ChrR  31.33 
 
 		 222 aa  43.9  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.310747  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0881  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.38 
 
 		 221 aa  43.1  0.003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0893  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.38 
 
 		 221 aa  43.5  0.003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0858  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.38 
 
 		 221 aa  43.1  0.003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3481  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.38 
 
 		 221 aa  43.5  0.003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0423  anti-ECFsigma factor, ChrR  31.71 
 
 		 222 aa  43.5  0.003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.47204  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02219  predicted transcription negative regulator  29.73 
 
 		 218 aa  42.7  0.005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.279228  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0821  hypothetical protein  31.43 
 
 		 214 aa  42.7  0.005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4157  anti-sigm factor, ChrR  31.31 
 
 		 219 aa  42.4  0.006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.424525 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4129  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.89 
 
 		 235 aa  42  0.009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>