47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1042 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1042  transcriptional activator ChrR  100 
 
 		 220 aa  454  1e-127  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.998121  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0891  transcriptional activator ChrR  85.91 
 
 		 220 aa  394  1e-109  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.627944 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1960  anti-ECFsigma factor, ChrR  42.27 
 
 		 214 aa  164  9e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0408517 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1093  anti-sigma factor ChrR  35.19 
 
 		 213 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2756  anti-ECFsigma factor, ChrR  34.72 
 
 		 213 aa  139  3e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0090  anti sigma factor protein  34.07 
 
 		 230 aa  133  1.9999999999999998e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0721  anti-Sigm factor, ChrR  33.48 
 
 		 224 aa  133  1.9999999999999998e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.699177  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1867  anti-ECFsigma factor, ChrR  34.68 
 
 		 226 aa  131  1.0000000000000001e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.947993 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2935  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.8 
 
 		 214 aa  129  3e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.714383  normal  0.0760187 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4022  anti-sigm factor, ChrR  33.63 
 
 		 213 aa  129  4.0000000000000003e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0339  anti-sigma factor ChrR, putative  35.48 
 
 		 218 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.275978 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0416  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.63 
 
 		 211 aa  122  4e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.168999 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3569  transcriptional regulator  32.27 
 
 		 223 aa  114  1.0000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4076  anti-ECFsigma factor, ChrR  27.65 
 
 		 231 aa  113  3e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1630  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.87 
 
 		 235 aa  112  4.0000000000000004e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0550  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.48 
 
 		 220 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.259297  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1553  anti-ECFsigma factor, ChrR  31.92 
 
 		 212 aa  108  7.000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0365  anti-ECFsigma factor  27.73 
 
 		 223 aa  107  2e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.931641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2958  transcriptional regulator  29.49 
 
 		 216 aa  105  4e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.406558 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2472  anti-sigm factor, ChrR  28.18 
 
 		 223 aa  104  1e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.483016  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0275  anti-ECFsigma factor, ChrR  31.39 
 
 		 227 aa  103  2e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0487  anti-sigm factor, ChrR  33.64 
 
 		 219 aa  102  4e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0517  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.57 
 
 		 212 aa  101  8e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.112614  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1618  anti-ECFsigma factor, ChrR  26.07 
 
 		 214 aa  93.6  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.61386 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1439  anti-ECFsigma factor, ChrR  25.12 
 
 		 214 aa  90.5  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.297382 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03283  hypothetical protein  27.85 
 
 		 219 aa  85.9  5e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002701  putative transcriptional activator ChrR  26.51 
 
 		 219 aa  85.1  7e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1890  putative transcriptional activator  27.75 
 
 		 226 aa  84.7  9e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3373  anti-sigma factor ChrR, putative  27.56 
 
 		 224 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0996  anti-ECFsigma factor, ChrR  24.07 
 
 		 216 aa  77.4  0.0000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.84209 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1333  anti-ECFsigma factor, ChrR  23.61 
 
 		 223 aa  75.9  0.0000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0130181  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1477  anti-ECFsigma factor, ChrR  24.08 
 
 		 249 aa  74.7  0.000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.688237  normal  0.852126 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2779  anti-ECFsigma factor, ChrR  25.31 
 
 		 246 aa  70.1  0.00000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.960019 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1378  putative transcriptional activator  23.63 
 
 		 228 aa  63.9  0.000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.857298  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2712  anti-ECFsigma factor, ChrR  24.49 
 
 		 243 aa  62.4  0.000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.134488  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2637  anti-ECFsigma factor, ChrR  24.79 
 
 		 240 aa  62  0.000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2598  anti-ECFsigma factor, ChrR  24.49 
 
 		 243 aa  62.4  0.000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1748  anti-ECFsigma factor, ChrR  25.1 
 
 		 243 aa  60.8  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0800571  hitchhiker  0.00180975 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2319  anti-ECFsigma factor, ChrR  23.5 
 
 		 228 aa  60.5  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2037  anti-ECFsigma factor, ChrR  22.27 
 
 		 262 aa  60.5  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.280175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2323  anti-ECFsigma factor, ChrR  23.04 
 
 		 235 aa  60.8  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.586398  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01438  Transcription negative regulator ChrR  22.08 
 
 		 246 aa  59.7  0.00000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2466  anti-ECFsigma factor, ChrR  23.56 
 
 		 231 aa  57.4  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1985  transcriptional activator, putative  23.48 
 
 		 230 aa  56.6  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2348  anti-ECFsigma factor, ChrR  22.32 
 
 		 231 aa  54.3  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.527033  normal  0.0659937 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2276  anti-ECFsigma factor, ChrR  22.41 
 
 		 231 aa  53.9  0.000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1473  hypothetical protein  31.03 
 
 		 210 aa  46.6  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>