80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3373 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_3373  anti-sigma factor ChrR, putative  100 
 
 		 224 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1477  anti-ECFsigma factor, ChrR  59.84 
 
 		 249 aa  286  2e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.688237  normal  0.852126 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2779  anti-ECFsigma factor, ChrR  53.23 
 
 		 246 aa  267  8e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.960019 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1378  putative transcriptional activator  44.1 
 
 		 228 aa  196  2.0000000000000003e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.857298  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1985  transcriptional activator, putative  41.45 
 
 		 230 aa  182  3e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2319  anti-ECFsigma factor, ChrR  41.74 
 
 		 228 aa  182  3e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2466  anti-ECFsigma factor, ChrR  40.26 
 
 		 231 aa  178  7e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2276  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.96 
 
 		 231 aa  175  5e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2348  anti-ECFsigma factor, ChrR  40.69 
 
 		 231 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.527033  normal  0.0659937 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2637  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.86 
 
 		 240 aa  167  8e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1748  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.25 
 
 		 243 aa  166  2e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0800571  hitchhiker  0.00180975 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2712  anti-ECFsigma factor, ChrR  36.99 
 
 		 243 aa  166  2e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.134488  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2598  anti-ECFsigma factor, ChrR  36.69 
 
 		 243 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2323  anti-ECFsigma factor, ChrR  36.78 
 
 		 235 aa  161  8.000000000000001e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.586398  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0996  anti-ECFsigma factor, ChrR  36.61 
 
 		 216 aa  161  1e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.84209 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2037  anti-ECFsigma factor, ChrR  35.61 
 
 		 262 aa  159  4e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.280175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1890  putative transcriptional activator  33.04 
 
 		 226 aa  135  4e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03283  hypothetical protein  32.77 
 
 		 219 aa  130  2.0000000000000002e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01438  Transcription negative regulator ChrR  31.98 
 
 		 246 aa  129  5.0000000000000004e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002701  putative transcriptional activator ChrR  31.58 
 
 		 219 aa  119  3e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4076  anti-ECFsigma factor, ChrR  32.89 
 
 		 231 aa  118  7e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1333  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.53 
 
 		 223 aa  118  7.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0130181  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2472  anti-sigm factor, ChrR  30.04 
 
 		 223 aa  104  1e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.483016  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0416  anti-ECFsigma factor, ChrR  31.42 
 
 		 211 aa  99  6e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.168999 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3569  transcriptional regulator  29.95 
 
 		 223 aa  98.2  1e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0090  anti sigma factor protein  30.3 
 
 		 230 aa  97.1  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0721  anti-Sigm factor, ChrR  29.61 
 
 		 224 aa  92.8  4e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.699177  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1093  anti-sigma factor ChrR  27.73 
 
 		 213 aa  90.1  2e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2935  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.38 
 
 		 214 aa  90.1  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.714383  normal  0.0760187 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2756  anti-ECFsigma factor, ChrR  27.73 
 
 		 213 aa  89.7  3e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0365  anti-ECFsigma factor  27.23 
 
 		 223 aa  88.2  9e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.931641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0517  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.89 
 
 		 212 aa  83.6  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.112614  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1618  anti-ECFsigma factor, ChrR  25 
 
 		 214 aa  77  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.61386 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0891  transcriptional activator ChrR  26.01 
 
 		 220 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.627944 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1042  transcriptional activator ChrR  27.56 
 
 		 220 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.998121  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1630  anti-ECFsigma factor, ChrR  27.35 
 
 		 235 aa  75.5  0.0000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1553  anti-ECFsigma factor, ChrR  26.36 
 
 		 212 aa  75.1  0.0000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1439  anti-ECFsigma factor, ChrR  26.85 
 
 		 214 aa  73.2  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.297382 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2958  transcriptional regulator  25.88 
 
 		 216 aa  73.2  0.000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.406558 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4022  anti-sigm factor, ChrR  24.14 
 
 		 213 aa  72  0.000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1960  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.35 
 
 		 214 aa  70.1  0.00000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0408517 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0550  anti-ECFsigma factor, ChrR  27.19 
 
 		 220 aa  64.7  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.259297  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0275  anti-ECFsigma factor, ChrR  29.9 
 
 		 227 aa  64.3  0.000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0487  anti-sigm factor, ChrR  36.96 
 
 		 219 aa  61.2  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0339  anti-sigma factor ChrR, putative  24.44 
 
 		 218 aa  61.6  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.275978 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1867  anti-ECFsigma factor, ChrR  24.76 
 
 		 226 aa  60.5  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.947993 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5392  anti-ECFsigma factor, ChrR  39.24 
 
 		 227 aa  57  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.503327  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5650  Allophanate hydrolase  40.58 
 
 		 114 aa  56.2  0.0000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0555941  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1454  anti-ECFsigma factor, ChrR  31.07 
 
 		 125 aa  54.7  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4481  anti-ECFsigma factor, ChrR  40.58 
 
 		 117 aa  53.9  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6449  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.91 
 
 		 117 aa  53.1  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0335897 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6152  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.66 
 
 		 222 aa  52.8  0.000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.310747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3840  anti-ECFsigma factor, ChrR  32.99 
 
 		 224 aa  52.4  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1332  anti-ECFsigma factor, ChrR  36.71 
 
 		 228 aa  52  0.000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.469882 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6445  anti-ECFsigma factor, ChrR  34.57 
 
 		 244 aa  51.6  0.000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0560639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4129  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.34 
 
 		 235 aa  51.2  0.00001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0586  anti-ECFsigma factor, ChrR  31.11 
 
 		 222 aa  50.8  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1373  anti-ECFsigma factor, ChrR  31.91 
 
 		 239 aa  50.4  0.00002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.86738  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0451  anti-ECFsigma factor, ChrR  35.62 
 
 		 241 aa  50.4  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.38082 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0821  hypothetical protein  33.71 
 
 		 214 aa  48.9  0.00006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0423  anti-ECFsigma factor, ChrR  29.2 
 
 		 222 aa  48.5  0.00007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.47204  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1782  anti-ECFsigma factor, ChrR  36.92 
 
 		 234 aa  48.9  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0336195  normal  0.05616 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1495  anti-ECFsigma factor, ChrR  34.04 
 
 		 222 aa  48.1  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4157  anti-sigm factor, ChrR  34.38 
 
 		 219 aa  47.8  0.0002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.424525 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1575  anti-ECFsigma factor, ChrR  31.96 
 
 		 220 aa  47.4  0.0002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1225  anti-sigm factor, ChrR  32.5 
 
 		 220 aa  45.8  0.0005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00201902  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1906  anti-ECFsigma factor, ChrR  31.82 
 
 		 228 aa  45.8  0.0005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.150648  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4247  anti-ECFsigma factor, ChrR  34.67 
 
 		 236 aa  45.8  0.0006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.364362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3608  anti-Sigm factor, ChrR  30.14 
 
 		 132 aa  44.7  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1946  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.93 
 
 		 224 aa  45.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00378013  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2083  anti-ECFsigma factor, ChrR  32.5 
 
 		 222 aa  44.3  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.246255  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02219  predicted transcription negative regulator  30.23 
 
 		 218 aa  44.7  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.279228  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1180  anti-ECFsigma factor, ChrR  32.91 
 
 		 222 aa  44.3  0.002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.700022  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1005  anti-ECFsigma factor, ChrR  32.1 
 
 		 222 aa  43.9  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000085079 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1793  transcriptional regulator  29.23 
 
 		 230 aa  43.9  0.002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.376612  normal  0.0711079 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0025  transcriptional activator anti-ECFsigma factor  37.1 
 
 		 223 aa  42.7  0.004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.322497  normal  0.142099 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0847  cupin 2 domain-containing protein  37.14 
 
 		 116 aa  42.4  0.006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1969  anti-ECFsigma factor, ChrR  34.38 
 
 		 232 aa  42.4  0.006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1473  hypothetical protein  37.74 
 
 		 210 aa  42  0.007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0881  hypothetical protein  30.88 
 
 		 192 aa  42  0.009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0707525  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>