48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2958 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_2958  transcriptional regulator  100 
 
 		 216 aa  432  1e-120  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.406558 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1553  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.43 
 
 		 212 aa  149  4e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3569  transcriptional regulator  36.32 
 
 		 223 aa  134  8e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0721  anti-Sigm factor, ChrR  37.22 
 
 		 224 aa  128  6e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.699177  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1630  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.56 
 
 		 235 aa  120  9.999999999999999e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2756  anti-ECFsigma factor, ChrR  36.57 
 
 		 213 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2935  anti-ECFsigma factor, ChrR  36.87 
 
 		 214 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.714383  normal  0.0760187 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0550  anti-ECFsigma factor, ChrR  35.62 
 
 		 220 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.259297  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1093  anti-sigma factor ChrR  36.41 
 
 		 213 aa  117  9e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2472  anti-sigm factor, ChrR  30.49 
 
 		 223 aa  110  1.0000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.483016  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0090  anti sigma factor protein  31.47 
 
 		 230 aa  110  1.0000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1042  transcriptional activator ChrR  29.49 
 
 		 220 aa  109  3e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.998121  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0891  transcriptional activator ChrR  29.17 
 
 		 220 aa  104  8e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.627944 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0517  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.66 
 
 		 212 aa  104  8e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.112614  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4076  anti-ECFsigma factor, ChrR  27.68 
 
 		 231 aa  102  4e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0365  anti-ECFsigma factor  30.91 
 
 		 223 aa  102  4e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.931641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0339  anti-sigma factor ChrR, putative  34.55 
 
 		 218 aa  101  7e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.275978 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0416  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.48 
 
 		 211 aa  101  8e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.168999 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1867  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.53 
 
 		 226 aa  98.6  7e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.947993 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1890  putative transcriptional activator  34.6 
 
 		 226 aa  96.3  3e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4022  anti-sigm factor, ChrR  31.92 
 
 		 213 aa  95.5  6e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0487  anti-sigm factor, ChrR  35.32 
 
 		 219 aa  92  6e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221511  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1618  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.95 
 
 		 214 aa  91.7  9e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.61386 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1960  anti-ECFsigma factor, ChrR  31.34 
 
 		 214 aa  87.4  1e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0408517 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01438  Transcription negative regulator ChrR  29.1 
 
 		 246 aa  84  0.000000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1439  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.7 
 
 		 214 aa  84  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.297382 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2466  anti-ECFsigma factor, ChrR  27.59 
 
 		 231 aa  82.4  0.000000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1333  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.83 
 
 		 223 aa  81.6  0.000000000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0130181  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2276  anti-ECFsigma factor, ChrR  27.16 
 
 		 231 aa  80.1  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2348  anti-ECFsigma factor, ChrR  27.16 
 
 		 231 aa  79.3  0.00000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.527033  normal  0.0659937 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0275  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.57 
 
 		 227 aa  79  0.00000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03283  hypothetical protein  29.15 
 
 		 219 aa  79  0.00000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1378  putative transcriptional activator  26.87 
 
 		 228 aa  78.6  0.00000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.857298  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0996  anti-ECFsigma factor, ChrR  25.81 
 
 		 216 aa  77.8  0.0000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.84209 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1477  anti-ECFsigma factor, ChrR  26.77 
 
 		 249 aa  77.4  0.0000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.688237  normal  0.852126 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3373  anti-sigma factor ChrR, putative  27.07 
 
 		 224 aa  75.5  0.0000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002701  putative transcriptional activator ChrR  27.51 
 
 		 219 aa  75.5  0.0000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2637  anti-ECFsigma factor, ChrR  27.78 
 
 		 240 aa  75.1  0.0000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2712  anti-ECFsigma factor, ChrR  26.67 
 
 		 243 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.134488  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1748  anti-ECFsigma factor, ChrR  27.35 
 
 		 243 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0800571  hitchhiker  0.00180975 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2598  anti-ECFsigma factor, ChrR  27.87 
 
 		 243 aa  72.8  0.000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2779  anti-ECFsigma factor, ChrR  24.38 
 
 		 246 aa  70.9  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.960019 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2323  anti-ECFsigma factor, ChrR  26.67 
 
 		 235 aa  68.9  0.00000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.586398  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2319  anti-ECFsigma factor, ChrR  24.89 
 
 		 228 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1985  transcriptional activator, putative  26.47 
 
 		 230 aa  67.4  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2037  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.46 
 
 		 262 aa  60.1  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.280175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4129  anti-ECFsigma factor, ChrR  31.58 
 
 		 235 aa  41.6  0.009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0025  transcriptional activator anti-ECFsigma factor  38.46 
 
 		 223 aa  41.6  0.01  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.322497  normal  0.142099 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>