48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0487 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0487  anti-sigm factor, ChrR  100 
 
 		 219 aa  427  1e-119  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0339  anti-sigma factor ChrR, putative  85.39 
 
 		 218 aa  338  2.9999999999999998e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.275978 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0550  anti-ECFsigma factor, ChrR  78.18 
 
 		 220 aa  315  3e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.259297  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0090  anti sigma factor protein  48.26 
 
 		 230 aa  191  9e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2756  anti-ECFsigma factor, ChrR  47.95 
 
 		 213 aa  172  5e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1093  anti-sigma factor ChrR  47.95 
 
 		 213 aa  171  6.999999999999999e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2935  anti-ECFsigma factor, ChrR  49.32 
 
 		 214 aa  170  2e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.714383  normal  0.0760187 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0365  anti-ECFsigma factor  42.73 
 
 		 223 aa  161  9e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.931641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4022  anti-sigm factor, ChrR  40.37 
 
 		 213 aa  160  2e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0721  anti-Sigm factor, ChrR  44.69 
 
 		 224 aa  156  2e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.699177  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1867  anti-ECFsigma factor, ChrR  41.89 
 
 		 226 aa  155  5.0000000000000005e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.947993 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0416  anti-ECFsigma factor, ChrR  42.4 
 
 		 211 aa  143  2e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.168999 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0891  transcriptional activator ChrR  37.33 
 
 		 220 aa  139  3e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.627944 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1042  transcriptional activator ChrR  34.55 
 
 		 220 aa  131  6.999999999999999e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.998121  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0517  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.18 
 
 		 212 aa  129  5.0000000000000004e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.112614  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4076  anti-ECFsigma factor, ChrR  31.53 
 
 		 231 aa  122  6e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0275  anti-ECFsigma factor, ChrR  36.56 
 
 		 227 aa  119  1.9999999999999998e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2472  anti-sigm factor, ChrR  29.82 
 
 		 223 aa  119  4.9999999999999996e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.483016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03283  hypothetical protein  31.67 
 
 		 219 aa  118  7e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3569  transcriptional regulator  38.74 
 
 		 223 aa  115  6.9999999999999995e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1960  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.21 
 
 		 214 aa  113  2.0000000000000002e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0408517 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1618  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.95 
 
 		 214 aa  106  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.61386 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2958  transcriptional regulator  35.32 
 
 		 216 aa  107  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.406558 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002701  putative transcriptional activator ChrR  30.26 
 
 		 219 aa  99.4  4e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1553  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.33 
 
 		 212 aa  98.2  9e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2712  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.51 
 
 		 243 aa  94  1e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.134488  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2323  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.99 
 
 		 235 aa  94.4  1e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.586398  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1439  anti-ECFsigma factor, ChrR  30 
 
 		 214 aa  93.6  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.297382 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1333  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.57 
 
 		 223 aa  94  2e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0130181  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1748  anti-ECFsigma factor, ChrR  27.71 
 
 		 243 aa  92.8  4e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0800571  hitchhiker  0.00180975 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2466  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.88 
 
 		 231 aa  91.7  8e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1630  anti-ECFsigma factor, ChrR  34.18 
 
 		 235 aa  91.7  8e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1985  transcriptional activator, putative  29.18 
 
 		 230 aa  90.1  2e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2637  anti-ECFsigma factor, ChrR  29.88 
 
 		 240 aa  90.1  2e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2598  anti-ECFsigma factor, ChrR  27.71 
 
 		 243 aa  89.7  3e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2348  anti-ECFsigma factor, ChrR  29.74 
 
 		 231 aa  88.6  6e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.527033  normal  0.0659937 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2276  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.02 
 
 		 231 aa  87.8  1e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0996  anti-ECFsigma factor, ChrR  27.57 
 
 		 216 aa  86.7  3e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.84209 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1890  putative transcriptional activator  26.58 
 
 		 226 aa  85.9  4e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2037  anti-ECFsigma factor, ChrR  25.87 
 
 		 262 aa  82.8  0.000000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.280175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1477  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.4 
 
 		 249 aa  81.6  0.000000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.688237  normal  0.852126 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01438  Transcription negative regulator ChrR  27.53 
 
 		 246 aa  80.9  0.00000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2779  anti-ECFsigma factor, ChrR  26.18 
 
 		 246 aa  72.8  0.000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.960019 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3373  anti-sigma factor ChrR, putative  24.89 
 
 		 224 aa  72.8  0.000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2319  anti-ECFsigma factor, ChrR  25.11 
 
 		 228 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1378  putative transcriptional activator  24.89 
 
 		 228 aa  63.5  0.000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.857298  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1373  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.87 
 
 		 239 aa  45.1  0.0009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.86738  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5650  Allophanate hydrolase  36.49 
 
 		 114 aa  43.1  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0555941  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>