51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0365 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0365  anti-ECFsigma factor  100 
 
 		 223 aa  451  1.0000000000000001e-126  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.931641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2935  anti-ECFsigma factor, ChrR  61.82 
 
 		 214 aa  269  2e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.714383  normal  0.0760187 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2756  anti-ECFsigma factor, ChrR  61.36 
 
 		 213 aa  261  6.999999999999999e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1093  anti-sigma factor ChrR  61.36 
 
 		 213 aa  261  8e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0416  anti-ECFsigma factor, ChrR  53.81 
 
 		 211 aa  228  6e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.168999 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4022  anti-sigm factor, ChrR  48.43 
 
 		 213 aa  212  4.9999999999999996e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0090  anti sigma factor protein  41.92 
 
 		 230 aa  177  1e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0721  anti-Sigm factor, ChrR  37.73 
 
 		 224 aa  151  8e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.699177  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0339  anti-sigma factor ChrR, putative  42.34 
 
 		 218 aa  143  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.275978 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1867  anti-ECFsigma factor, ChrR  36.89 
 
 		 226 aa  137  8.999999999999999e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.947993 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0550  anti-ECFsigma factor, ChrR  39.19 
 
 		 220 aa  135  4e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.259297  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1618  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.98 
 
 		 214 aa  129  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.61386 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0487  anti-sigm factor, ChrR  42.08 
 
 		 219 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2472  anti-sigm factor, ChrR  31.94 
 
 		 223 aa  127  1.0000000000000001e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.483016  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1439  anti-ECFsigma factor, ChrR  36.71 
 
 		 214 aa  125  6e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.297382 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3569  transcriptional regulator  37.27 
 
 		 223 aa  124  1e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1553  anti-ECFsigma factor, ChrR  36.87 
 
 		 212 aa  122  5e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0891  transcriptional activator ChrR  29.86 
 
 		 220 aa  118  7e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.627944 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002701  putative transcriptional activator ChrR  31.96 
 
 		 219 aa  115  5e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4076  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.53 
 
 		 231 aa  113  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0275  anti-ECFsigma factor, ChrR  32.6 
 
 		 227 aa  110  2.0000000000000002e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1333  anti-ECFsigma factor, ChrR  29.73 
 
 		 223 aa  108  5e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0130181  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1960  anti-ECFsigma factor, ChrR  31.48 
 
 		 214 aa  107  1e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0408517 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1630  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.47 
 
 		 235 aa  108  1e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1042  transcriptional activator ChrR  27.73 
 
 		 220 aa  107  2e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.998121  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0517  anti-ECFsigma factor, ChrR  29.6 
 
 		 212 aa  105  5e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.112614  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03283  hypothetical protein  29.74 
 
 		 219 aa  105  5e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01438  Transcription negative regulator ChrR  29.39 
 
 		 246 aa  103  2e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0996  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.59 
 
 		 216 aa  101  1e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.84209 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1890  putative transcriptional activator  30.8 
 
 		 226 aa  100  1e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2348  anti-ECFsigma factor, ChrR  29.79 
 
 		 231 aa  100  1e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.527033  normal  0.0659937 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2466  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.81 
 
 		 231 aa  99.8  3e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1985  transcriptional activator, putative  28.57 
 
 		 230 aa  97.8  1e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2276  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.94 
 
 		 231 aa  97.4  1e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2323  anti-ECFsigma factor, ChrR  30 
 
 		 235 aa  97.4  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.586398  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2037  anti-ECFsigma factor, ChrR  26.74 
 
 		 262 aa  95.1  8e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.280175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1477  anti-ECFsigma factor, ChrR  27.78 
 
 		 249 aa  94.4  1e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.688237  normal  0.852126 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2598  anti-ECFsigma factor, ChrR  29.2 
 
 		 243 aa  93.2  3e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2637  anti-ECFsigma factor, ChrR  29.15 
 
 		 240 aa  91.7  9e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2958  transcriptional regulator  31.36 
 
 		 216 aa  90.9  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.406558 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2319  anti-ECFsigma factor, ChrR  27.19 
 
 		 228 aa  90.9  1e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2712  anti-ECFsigma factor, ChrR  29.2 
 
 		 243 aa  90.5  2e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.134488  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1748  anti-ECFsigma factor, ChrR  27.87 
 
 		 243 aa  88.6  8e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0800571  hitchhiker  0.00180975 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3373  anti-sigma factor ChrR, putative  27.23 
 
 		 224 aa  88.2  9e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2779  anti-ECFsigma factor, ChrR  25.21 
 
 		 246 aa  79.3  0.00000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.960019 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1378  putative transcriptional activator  27.39 
 
 		 228 aa  76.3  0.0000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.857298  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6449  anti-ECFsigma factor, ChrR  40.28 
 
 		 117 aa  46.2  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0335897 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4481  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.33 
 
 		 117 aa  45.1  0.0009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5650  Allophanate hydrolase  38.36 
 
 		 114 aa  45.1  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0555941  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1373  anti-ECFsigma factor, ChrR  40.68 
 
 		 239 aa  43.1  0.004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.86738  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5329  hypothetical protein  30.19 
 
 		 104 aa  42.4  0.006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.37846 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>