55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_002701 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_002701  putative transcriptional activator ChrR  100 
 
 		 219 aa  456  9.999999999999999e-129  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03283  hypothetical protein  79 
 
 		 219 aa  373  1e-102  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1890  putative transcriptional activator  50.44 
 
 		 226 aa  234  1.0000000000000001e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1333  anti-ECFsigma factor, ChrR  32.58 
 
 		 223 aa  145  5e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0130181  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0996  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.18 
 
 		 216 aa  130  1.0000000000000001e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.84209 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2319  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.05 
 
 		 228 aa  126  3e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01438  Transcription negative regulator ChrR  28.45 
 
 		 246 aa  125  6e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2466  anti-ECFsigma factor, ChrR  32.34 
 
 		 231 aa  124  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4076  anti-ECFsigma factor, ChrR  31.88 
 
 		 231 aa  120  9.999999999999999e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1985  transcriptional activator, putative  32.48 
 
 		 230 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2348  anti-ECFsigma factor, ChrR  31.06 
 
 		 231 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.527033  normal  0.0659937 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3373  anti-sigma factor ChrR, putative  31.58 
 
 		 224 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2276  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.21 
 
 		 231 aa  119  3e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2323  anti-ECFsigma factor, ChrR  32.5 
 
 		 235 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.586398  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2756  anti-ECFsigma factor, ChrR  31.51 
 
 		 213 aa  116  3e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2037  anti-ECFsigma factor, ChrR  32.71 
 
 		 262 aa  116  3e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.280175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0365  anti-ECFsigma factor  31.96 
 
 		 223 aa  115  5e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.931641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2637  anti-ECFsigma factor, ChrR  31.02 
 
 		 240 aa  114  7.999999999999999e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2598  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.65 
 
 		 243 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1477  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.85 
 
 		 249 aa  113  3e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.688237  normal  0.852126 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1093  anti-sigma factor ChrR  30.59 
 
 		 213 aa  113  3e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2935  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.32 
 
 		 214 aa  111  9e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.714383  normal  0.0760187 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2712  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.24 
 
 		 243 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.134488  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2779  anti-ECFsigma factor, ChrR  29.55 
 
 		 246 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.960019 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1748  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.24 
 
 		 243 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0800571  hitchhiker  0.00180975 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0416  anti-ECFsigma factor, ChrR  32.23 
 
 		 211 aa  101  9e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.168999 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0090  anti sigma factor protein  29.15 
 
 		 230 aa  100  2e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1378  putative transcriptional activator  28.09 
 
 		 228 aa  99.8  3e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.857298  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0721  anti-Sigm factor, ChrR  29.78 
 
 		 224 aa  94  2e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.699177  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0339  anti-sigma factor ChrR, putative  29.52 
 
 		 218 aa  90.1  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.275978 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4022  anti-sigm factor, ChrR  29.68 
 
 		 213 aa  88.6  7e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0517  anti-ECFsigma factor, ChrR  27.78 
 
 		 212 aa  88.2  9e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.112614  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2472  anti-sigm factor, ChrR  28.9 
 
 		 223 aa  87.8  1e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.483016  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3569  transcriptional regulator  28.57 
 
 		 223 aa  87.8  1e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0550  anti-ECFsigma factor, ChrR  27.98 
 
 		 220 aa  85.5  6e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.259297  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1042  transcriptional activator ChrR  26.51 
 
 		 220 aa  85.1  7e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.998121  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1630  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.94 
 
 		 235 aa  83.2  0.000000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0891  transcriptional activator ChrR  25.45 
 
 		 220 aa  82.8  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.627944 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1618  anti-ECFsigma factor, ChrR  29.13 
 
 		 214 aa  80.9  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.61386 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0487  anti-sigm factor, ChrR  28.51 
 
 		 219 aa  80.9  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1553  anti-ECFsigma factor, ChrR  26.64 
 
 		 212 aa  78.2  0.00000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1960  anti-ECFsigma factor, ChrR  24.54 
 
 		 214 aa  75.9  0.0000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0408517 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1439  anti-ECFsigma factor, ChrR  27.67 
 
 		 214 aa  74.3  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.297382 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2958  transcriptional regulator  27.48 
 
 		 216 aa  69.3  0.00000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.406558 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0275  anti-ECFsigma factor, ChrR  26.39 
 
 		 227 aa  67.8  0.0000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1867  anti-ECFsigma factor, ChrR  26.46 
 
 		 226 aa  66.6  0.0000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.947993 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5650  Allophanate hydrolase  28.3 
 
 		 114 aa  49.7  0.00003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0555941  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4481  anti-ECFsigma factor, ChrR  32.14 
 
 		 117 aa  47.4  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6449  anti-ECFsigma factor, ChrR  31.58 
 
 		 117 aa  46.2  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0335897 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1454  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.98 
 
 		 125 aa  44.3  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3233  anti-ECFsigma factor, ChrR  35 
 
 		 220 aa  44.3  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.741075  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2083  anti-ECFsigma factor, ChrR  36.51 
 
 		 222 aa  44.3  0.002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.246255  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0376  hypothetical protein  30.43 
 
 		 132 aa  42.7  0.004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1473  hypothetical protein  31.17 
 
 		 210 aa  42.7  0.004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02219  predicted transcription negative regulator  39.29 
 
 		 218 aa  42  0.008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.279228  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>