53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0339 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0339  anti-sigma factor ChrR, putative  100 
 
 		 218 aa  436  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.275978 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0487  anti-sigm factor, ChrR  84.02 
 
 		 219 aa  310  1e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221511  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0550  anti-ECFsigma factor, ChrR  75.45 
 
 		 220 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.259297  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0090  anti sigma factor protein  47.39 
 
 		 230 aa  189  2.9999999999999997e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2935  anti-ECFsigma factor, ChrR  48.62 
 
 		 214 aa  172  5e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.714383  normal  0.0760187 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2756  anti-ECFsigma factor, ChrR  47.25 
 
 		 213 aa  169  3e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0721  anti-Sigm factor, ChrR  44 
 
 		 224 aa  169  3e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.699177  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1093  anti-sigma factor ChrR  46.79 
 
 		 213 aa  167  8e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1867  anti-ECFsigma factor, ChrR  42.34 
 
 		 226 aa  167  1e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.947993 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0365  anti-ECFsigma factor  42.34 
 
 		 223 aa  162  4.0000000000000004e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.931641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4022  anti-sigm factor, ChrR  39.35 
 
 		 213 aa  158  6e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0891  transcriptional activator ChrR  37.1 
 
 		 220 aa  152  4e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.627944 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0416  anti-ECFsigma factor, ChrR  40.74 
 
 		 211 aa  150  2e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.168999 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1042  transcriptional activator ChrR  35.48 
 
 		 220 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.998121  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4076  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.91 
 
 		 231 aa  124  1e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0275  anti-ECFsigma factor, ChrR  36.56 
 
 		 227 aa  122  3e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0517  anti-ECFsigma factor, ChrR  32.72 
 
 		 212 aa  120  1.9999999999999998e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.112614  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1960  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.26 
 
 		 214 aa  118  9e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0408517 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1618  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.02 
 
 		 214 aa  115  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.61386 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2472  anti-sigm factor, ChrR  28.12 
 
 		 223 aa  112  3e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.483016  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3569  transcriptional regulator  36.44 
 
 		 223 aa  111  7.000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03283  hypothetical protein  31.96 
 
 		 219 aa  111  9e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1553  anti-ECFsigma factor, ChrR  35.71 
 
 		 212 aa  106  3e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2958  transcriptional regulator  34.55 
 
 		 216 aa  102  3e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.406558 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1439  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.71 
 
 		 214 aa  100  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.297382 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1630  anti-ECFsigma factor, ChrR  34.31 
 
 		 235 aa  99.8  3e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1333  anti-ECFsigma factor, ChrR  27.96 
 
 		 223 aa  99  5e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0130181  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002701  putative transcriptional activator ChrR  29.52 
 
 		 219 aa  95.5  6e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1985  transcriptional activator, putative  29 
 
 		 230 aa  85.5  6e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0996  anti-ECFsigma factor, ChrR  27.11 
 
 		 216 aa  85.5  6e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.84209 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2323  anti-ECFsigma factor, ChrR  25.85 
 
 		 235 aa  84  0.000000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.586398  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2466  anti-ECFsigma factor, ChrR  25.86 
 
 		 231 aa  82  0.000000000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2712  anti-ECFsigma factor, ChrR  25.7 
 
 		 243 aa  80.9  0.00000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.134488  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2348  anti-ECFsigma factor, ChrR  25.86 
 
 		 231 aa  80.9  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.527033  normal  0.0659937 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2276  anti-ECFsigma factor, ChrR  26.61 
 
 		 231 aa  81.3  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1748  anti-ECFsigma factor, ChrR  25.5 
 
 		 243 aa  80.1  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0800571  hitchhiker  0.00180975 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1890  putative transcriptional activator  26.58 
 
 		 226 aa  80.5  0.00000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2598  anti-ECFsigma factor, ChrR  24.9 
 
 		 243 aa  76.6  0.0000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1477  anti-ECFsigma factor, ChrR  27.89 
 
 		 249 aa  75.9  0.0000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.688237  normal  0.852126 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2637  anti-ECFsigma factor, ChrR  25.61 
 
 		 240 aa  75.5  0.0000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01438  Transcription negative regulator ChrR  26.83 
 
 		 246 aa  72.4  0.000000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2319  anti-ECFsigma factor, ChrR  25.44 
 
 		 228 aa  70.9  0.00000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2037  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.93 
 
 		 262 aa  66.6  0.0000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.280175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3373  anti-sigma factor ChrR, putative  24.35 
 
 		 224 aa  66.2  0.0000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2779  anti-ECFsigma factor, ChrR  23.24 
 
 		 246 aa  64.3  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.960019 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1378  putative transcriptional activator  24.36 
 
 		 228 aa  62.8  0.000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.857298  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1473  hypothetical protein  35.16 
 
 		 210 aa  48.9  0.00006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3257  anti-ECFsigma factor, ChrR  24.28 
 
 		 206 aa  45.8  0.0005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.442246  normal  0.111032 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4481  anti-ECFsigma factor, ChrR  30.67 
 
 		 117 aa  42.7  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2037  putative transmembrane anti-sigma factor  33.33 
 
 		 313 aa  42.4  0.005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0025  transcriptional activator anti-ECFsigma factor  33.33 
 
 		 223 aa  41.6  0.009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.322497  normal  0.142099 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3608  anti-Sigm factor, ChrR  28 
 
 		 132 aa  41.6  0.009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7184  hypothetical protein  31.37 
 
 		 114 aa  41.6  0.01  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00083375  normal  0.803143 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>