49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_1093 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_1093  anti-sigma factor ChrR  100 
 
 		 213 aa  425  1e-118  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2756  anti-ECFsigma factor, ChrR  98.59 
 
 		 213 aa  421  1e-117  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2935  anti-ECFsigma factor, ChrR  89.72 
 
 		 214 aa  384  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.714383  normal  0.0760187 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0365  anti-ECFsigma factor  61.36 
 
 		 223 aa  261  6.999999999999999e-69  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.931641  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0416  anti-ECFsigma factor, ChrR  54.98 
 
 		 211 aa  216  2.9999999999999998e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.168999 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4022  anti-sigm factor, ChrR  45.54 
 
 		 213 aa  189  2e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0090  anti sigma factor protein  43.53 
 
 		 230 aa  182  4.0000000000000006e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0721  anti-Sigm factor, ChrR  44.84 
 
 		 224 aa  175  4e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.699177  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0550  anti-ECFsigma factor, ChrR  45 
 
 		 220 aa  149  3e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.259297  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0339  anti-sigma factor ChrR, putative  46.79 
 
 		 218 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.275978 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0891  transcriptional activator ChrR  36.82 
 
 		 220 aa  145  3e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.627944 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1042  transcriptional activator ChrR  35.19 
 
 		 220 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.998121  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1867  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.25 
 
 		 226 aa  139  3e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.947993 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0487  anti-sigm factor, ChrR  45.66 
 
 		 219 aa  135  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221511  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1553  anti-ECFsigma factor, ChrR  41.15 
 
 		 212 aa  132  5e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1618  anti-ECFsigma factor, ChrR  35.82 
 
 		 214 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.61386 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1439  anti-ECFsigma factor, ChrR  35.32 
 
 		 214 aa  124  8.000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.297382 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4076  anti-ECFsigma factor, ChrR  32.29 
 
 		 231 aa  123  2e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3569  transcriptional regulator  37.73 
 
 		 223 aa  119  3e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0517  anti-ECFsigma factor, ChrR  32.86 
 
 		 212 aa  119  3.9999999999999996e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.112614  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2472  anti-sigm factor, ChrR  31.48 
 
 		 223 aa  115  5e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.483016  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002701  putative transcriptional activator ChrR  30.59 
 
 		 219 aa  113  3e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03283  hypothetical protein  30.59 
 
 		 219 aa  112  4.0000000000000004e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1890  putative transcriptional activator  28.64 
 
 		 226 aa  108  5e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0996  anti-ECFsigma factor, ChrR  29.82 
 
 		 216 aa  107  1e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.84209 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0275  anti-ECFsigma factor, ChrR  35.06 
 
 		 227 aa  107  2e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1960  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.64 
 
 		 214 aa  106  3e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0408517 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01438  Transcription negative regulator ChrR  29.29 
 
 		 246 aa  105  5e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2958  transcriptional regulator  36.41 
 
 		 216 aa  105  7e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.406558 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1630  anti-ECFsigma factor, ChrR  35.83 
 
 		 235 aa  99.4  3e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1477  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.29 
 
 		 249 aa  94  1e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.688237  normal  0.852126 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1985  transcriptional activator, putative  28.82 
 
 		 230 aa  94  2e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1333  anti-ECFsigma factor, ChrR  28 
 
 		 223 aa  91.3  9e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0130181  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2323  anti-ECFsigma factor, ChrR  29.87 
 
 		 235 aa  90.5  1e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.586398  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2276  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.63 
 
 		 231 aa  90.9  1e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3373  anti-sigma factor ChrR, putative  27.73 
 
 		 224 aa  90.1  2e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2466  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.88 
 
 		 231 aa  89.7  3e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2348  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.82 
 
 		 231 aa  88.6  6e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.527033  normal  0.0659937 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2712  anti-ECFsigma factor, ChrR  27.6 
 
 		 243 aa  86.3  3e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.134488  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1748  anti-ECFsigma factor, ChrR  27.6 
 
 		 243 aa  86.3  3e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0800571  hitchhiker  0.00180975 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2598  anti-ECFsigma factor, ChrR  27.6 
 
 		 243 aa  85.9  4e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2637  anti-ECFsigma factor, ChrR  27.53 
 
 		 240 aa  85.5  6e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2779  anti-ECFsigma factor, ChrR  25.3 
 
 		 246 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.960019 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2319  anti-ECFsigma factor, ChrR  27.63 
 
 		 228 aa  84  0.000000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2037  anti-ECFsigma factor, ChrR  26.15 
 
 		 262 aa  82.4  0.000000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.280175  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1378  putative transcriptional activator  24.56 
 
 		 228 aa  74.3  0.000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.857298  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0025  transcriptional activator anti-ECFsigma factor  35.21 
 
 		 223 aa  43.1  0.003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.322497  normal  0.142099 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5650  Allophanate hydrolase  37.68 
 
 		 114 aa  42.7  0.004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0555941  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6449  anti-ECFsigma factor, ChrR  36 
 
 		 117 aa  42.4  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0335897 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>