76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_1575 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009379  Pnuc_1575  anti-ECFsigma factor, ChrR  100 
 
 		 220 aa  462  1e-129  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0025  transcriptional activator anti-ECFsigma factor  55.3 
 
 		 223 aa  253  1.0000000000000001e-66  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.322497  normal  0.142099 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1180  anti-ECFsigma factor, ChrR  56.54 
 
 		 222 aa  246  1e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.700022  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1373  anti-ECFsigma factor, ChrR  53.27 
 
 		 239 aa  246  2e-64  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.86738  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1906  anti-ECFsigma factor, ChrR  55.09 
 
 		 228 aa  246  2e-64  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.150648  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1495  anti-ECFsigma factor, ChrR  55.35 
 
 		 222 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3233  anti-ECFsigma factor, ChrR  53.67 
 
 		 220 aa  241  7.999999999999999e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.741075  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0852  anti-ECFsigma factor, ChrR  54.38 
 
 		 214 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.413109  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1362  anti-ECFsigma factor, ChrR  52.97 
 
 		 218 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3481  anti-ECFsigma factor, ChrR  50.93 
 
 		 221 aa  226  2e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0881  anti-ECFsigma factor, ChrR  50.93 
 
 		 221 aa  225  3e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02219  predicted transcription negative regulator  50.93 
 
 		 218 aa  225  3e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.279228  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0858  anti-ECFsigma factor, ChrR  50.93 
 
 		 221 aa  225  3e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1225  anti-sigm factor, ChrR  52.07 
 
 		 220 aa  225  4e-58  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00201902  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000607  hypothetical protein  52.8 
 
 		 223 aa  225  5.0000000000000005e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000379555  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0893  anti-ECFsigma factor, ChrR  50.47 
 
 		 221 aa  223  2e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0821  hypothetical protein  50.47 
 
 		 214 aa  215  4e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1332  anti-ECFsigma factor, ChrR  48.61 
 
 		 228 aa  208  4e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.469882 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6152  anti-ECFsigma factor, ChrR  45.37 
 
 		 222 aa  171  7.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.310747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5392  anti-ECFsigma factor, ChrR  43.18 
 
 		 227 aa  170  2e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.503327  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6445  anti-ECFsigma factor, ChrR  44.44 
 
 		 244 aa  169  3e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0560639  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4247  anti-ECFsigma factor, ChrR  42.92 
 
 		 236 aa  169  3e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.364362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4157  anti-sigm factor, ChrR  42.86 
 
 		 219 aa  166  2e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.424525 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1969  anti-ECFsigma factor, ChrR  41.67 
 
 		 232 aa  163  2.0000000000000002e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0586  anti-ECFsigma factor, ChrR  42.47 
 
 		 222 aa  161  6e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3840  anti-ECFsigma factor, ChrR  41.74 
 
 		 224 aa  158  7e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0423  anti-ECFsigma factor, ChrR  41.07 
 
 		 222 aa  156  2e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.47204  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0869  anti-sigm factor, ChrR  39.17 
 
 		 225 aa  147  2.0000000000000003e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0948086  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1005  anti-ECFsigma factor, ChrR  40.72 
 
 		 222 aa  146  3e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000085079 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2083  anti-ECFsigma factor, ChrR  38.5 
 
 		 222 aa  145  4.0000000000000006e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.246255  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1793  transcriptional regulator  37.67 
 
 		 230 aa  144  9e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.376612  normal  0.0711079 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0451  anti-ECFsigma factor, ChrR  36.24 
 
 		 241 aa  142  3e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.38082 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4129  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.84 
 
 		 235 aa  142  4e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0840  anti-sigma factor, ChrR  38.74 
 
 		 230 aa  141  6e-33  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.518055 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0982  hypothetical protein  36.89 
 
 		 223 aa  140  1.9999999999999998e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1782  anti-ECFsigma factor, ChrR  36.99 
 
 		 234 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0336195  normal  0.05616 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3618  anti-ECFsigma factor, ChrR  36.74 
 
 		 212 aa  134  8e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0730754  hitchhiker  0.00137205 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1946  anti-ECFsigma factor, ChrR  35.87 
 
 		 224 aa  129  4.0000000000000003e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00378013  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00891  hypothetical protein  35.16 
 
 		 226 aa  125  5e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0537795  normal  1 
 
 
-
 
NC_011695  PHATRDRAFT_41079  predicted protein  34.22 
 
 		 243 aa  124  1e-27  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0881  hypothetical protein  41.58 
 
 		 192 aa  119  4.9999999999999996e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0707525  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1968  anti-Sigm factor, ChrR  35.14 
 
 		 150 aa  87  2e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.603561  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4481  anti-ECFsigma factor, ChrR  52.31 
 
 		 117 aa  75.5  0.0000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6449  anti-ECFsigma factor, ChrR  50.77 
 
 		 117 aa  74.7  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0335897 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5650  Allophanate hydrolase  46.03 
 
 		 114 aa  67.8  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0555941  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3608  anti-Sigm factor, ChrR  28.97 
 
 		 132 aa  54.3  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6860  anti-ECFsigma factor, ChrR  36.27 
 
 		 136 aa  52  0.000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.354848  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3257  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.01 
 
 		 206 aa  51.6  0.000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.442246  normal  0.111032 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1985  transcriptional activator, putative  31.31 
 
 		 230 aa  51.2  0.00001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2037  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.68 
 
 		 262 aa  50.1  0.00003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.280175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0996  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.71 
 
 		 216 aa  49.3  0.00004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.84209 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2323  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.96 
 
 		 235 aa  49.3  0.00004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.586398  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4208  Cupin 2 conserved barrel domain protein  37.08 
 
 		 124 aa  48.1  0.00009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0581273 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4076  anti-ECFsigma factor, ChrR  34.44 
 
 		 231 aa  47.8  0.0001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1454  anti-ECFsigma factor, ChrR  31.18 
 
 		 125 aa  47  0.0002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0721  anti-Sigm factor, ChrR  28.42 
 
 		 224 aa  47  0.0002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.699177  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3373  anti-sigma factor ChrR, putative  31.96 
 
 		 224 aa  47.4  0.0002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1378  putative transcriptional activator  35.48 
 
 		 228 aa  46.2  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.857298  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4364  hypothetical protein  37.21 
 
 		 116 aa  46.6  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2598  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.8 
 
 		 243 aa  46.2  0.0004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2637  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.8 
 
 		 240 aa  45.8  0.0004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1748  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.8 
 
 		 243 aa  45.8  0.0005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0800571  hitchhiker  0.00180975 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2712  anti-ECFsigma factor, ChrR  33.8 
 
 		 243 aa  45.8  0.0005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.134488  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1050  hypothetical protein  32.43 
 
 		 124 aa  45.4  0.0006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0308195  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1333  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.14 
 
 		 223 aa  44.3  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0130181  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2779  anti-ECFsigma factor, ChrR  37.1 
 
 		 246 aa  43.9  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.960019 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03283  hypothetical protein  41.67 
 
 		 219 aa  43.5  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2348  anti-ECFsigma factor, ChrR  28.57 
 
 		 231 aa  42.7  0.004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.527033  normal  0.0659937 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2472  anti-sigm factor, ChrR  41.82 
 
 		 223 aa  42.4  0.006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.483016  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4975  cupin 2, barrel  30.93 
 
 		 129 aa  42.4  0.006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.254232  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4294  cupin 2 domain-containing protein  30.93 
 
 		 129 aa  42.4  0.006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.373315  normal  0.351729 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3185  cupin 2 domain-containing protein  30.93 
 
 		 129 aa  42.4  0.006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.56553 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1439  anti-ECFsigma factor, ChrR  31.25 
 
 		 214 aa  42  0.007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.297382 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0637  hypothetical protein  33.33 
 
 		 123 aa  41.6  0.009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0659  hypothetical protein  33.33 
 
 		 123 aa  41.6  0.009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0490503  normal  0.219182 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01438  Transcription negative regulator ChrR  41.07 
 
 		 246 aa  41.6  0.01  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>