More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0085 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_0158  isopropylmalate isomerase large subunit  86.99 
 
 		 472 aa  813    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1906  isopropylmalate isomerase large subunit  71.06 
 
 		 469 aa  669    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.276241  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4223  isopropylmalate isomerase large subunit  70.26 
 
 		 469 aa  651    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0085  isopropylmalate isomerase large subunit  100 
 
 		 467 aa  963    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.362256  normal  0.223362 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2785  isopropylmalate isomerase large subunit  69.18 
 
 		 468 aa  647    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.378068  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1245  isopropylmalate isomerase large subunit  68.15 
 
 		 470 aa  636    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.923179  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0863  isopropylmalate isomerase large subunit  87.42 
 
 		 475 aa  817    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1189  isopropylmalate isomerase large subunit  68.39 
 
 		 472 aa  646    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.672672  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3059  isopropylmalate isomerase large subunit  69.02 
 
 		 469 aa  655    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0348  isopropylmalate isomerase large subunit  68.97 
 
 		 470 aa  644    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0135  isopropylmalate isomerase large subunit  89.32 
 
 		 468 aa  830    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0383908  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0227  isopropylmalate isomerase large subunit  68.32 
 
 		 473 aa  636    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00400027 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0504  isopropylmalate isomerase large subunit  68.75 
 
 		 470 aa  641    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3584  isopropylmalate isomerase large subunit  68.75 
 
 		 468 aa  638    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.931395  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4084  isopropylmalate isomerase large subunit  69.66 
 
 		 469 aa  654    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.774814  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2508  isopropylmalate isomerase large subunit  89.08 
 
 		 467 aa  837    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0947  isopropylmalate isomerase large subunit  70.47 
 
 		 469 aa  662    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0363  isopropylmalate isomerase large subunit  69.18 
 
 		 468 aa  648    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.271446  normal  0.532793 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3448  isopropylmalate isomerase large subunit  69.87 
 
 		 469 aa  654    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1834  isopropylmalate isomerase large subunit  71.06 
 
 		 469 aa  669    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.538456  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2523  isopropylmalate isomerase large subunit  87.21 
 
 		 475 aa  815    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.520601  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3759  isopropylmalate isomerase large subunit  69.44 
 
 		 469 aa  654    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2520  isopropylmalate isomerase large subunit  84.09 
 
 		 478 aa  761    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1423  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  69.98 
 
 		 473 aa  672    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0240  isopropylmalate isomerase large subunit  68.72 
 
 		 469 aa  647    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_05886  alpha isopropylmalate isomerase (Eurofung)  64.76 
 
 		 772 aa  632  1e-180  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  decreased coverage  0.00198619  normal  0.994666 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1170  isopropylmalate isomerase large subunit  67.16 
 
 		 478 aa  629  1e-179  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.910867  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1705  isopropylmalate isomerase large subunit  66.6 
 
 		 468 aa  628  1e-179  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0785429  hitchhiker  0.00273209 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0216  isopropylmalate isomerase large subunit  65.89 
 
 		 480 aa  629  1e-179  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.146559 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0636  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  67.82 
 
 		 468 aa  627  1e-178  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0643204 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3280  isopropylmalate isomerase large subunit  65.46 
 
 		 467 aa  626  1e-178  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.215534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28677  predicted protein  65.45 
 
 		 722 aa  623  1e-177  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2149  isopropylmalate isomerase large subunit  66.38 
 
 		 466 aa  622  1e-177  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.754808  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2103  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  67.78 
 
 		 470 aa  619  1e-176  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0775087  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4355  isopropylmalate isomerase large subunit  65.61 
 
 		 480 aa  616  1e-175  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2065  isopropylmalate isomerase large subunit  66.45 
 
 		 470 aa  615  1e-175  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4757  isopropylmalate isomerase large subunit  65.61 
 
 		 469 aa  615  1e-175  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1416  isopropylmalate isomerase large subunit  65.11 
 
 		 470 aa  617  1e-175  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.941586  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2723  isopropylmalate isomerase large subunit  65.54 
 
 		 475 aa  614  1e-175  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00243563  normal  0.0720472 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00074  isopropylmalate isomerase large subunit  65.45 
 
 		 466 aa  612  9.999999999999999e-175  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3526  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  65.45 
 
 		 466 aa  612  9.999999999999999e-175  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0764  isopropylmalate isomerase large subunit  66.81 
 
 		 469 aa  612  9.999999999999999e-175  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0077  isopropylmalate isomerase large subunit  65.45 
 
 		 466 aa  612  9.999999999999999e-175  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.387894 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0077  isopropylmalate isomerase large subunit  65.45 
 
 		 466 aa  612  9.999999999999999e-175  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00073  hypothetical protein  65.45 
 
 		 466 aa  612  9.999999999999999e-175  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3585  isopropylmalate isomerase large subunit  65.45 
 
 		 466 aa  612  9.999999999999999e-175  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000478946 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0066  isopropylmalate isomerase large subunit  65.45 
 
 		 466 aa  612  9.999999999999999e-175  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1057  isopropylmalate isomerase large subunit  66.38 
 
 		 469 aa  613  9.999999999999999e-175  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.960077  normal  0.219462 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0819  isopropylmalate isomerase large subunit  64.47 
 
 		 470 aa  608  1e-173  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006670  CNA02270  3-isopropylmalate dehydratase, putative  62.92 
 
 		 762 aa  610  1e-173  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0205062  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4879  isopropylmalate isomerase large subunit  65.18 
 
 		 469 aa  608  1e-173  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.29662  normal  0.101077 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_68659  3-isopropylmalate dehydratase  63.5 
 
 		 770 aa  608  1e-173  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.161777 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1889  isopropylmalate isomerase large subunit  64.19 
 
 		 472 aa  608  1e-173  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.169279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0795  isopropylmalate isomerase large subunit  63.85 
 
 		 474 aa  609  1e-173  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1542  isopropylmalate isomerase large subunit  64.27 
 
 		 474 aa  610  1e-173  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.690084  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0075  isopropylmalate isomerase large subunit  65.24 
 
 		 466 aa  608  1e-173  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0079  isopropylmalate isomerase large subunit  65.24 
 
 		 466 aa  608  1e-173  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34280  isopropylmalate isomerase large subunit  65.25 
 
 		 474 aa  609  1e-173  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4707  isopropylmalate isomerase large subunit  64.54 
 
 		 479 aa  610  1e-173  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.9984 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1485  isopropylmalate isomerase large subunit  64.27 
 
 		 474 aa  609  1e-173  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0764  isopropylmalate isomerase large subunit  63.95 
 
 		 470 aa  607  9.999999999999999e-173  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.266094 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02613  isopropylmalate isomerase large subunit  65.19 
 
 		 482 aa  605  9.999999999999999e-173  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1565  isopropylmalate isomerase large subunit  63.85 
 
 		 472 aa  605  9.999999999999999e-173  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.046679  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2173  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  63.69 
 
 		 475 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1983  isopropylmalate isomerase large subunit  63.77 
 
 		 474 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0478435 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1343  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  64.67 
 
 		 470 aa  601  1.0000000000000001e-171  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.444862 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2012  isopropylmalate isomerase large subunit  63.85 
 
 		 474 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0300931  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2475  isopropylmalate isomerase large subunit  65.18 
 
 		 469 aa  602  1.0000000000000001e-171  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.891959  normal  0.311686 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0120  isopropylmalate isomerase large subunit  64.16 
 
 		 466 aa  600  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3797  isopropylmalate isomerase large subunit  63.87 
 
 		 466 aa  598  1e-170  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0127  isopropylmalate isomerase large subunit  64.16 
 
 		 466 aa  600  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2802  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  65.67 
 
 		 462 aa  598  1e-170  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0861644  normal  0.228539 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2582  isopropylmalate isomerase large subunit  65.11 
 
 		 473 aa  598  1e-170  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0123  isopropylmalate isomerase large subunit  63.95 
 
 		 466 aa  598  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.610682  normal  0.713431 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0122  isopropylmalate isomerase large subunit  63.95 
 
 		 466 aa  598  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.924094  normal  0.160243 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2453  isopropylmalate isomerase large subunit  65.47 
 
 		 487 aa  600  1e-170  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.142412  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3463  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  66.6 
 
 		 465 aa  598  1e-170  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0762821  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0127  isopropylmalate isomerase large subunit  64.16 
 
 		 466 aa  600  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.03719 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0592  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  64.09 
 
 		 466 aa  599  1e-170  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23750  isopropylmalate isomerase large subunit  63.42 
 
 		 474 aa  600  1e-170  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0168844 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0630  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  64.16 
 
 		 466 aa  598  1e-170  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1223  isopropylmalate isomerase large subunit  65.39 
 
 		 473 aa  599  1e-170  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.10034  normal  0.0157674 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2314  isopropylmalate isomerase large subunit  64.82 
 
 		 469 aa  597  1e-169  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1922  isopropylmalate isomerase large subunit  65.19 
 
 		 467 aa  595  1e-169  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0620  isopropylmalate isomerase large subunit  64.59 
 
 		 466 aa  597  1e-169  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.135441 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3229  isopropylmalate isomerase large subunit  65.11 
 
 		 473 aa  597  1e-169  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0550685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0743  isopropylmalate isomerase large subunit  63.73 
 
 		 466 aa  596  1e-169  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2145  isopropylmalate isomerase large subunit  64.62 
 
 		 469 aa  596  1e-169  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1821  isopropylmalate isomerase large subunit  64.62 
 
 		 469 aa  595  1e-169  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.626663  normal  0.539563 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3609  isopropylmalate isomerase large subunit  63.87 
 
 		 466 aa  595  1e-169  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1180  isopropylmalate isomerase large subunit  67.46 
 
 		 480 aa  597  1e-169  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1985  isopropylmalate isomerase large subunit  63.77 
 
 		 477 aa  591  1e-168  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.682408  normal  0.0241842 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1548  isopropylmalate isomerase large subunit  63.71 
 
 		 477 aa  593  1e-168  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.272021 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3407  isopropylmalate isomerase large subunit  63.09 
 
 		 476 aa  592  1e-168  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3537  isopropylmalate isomerase large subunit  63.09 
 
 		 476 aa  592  1e-168  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2938  isopropylmalate isomerase large subunit  63.09 
 
 		 476 aa  592  1e-168  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001658  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  63.44 
 
 		 466 aa  592  1e-168  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8018  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  62.37 
 
 		 459 aa  591  1e-168  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1228  isopropylmalate isomerase large subunit  63.97 
 
 		 469 aa  593  1e-168  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0896395 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5235  isopropylmalate isomerase large subunit  64.53 
 
 		 488 aa  593  1e-168  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.71536 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>