More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0083 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0083  isopropylmalate isomerase small subunit  100 
 
 		 201 aa  416  9.999999999999999e-116  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.384389  normal  0.18722 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0123  isopropylmalate isomerase small subunit  85.07 
 
 		 201 aa  361  4e-99  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1424  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  77.61 
 
 		 201 aa  340  1e-92  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1190  isopropylmalate isomerase small subunit  77.61 
 
 		 207 aa  334  3.9999999999999995e-91  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0883  isopropylmalate isomerase small subunit  75.62 
 
 		 201 aa  333  7e-91  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3297  isopropylmalate isomerase small subunit  76.5 
 
 		 201 aa  332  2e-90  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0827  isopropylmalate isomerase small subunit  75.5 
 
 		 211 aa  332  3e-90  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3269  isopropylmalate isomerase small subunit  75 
 
 		 209 aa  328  2e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4222  isopropylmalate isomerase small subunit  74 
 
 		 202 aa  327  9e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.233647 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2522  isopropylmalate isomerase small subunit  74.63 
 
 		 201 aa  327  9e-89  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.68534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0159  isopropylmalate isomerase small subunit  75.12 
 
 		 201 aa  325  2.0000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.949563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3028  isopropylmalate isomerase small subunit  74.5 
 
 		 201 aa  325  3e-88  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.295047 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4358  isopropylmalate isomerase small subunit  73.5 
 
 		 201 aa  325  3e-88  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3898  isopropylmalate isomerase small subunit  73.5 
 
 		 202 aa  324  5e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.106034  normal  0.223457 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0862  isopropylmalate isomerase small subunit  74.13 
 
 		 201 aa  323  7e-88  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2521  isopropylmalate isomerase small subunit  74.13 
 
 		 201 aa  323  7e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0588786  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2509  isopropylmalate isomerase small subunit  74.13 
 
 		 201 aa  320  9.999999999999999e-87  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2791  isopropylmalate isomerase small subunit  71.14 
 
 		 201 aa  317  6e-86  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.204605  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0230  isopropylmalate isomerase small subunit  70.15 
 
 		 201 aa  315  3e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00838951 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0498  isopropylmalate isomerase small subunit  70.5 
 
 		 201 aa  315  3e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.701221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1147  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  71.64 
 
 		 201 aa  313  8e-85  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00108201 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0342  isopropylmalate isomerase small subunit  70 
 
 		 201 aa  313  9.999999999999999e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0351  isopropylmalate isomerase small subunit  72 
 
 		 200 aa  313  9.999999999999999e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.289741 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3591  isopropylmalate isomerase small subunit  69.15 
 
 		 201 aa  311  2.9999999999999996e-84  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0234  isopropylmalate isomerase small subunit  69.15 
 
 		 201 aa  310  1e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0216  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  69.65 
 
 		 201 aa  307  5.9999999999999995e-83  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.247072  normal  0.136168 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1185  isopropylmalate isomerase small subunit  68.66 
 
 		 201 aa  305  4.0000000000000004e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.840345  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0372  isopropylmalate isomerase small subunit  67.82 
 
 		 201 aa  289  2e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0963  isopropylmalate isomerase small subunit  67 
 
 		 200 aa  288  3e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0040  isopropylmalate isomerase small subunit  67.5 
 
 		 200 aa  288  5.0000000000000004e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00442875 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0041  isopropylmalate isomerase small subunit  67.5 
 
 		 200 aa  288  5.0000000000000004e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2148  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  66.01 
 
 		 207 aa  286  1e-76  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0323042  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0340  isopropylmalate isomerase small subunit  67.33 
 
 		 201 aa  285  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0296  isopropylmalate isomerase small subunit  67.33 
 
 		 201 aa  285  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.447651 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3281  isopropylmalate isomerase small subunit  67 
 
 		 207 aa  281  3.0000000000000004e-75  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.186191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_28677  predicted protein  63.18 
 
 		 722 aa  264  7e-70  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2092  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  59.52 
 
 		 216 aa  262  3e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0181351  normal  0.809899 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1704  isopropylmalate isomerase small subunit  58.57 
 
 		 214 aa  254  7e-67  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.045793  hitchhiker  0.00210823 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0796  isopropylmalate isomerase small subunit  58.57 
 
 		 214 aa  250  8.000000000000001e-66  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.030547  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2722  isopropylmalate isomerase small subunit  58.1 
 
 		 215 aa  249  2e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0158135  normal  0.102803 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1564  isopropylmalate isomerase small subunit  56.19 
 
 		 215 aa  249  2e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.126411  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1935  isopropylmalate isomerase small subunit  56.19 
 
 		 216 aa  248  4e-65  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.217033  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1794  isopropylmalate isomerase small subunit  56.67 
 
 		 216 aa  248  4e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.266254  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4628  isopropylmalate isomerase small subunit  56.19 
 
 		 216 aa  248  5e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006670  CNA02270  3-isopropylmalate dehydratase, putative  61.76 
 
 		 762 aa  247  7e-65  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0205062  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1421  isopropylmalate isomerase small subunit  56.67 
 
 		 216 aa  247  8e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2585  isopropylmalate isomerase small subunit  56.67 
 
 		 216 aa  247  9e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1718  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  56.19 
 
 		 216 aa  247  9e-65  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3232  isopropylmalate isomerase small subunit  56.67 
 
 		 216 aa  247  9e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0869271  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1986  isopropylmalate isomerase small subunit  55.71 
 
 		 214 aa  246  1e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.373676  hitchhiker  0.00883462 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_05886  alpha isopropylmalate isomerase (Eurofung)  61.58 
 
 		 772 aa  246  2e-64  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  decreased coverage  0.00198619  normal  0.994666 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1780  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  58.85 
 
 		 213 aa  246  2e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.972609  hitchhiker  0.00157972 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2085  isopropylmalate isomerase small subunit  55.24 
 
 		 215 aa  245  3e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23760  isopropylmalate isomerase small subunit  55.24 
 
 		 212 aa  245  3e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0177244 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3773  isopropylmalate isomerase small subunit  54.76 
 
 		 214 aa  244  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2163  isopropylmalate isomerase small subunit  54.29 
 
 		 216 aa  244  6.999999999999999e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.242476 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1048  isopropylmalate isomerase small subunit  56.19 
 
 		 216 aa  244  6.999999999999999e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2452  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  54.76 
 
 		 215 aa  244  9e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.162518  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1549  isopropylmalate isomerase small subunit  55.24 
 
 		 214 aa  244  9e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.226385 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1517  isopropylmalate isomerase small subunit  54.76 
 
 		 214 aa  243  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0857683  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6848  isopropylmalate isomerase small subunit  56.4 
 
 		 217 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0246289  normal  0.577423 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34270  3-isopropylmalate dehydratase small subunit , LeuD  56.19 
 
 		 215 aa  243  1.9999999999999999e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2013  isopropylmalate isomerase small subunit  54.76 
 
 		 212 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0256303  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0766  isopropylmalate isomerase small subunit  56.19 
 
 		 215 aa  243  1.9999999999999999e-63  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1676  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  56.19 
 
 		 215 aa  243  1.9999999999999999e-63  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1984  isopropylmalate isomerase small subunit  53.81 
 
 		 213 aa  242  3e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.238956  normal  0.0387343 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4368  isopropylmalate isomerase small subunit  55.92 
 
 		 217 aa  242  3e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1989  isopropylmalate isomerase small subunit  54.76 
 
 		 216 aa  241  3.9999999999999997e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.108393  normal  0.122057 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02612  isopropylmalate isomerase small subunit  56.19 
 
 		 215 aa  241  5e-63  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2144  isopropylmalate isomerase small subunit  54.29 
 
 		 216 aa  241  5e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.536498  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1222  isopropylmalate isomerase small subunit  56.4 
 
 		 217 aa  241  5e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.489719  normal  0.012692 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1727  isopropylmalate isomerase small subunit  53.33 
 
 		 216 aa  241  7e-63  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0522  isopropylmalate isomerase small subunit  53.33 
 
 		 216 aa  241  7e-63  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.503105  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0776  isopropylmalate isomerase small subunit  53.33 
 
 		 216 aa  241  7e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0211151  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0673  isopropylmalate isomerase small subunit  53.33 
 
 		 216 aa  241  7e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000646407  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2888  isopropylmalate isomerase small subunit  55.92 
 
 		 217 aa  241  7e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.175281  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1851  isopropylmalate isomerase small subunit  53.33 
 
 		 216 aa  241  7e-63  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.30576  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5237  isopropylmalate isomerase small subunit  55.24 
 
 		 217 aa  241  7e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.597573 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2452  isopropylmalate isomerase small subunit  53.33 
 
 		 216 aa  241  7e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.250936  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2314  isopropylmalate isomerase small subunit  53.33 
 
 		 216 aa  241  7e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1642  isopropylmalate isomerase small subunit  53.33 
 
 		 216 aa  241  7e-63  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.865269  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0863  isopropylmalate isomerase small subunit  55.24 
 
 		 212 aa  241  7.999999999999999e-63  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000359889  hitchhiker  0.000927879 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1573  isopropylmalate isomerase small subunit  54.76 
 
 		 216 aa  240  9e-63  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.292006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0215  isopropylmalate isomerase small subunit  55.72 
 
 		 202 aa  240  9e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.20437 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1820  isopropylmalate isomerase small subunit  54.29 
 
 		 216 aa  240  1e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.656478  normal  0.647684 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3846  isopropylmalate isomerase small subunit  54.29 
 
 		 216 aa  239  2e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.817461 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1890  isopropylmalate isomerase small subunit  53.81 
 
 		 214 aa  239  2e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.125264  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3342  isopropylmalate isomerase small subunit  54.29 
 
 		 216 aa  239  2e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1921  isopropylmalate isomerase small subunit  55.71 
 
 		 212 aa  238  2.9999999999999997e-62  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.691189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3609  isopropylmalate isomerase small subunit  54.29 
 
 		 216 aa  239  2.9999999999999997e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.329907 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3040  isopropylmalate isomerase small subunit  55.24 
 
 		 216 aa  238  4e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1541  isopropylmalate isomerase small subunit  55.24 
 
 		 215 aa  238  5.999999999999999e-62  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.466229  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1412  isopropylmalate isomerase small subunit  54.29 
 
 		 216 aa  238  5.999999999999999e-62  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.162707  normal  0.547785 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2132  isopropylmalate isomerase small subunit  53.81 
 
 		 216 aa  238  5.999999999999999e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0198572 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3069  isopropylmalate isomerase small subunit  56.46 
 
 		 212 aa  237  8e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1055  isopropylmalate isomerase small subunit  54.76 
 
 		 215 aa  237  1e-61  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.206266 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4416  isopropylmalate isomerase small subunit  52.86 
 
 		 216 aa  236  2e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3951  isopropylmalate isomerase small subunit  52.86 
 
 		 216 aa  236  2e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.319749 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3577  isopropylmalate isomerase small subunit  52.86 
 
 		 216 aa  236  2e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.613877 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2174  3-isopropylmalate dehydratase, small subunit  52.86 
 
 		 213 aa  235  4e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.478942  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>