287 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_3870 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010159  YpAngola_A0670  fimbrial usher protein  99.62 
 
 		 792 aa  1619    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0189299  normal  0.787892 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1631  putative fimbrial usher protein  42.46 
 
 		 855 aa  656    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.121558  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3782  fimbrial usher protein  99.75 
 
 		 792 aa  1623    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0163  fimbrial usher family protein  42.46 
 
 		 789 aa  656    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3870  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  100 
 
 		 792 aa  1627    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0491  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  27.44 
 
 		 793 aa  289  1e-76  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2406  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  26.81 
 
 		 812 aa  265  3e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4980  fimbrial usher protein  27.73 
 
 		 802 aa  265  4e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4894  fimbrial usher protein  27.73 
 
 		 802 aa  264  4e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4928  fimbrial usher protein  27.73 
 
 		 802 aa  265  4e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1133  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  26.69 
 
 		 783 aa  244  6e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6324  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.8 
 
 		 830 aa  236  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.798758  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1755  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.8 
 
 		 830 aa  236  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1679  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.75 
 
 		 847 aa  207  5e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4479  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  26.64 
 
 		 913 aa  194  5e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0838  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.51 
 
 		 852 aa  186  1.0000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2231  outer membrane usher protein  25.19 
 
 		 833 aa  180  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.269054  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2031  outer membrane usher protein YcbS  24.72 
 
 		 833 aa  180  1e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.617204  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2088  fimbrial usher protein  25.47 
 
 		 833 aa  179  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1023  outer membrane usher protein  25.25 
 
 		 850 aa  178  4e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1677  fimbrial usher protein  25.64 
 
 		 870 aa  172  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1788  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.64 
 
 		 870 aa  172  3e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0202884  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0142  putative outer membrane usher protein  25.5 
 
 		 866 aa  170  1e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0236514  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00138  predicted outer membrane usher protein  25.38 
 
 		 866 aa  169  2e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.242509  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00137  hypothetical protein  25.38 
 
 		 861 aa  169  2e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.206495  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2235  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.43 
 
 		 819 aa  168  4e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0323635 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3463  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.56 
 
 		 865 aa  167  8e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.93384  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4252  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.82 
 
 		 850 aa  167  9e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.22475 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4024  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.37 
 
 		 866 aa  166  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.469528 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4405  usher CupC3  25.76 
 
 		 839 aa  165  3e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2831  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.63 
 
 		 887 aa  162  2e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1133  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.5 
 
 		 844 aa  157  6e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.127861 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4959  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.03 
 
 		 867 aa  157  9e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.45862 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1696  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.79 
 
 		 872 aa  155  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4772  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.48 
 
 		 828 aa  155  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.460753 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5935  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.25 
 
 		 1040 aa  155  2.9999999999999998e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0150  putative outer membrane usher protein  23.2 
 
 		 866 aa  155  4e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0557898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0168  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.43 
 
 		 864 aa  152  3e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1147  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.55 
 
 		 828 aa  152  3e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1627  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.55 
 
 		 828 aa  152  3e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0300  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.6 
 
 		 850 aa  152  3e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0194  outer membrane usher protein FimD  25.37 
 
 		 848 aa  151  6e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.931496 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1611  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.74 
 
 		 829 aa  150  7e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0173282 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1602  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.42 
 
 		 828 aa  150  9e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.334862 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0574  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.56 
 
 		 852 aa  150  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2228  outer membrane usher protein fimD  24.62 
 
 		 837 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.531557  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1547  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.61 
 
 		 817 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.160729  normal  0.526328 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2037  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.94 
 
 		 837 aa  148  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.367837  normal  0.304513 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1271  outer membrane usher protein SfmD  24.22 
 
 		 851 aa  148  5e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.396185 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1524  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.35 
 
 		 828 aa  147  6e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0199  outer membrane usher protein FimD  25.26 
 
 		 848 aa  147  8.000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.548141  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0191  outer membrane usher protein FimD  24.72 
 
 		 848 aa  146  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1499  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.69 
 
 		 832 aa  146  1e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1889  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.74 
 
 		 831 aa  146  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000716127 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0990  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.02 
 
 		 833 aa  146  2e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00709661 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0207  outer membrane usher protein FimD  24.91 
 
 		 848 aa  144  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6927  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.3 
 
 		 886 aa  145  4e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.425262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3520  putative outer membrane usher protein  22.67 
 
 		 866 aa  145  4e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.315338  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0209  putative outer membrane usher protein  24.06 
 
 		 865 aa  144  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.747927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1600  outer membrane usher protein  25 
 
 		 913 aa  144  6e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.68483  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0128  fimbrial usher protein  25 
 
 		 914 aa  144  6e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0563  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.31 
 
 		 861 aa  144  7e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.375359 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4155  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  26.21 
 
 		 836 aa  144  8e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0063  outer membrane usher protein precursor  24.87 
 
 		 901 aa  144  8e-33  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0335545  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0117  outer membrane usher protein  26.53 
 
 		 939 aa  143  9.999999999999999e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1455  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.65 
 
 		 841 aa  143  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0886847 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6638  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.71 
 
 		 884 aa  143  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00144126  decreased coverage  0.000000000434399 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0152  fimbrial usher protein  24.79 
 
 		 914 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3924  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.41 
 
 		 875 aa  142  3e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.215778  normal  0.607518 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0190  outer membrane usher protein FimD  24.73 
 
 		 848 aa  142  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.536682  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3811  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.41 
 
 		 875 aa  142  3e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.647139  normal  0.153634 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0554  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.15 
 
 		 838 aa  139  1e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0981109  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0592  outer membrane usher protein SfmD  25.06 
 
 		 870 aa  140  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0701442  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3626  fimbrial usher family protein  24.03 
 
 		 838 aa  139  2e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51450  usher CupC3  25.09 
 
 		 839 aa  139  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.390609  hitchhiker  0.000267992 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3336  fimbrial usher family protein  24.15 
 
 		 838 aa  139  2e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.559371  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0207  putative outer membrane usher protein  23.18 
 
 		 888 aa  138  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11080  usher CupB3  24.04 
 
 		 844 aa  138  5e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4241  outer membrane usher protein FimD  25.57 
 
 		 839 aa  138  5e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0763  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.35 
 
 		 852 aa  137  6.0000000000000005e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.794501  normal  0.0266103 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0148  putative outer membrane usher protein  23.86 
 
 		 866 aa  137  8e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.234756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4462  fimbrial usher family protein  24.03 
 
 		 863 aa  137  9e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0832  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.69 
 
 		 853 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.646384  normal  0.17108 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2970  putative fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.13 
 
 		 880 aa  136  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3021  usher  24.43 
 
 		 868 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.383508  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37030  usher  24.08 
 
 		 872 aa  135  3e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.302573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3261  fimbrial usher protein  25.21 
 
 		 829 aa  134  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.313341 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3363  fimbrial usher protein  25.36 
 
 		 829 aa  133  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0678454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3198  fimbrial usher protein  25.36 
 
 		 829 aa  133  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3391  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.4 
 
 		 859 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5938  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.53 
 
 		 963 aa  132  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02916  predicted outer membrane usher protein  22.99 
 
 		 822 aa  131  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.593882  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0653  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.73 
 
 		 832 aa  131  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.802851 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3247  fimbrial usher protein  25.12 
 
 		 829 aa  131  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.239063  normal  0.0404863 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6669  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.79 
 
 		 856 aa  131  5.0000000000000004e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.124902 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02866  hypothetical protein  22.99 
 
 		 812 aa  130  6e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.419634  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3222  fimbrial usher protein  23.21 
 
 		 833 aa  131  6e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000448746  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0614  fimbrial usher protein  24.53 
 
 		 826 aa  131  6e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0654  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.03 
 
 		 821 aa  130  7.000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2937  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.34 
 
 		 819 aa  130  7.000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>