More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5953 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5953  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 297 aa  601  1.0000000000000001e-171  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4722  LysR family transcriptional regulator  75.77 
 
 		 292 aa  449  1e-125  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.422329  normal  0.859213 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1448  LysR family transcriptional regulator  53.9 
 
 		 300 aa  318  5e-86  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0273001  normal  0.589236 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2765  transcriptional regulator, LysR family  49.1 
 
 		 294 aa  252  6e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.405486  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2361  transcriptional regulator, LysR family  48.39 
 
 		 294 aa  250  3e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.369632 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0824  LysR family transcriptional regulator  48.45 
 
 		 294 aa  214  9.999999999999999e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0843  LysR family transcriptional regulator  47.92 
 
 		 294 aa  208  7e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4562  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 294 aa  194  2e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0821586  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6654  LysR family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 293 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.640944  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  40.31 
 
 		 286 aa  160  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  38.46 
 
 		 294 aa  158  1e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3560  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 287 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2214  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 287 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598338  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  38.15 
 
 		 306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0817  transcriptional regulator, LysR family  40.83 
 
 		 297 aa  145  8.000000000000001e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8676  transcriptional regulator, LysR family  37.92 
 
 		 303 aa  144  2e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241599  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3619  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 292 aa  144  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.517887  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2277  transcriptional regulator, LysR family  34.7 
 
 		 301 aa  142  7e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2361  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 287 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1693  LysR family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 294 aa  138  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185338  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5027  transcriptional regulator, LysR family  34.44 
 
 		 288 aa  138  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_6165  LysR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0309424  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3893  LysR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.199081  normal  0.0200217 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3733  LysR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 316 aa  136  4e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4207  LysR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 316 aa  136  4e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.165273 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2014  LysR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 289 aa  136  5e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0382671  normal  0.0477069 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3423  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 295 aa  136  5e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3081  LysR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 293 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.294093  normal  0.575157 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3436  LysR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 293 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223747  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2061  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 289 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.255505  normal  0.159895 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1094  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  35.71 
 
 		 311 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.827537 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6263  transcriptional regulator, LysR family  34.89 
 
 		 304 aa  133  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0307  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 293 aa  133  3.9999999999999996e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0158849  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0288  transcriptional regulator, LysR family  33.94 
 
 		 293 aa  132  7.999999999999999e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4318  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 318 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.485382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4048  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 318 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 321 aa  130  3e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4506  LysR family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 290 aa  129  6e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.964558  normal  0.619285 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4682  transcriptional regulator, LysR family  35.15 
 
 		 291 aa  129  9.000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16132  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3415  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 386 aa  128  1.0000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3899  transcriptional regulator, LysR family  35.07 
 
 		 305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531376  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3047  LysR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 296 aa  127  3e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.229406 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4905  putative LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 301 aa  126  4.0000000000000003e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00441942  hitchhiker  0.00167298 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3973  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 296 aa  126  5e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.981589 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1639  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 291 aa  125  7e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2929  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.01 
 
 		 290 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000376093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4146  LysR family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 291 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1363  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 296 aa  123  3e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450515  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0881  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 296 aa  123  3e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0140129  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1341  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 296 aa  122  5e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.545162  normal  0.0460764 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3510  LysR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 305 aa  122  7e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.499049 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3850  transcriptional regulator, LysR family  29.45 
 
 		 290 aa  120  3e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0588074  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3964  transcriptional regulator, LysR family  29.45 
 
 		 290 aa  120  3e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00150668  normal  0.033592 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4198  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 303 aa  120  3e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.982202 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6172  transcriptional regulator, LysR family  34.11 
 
 		 290 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442907  normal  0.0562293 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5611  transcriptional regulator, LysR family  32.29 
 
 		 300 aa  116  3.9999999999999997e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2074  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 316 aa  116  5e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.281167  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4065  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 299 aa  115  6e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5878  transcriptional regulator, LysR family  31.95 
 
 		 294 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3231  transcriptional regulator, LysR family  32.35 
 
 		 291 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.421625  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2240  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 292 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0630  LysR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 292 aa  112  5e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.977268 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2404  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 291 aa  112  5e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.229553  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3484  LysR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 304 aa  112  9e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.719553  normal  0.357365 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4703  transcriptional regulator  30.93 
 
 		 294 aa  106  4e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53720  transcriptional regulator  30.93 
 
 		 294 aa  106  5e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0163638  hitchhiker  0.00327626 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0912  LysR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 303 aa  104  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.520788  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2508  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 295 aa  103  3e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000736174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2540  LysR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 296 aa  103  5e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  30.86 
 
 		 293 aa  101  1e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3299  LysR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 291 aa  100  3e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.11085 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1244  transcriptional regulator, LysR family  32.01 
 
 		 286 aa  96.7  4e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2090  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 293 aa  92.4  8e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.115384  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  24.79 
 
 		 300 aa  92  1e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  25.21 
 
 		 300 aa  90.9  2e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1575  transcriptional regulator, LysR family  25.51 
 
 		 295 aa  90.9  2e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381269  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2454  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 321 aa  91.3  2e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.332878  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  30.08 
 
 		 316 aa  90.5  3e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1845  LysR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 303 aa  90.5  3e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000102688 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  25.21 
 
 		 300 aa  90.1  4e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  25.21 
 
 		 300 aa  89.7  5e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3323  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.7 
 
 		 311 aa  89.7  5e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1243  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.7 
 
 		 311 aa  89.7  5e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2464  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.7 
 
 		 311 aa  89.7  5e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0383  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.7 
 
 		 311 aa  89.7  5e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  24.79 
 
 		 300 aa  89.4  6e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  24.79 
 
 		 300 aa  89.4  6e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06369  transcriptional regulator  27.94 
 
 		 313 aa  89.4  7e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  25.93 
 
 		 300 aa  89.4  7e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2464  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 290 aa  89.4  8e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.268812  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2529  transcriptional regulator, LysR family  27.09 
 
 		 290 aa  89  9e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000206272  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 307 aa  88.6  1e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3425  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.37 
 
 		 311 aa  88.6  1e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  24.79 
 
 		 300 aa  88.6  1e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.37 
 
 		 311 aa  88.6  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.356635  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  24.79 
 
 		 300 aa  88.6  1e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.37 
 
 		 311 aa  87.8  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2267  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 290 aa  87.8  2e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.211668  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2435  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 290 aa  87.8  2e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0368529  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0149  putative Rubisco transcriptional regulator  28.11 
 
 		 319 aa  88.2  2e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>