More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2230 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2230  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 300 aa  614  1e-175  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.994871  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2925  putative oxidoreductase  63 
 
 		 291 aa  371  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.759766  normal  0.355702 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1965  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.67 
 
 		 290 aa  362  5.0000000000000005e-99  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.215015  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61 
 
 		 290 aa  358  7e-98  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.55778  normal  0.875827 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.33 
 
 		 290 aa  358  8e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.19411 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1677  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60 
 
 		 290 aa  353  2e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0450  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.28 
 
 		 296 aa  296  2e-79  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.10442  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.82 
 
 		 296 aa  288  6e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.172865  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.5 
 
 		 301 aa  266  2e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0129049  hitchhiker  0.0000238607 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2659  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.67 
 
 		 296 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1508  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.59 
 
 		 294 aa  221  9.999999999999999e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.432836  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0971  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.01 
 
 		 284 aa  219  3e-56  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.374881  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.14 
 
 		 286 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.961731  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0403  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.66 
 
 		 278 aa  217  2e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.19413  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0224  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.96 
 
 		 291 aa  210  2e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2265  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.58 
 
 		 282 aa  206  3e-52  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000204031 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0334  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.33 
 
 		 285 aa  204  1e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.841681  normal  0.545556 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07120  2, 4-dienoyl-CoA reductase (NADPH) precursor related protein  39.39 
 
 		 294 aa  203  3e-51  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2475  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44 
 
 		 285 aa  201  9.999999999999999e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.48452  normal  0.0141735 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0010  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.27 
 
 		 293 aa  199  3.9999999999999996e-50  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2628  2, 4-dienoyl-CoA reductase (NADPH)-related protein  39.55 
 
 		 291 aa  188  1e-46  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.346863  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0939  short chain dehydrogenase  37.55 
 
 		 254 aa  169  7e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1818  short chain dehydrogenase  36.26 
 
 		 255 aa  157  2e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0455  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.8 
 
 		 269 aa  154  2e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3900  short chain dehydrogenase  37.16 
 
 		 254 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3732  short chain dehydrogenase  37.16 
 
 		 254 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4204  short chain dehydrogenase  37.16 
 
 		 254 aa  153  2.9999999999999998e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.982997  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4040  short chain dehydrogenase  37.55 
 
 		 254 aa  152  4e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4007  short chain dehydrogenase  37.5 
 
 		 256 aa  152  5.9999999999999996e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4112  short chain dehydrogenase  37.16 
 
 		 254 aa  152  5.9999999999999996e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2692  short chain dehydrogenase  36.4 
 
 		 254 aa  150  2e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3748  short chain dehydrogenase  37.5 
 
 		 256 aa  150  3e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4095  short chain dehydrogenase  36.72 
 
 		 256 aa  149  5e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1145  short chain dehydrogenase  36.72 
 
 		 256 aa  149  5e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3819  short chain dehydrogenase  36.72 
 
 		 264 aa  149  5e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1584  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.8 
 
 		 264 aa  148  9e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.296993 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.83 
 
 		 292 aa  137  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.499574  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2121  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.04 
 
 		 282 aa  137  2e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0891264  normal  0.29276 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0109  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.7 
 
 		 268 aa  129  5.0000000000000004e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.233073 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.46 
 
 		 308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.629032 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.7 
 
 		 268 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.430043  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2690  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.82 
 
 		 289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.12909  normal  0.769713 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.02 
 
 		 256 aa  126  4.0000000000000003e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0601767 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 266 aa  121  1.9999999999999998e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00111461  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5205  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.33 
 
 		 294 aa  120  3e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00959428  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2267  putative short-chain dehydrogenase  30.68 
 
 		 292 aa  120  3e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26730  putative short-chain dehydrogenase  30.68 
 
 		 292 aa  120  3e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1055  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.79 
 
 		 258 aa  119  6e-26  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0877  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.02 
 
 		 303 aa  119  6e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2411  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.13 
 
 		 255 aa  118  9e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5261  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.21 
 
 		 298 aa  117  1.9999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1802  gluconate 5-dehydrogenase  31.95 
 
 		 260 aa  116  3.9999999999999997e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.3 
 
 		 290 aa  115  6e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2728  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.94 
 
 		 306 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5296  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.07 
 
 		 287 aa  115  7.999999999999999e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.913032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.68 
 
 		 288 aa  115  8.999999999999998e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.670481  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0229  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.74 
 
 		 259 aa  112  8.000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.770951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3946  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.95 
 
 		 289 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0325  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.92 
 
 		 304 aa  112  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2339  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.96 
 
 		 256 aa  111  2.0000000000000002e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3507  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.29 
 
 		 294 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1394  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.72 
 
 		 306 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.560353  normal  0.490108 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0926  gluconate 5-dehydrogenase  31.03 
 
 		 259 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5227  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.63 
 
 		 302 aa  111  2.0000000000000002e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.420864  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.34 
 
 		 286 aa  110  3e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.189281 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.46 
 
 		 258 aa  108  9.000000000000001e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.12 
 
 		 255 aa  107  3e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0146  short chain dehydrogenase  29.54 
 
 		 277 aa  107  3e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4436  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.58 
 
 		 265 aa  106  4e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2160  Short-chain dehydrogenase/reductase  32.03 
 
 		 254 aa  106  4e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI03790  2,4-dienoyl-CoA reductase, putative  29.92 
 
 		 289 aa  106  5e-22  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.128522  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2078  short chain dehydrogenase  30.3 
 
 		 268 aa  106  5e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.237078  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3434  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.2 
 
 		 263 aa  106  6e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.101369  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.03 
 
 		 254 aa  105  7e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6105  short-chain dehydrogenase/reductase  33.58 
 
 		 265 aa  105  8e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.542291  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.5 
 
 		 256 aa  105  9e-22  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0964408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.57 
 
 		 260 aa  105  9e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0407787  normal  0.415093 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.43 
 
 		 292 aa  105  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.278659  normal  0.743935 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3338  tropinone reductase  32.43 
 
 		 267 aa  104  1e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0617958 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3576  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.07 
 
 		 257 aa  104  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000680094  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.77 
 
 		 276 aa  105  1e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.185872  hitchhiker  0.0000125896 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.82 
 
 		 293 aa  105  1e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.641572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_45705  predicted protein  29.28 
 
 		 292 aa  105  1e-21  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1182  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.06 
 
 		 263 aa  104  2e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0112  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.81 
 
 		 295 aa  104  2e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.245177  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1875  tropinone reductase  32.95 
 
 		 258 aa  103  3e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1940  tropinone reductase  32.95 
 
 		 258 aa  103  4e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.803191  n/a   
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_37372  predicted protein  29.33 
 
 		 289 aa  102  6e-21  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0105  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.06 
 
 		 295 aa  102  9e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6198  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.8 
 
 		 260 aa  102  9e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1285  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.6 
 
 		 266 aa  102  9e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1863  glucose 1-dehydrogenase  28.84 
 
 		 269 aa  101  1e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1741  short chain dehydrogenase  30 
 
 		 272 aa  102  1e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00532384  hitchhiker  0.00268823 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5518  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.45 
 
 		 260 aa  100  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000468902  normal  0.0104317 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.2 
 
 		 255 aa  100  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.24294  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0349  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30.53 
 
 		 257 aa  101  2e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.202503  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 		 274 aa  100  2e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.446578 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.13 
 
 		 255 aa  100  2e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4068  short chain dehydrogenase  31.15 
 
 		 257 aa  100  2e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.625011  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2437  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.3 
 
 		 255 aa  100  3e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>