More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_II0570 on replicon NC_011313
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011663  Sbal223_3301  pseudouridine synthase  58.19 
 
 		 574 aa  677    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2529  pseudouridine synthase  55.07 
 
 		 578 aa  639    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1058  pseudouridine synthase  58.89 
 
 		 574 aa  679    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1091  pseudouridine synthase  58.54 
 
 		 574 aa  689    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.957867 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000939  pseudouridylate synthase LSU rRNA-specific  57.22 
 
 		 559 aa  674    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00612543  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0688  pseudouridine synthase  57.17 
 
 		 593 aa  644    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.241992  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3017  pseudouridine synthase  56.94 
 
 		 572 aa  681    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1000  pseudouridine synthase  58.98 
 
 		 574 aa  676    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0886  pseudouridine synthase  57.49 
 
 		 579 aa  671    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0570  putative RNA pseudouridylate synthase  100 
 
 		 561 aa  1172    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0988  pseudouridine synthase  58.71 
 
 		 574 aa  681    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0913  pseudouridine synthase  61.5 
 
 		 566 aa  702    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000952399  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06934  ribosomal large chain pseudouridine synthase A  57.44 
 
 		 523 aa  622  1e-177  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2328  pseudouridine synthase  53.02 
 
 		 567 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0536  RNA pseudouridine synthase family protein  49.74 
 
 		 567 aa  552  1e-156  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4402  pseudouridine synthase  47.38 
 
 		 570 aa  530  1e-149  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0569  putative RNA pseudouridylate synthase  48.15 
 
 		 561 aa  519  1e-146  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2989  pseudouridine synthase  37.35 
 
 		 548 aa  291  2e-77  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2914  pseudouridine synthase  35.27 
 
 		 551 aa  276  5e-73  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3182  pseudouridine synthase  35.27 
 
 		 551 aa  276  6e-73  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.186572  normal  0.110581 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0035  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  56.62 
 
 		 221 aa  271  2e-71  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3138  pseudouridine synthase  37.18 
 
 		 549 aa  269  1e-70  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1374  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.14 
 
 		 543 aa  261  2e-68  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.302563 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0568  pseudouridine synthase  44.75 
 
 		 217 aa  172  1e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.494043  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0738  pseudouridine synthase  42.53 
 
 		 225 aa  171  4e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0390511  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3630  pseudouridine synthase  44.75 
 
 		 217 aa  171  4e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.146108  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3827  pseudouridine synthase  44.75 
 
 		 217 aa  171  5e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  46.19 
 
 		 206 aa  170  6e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000744972  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3568  pseudouridine synthase  46.19 
 
 		 206 aa  170  6e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0161869  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0767  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  46.19 
 
 		 206 aa  170  6e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000401131  normal  0.046253 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0105  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  44.75 
 
 		 219 aa  170  7e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472444  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0607  pseudouridine synthase  44.29 
 
 		 217 aa  170  7e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.189271  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0107  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  44.75 
 
 		 219 aa  170  7e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000191196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03700  pseudouridylate synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32), dual specificity  45.29 
 
 		 238 aa  170  7e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0102  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  44.75 
 
 		 219 aa  170  7e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.108549  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0101  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  44.75 
 
 		 219 aa  170  8e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00188355  normal  0.0335495 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0100  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  44.75 
 
 		 219 aa  169  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0729931  normal  0.810633 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4154  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  45.71 
 
 		 218 aa  168  2.9999999999999998e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229307  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00060  pseudouridine synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32)  44.29 
 
 		 219 aa  167  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00103207  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0062  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  44.29 
 
 		 219 aa  167  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000519589  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  44.29 
 
 		 219 aa  167  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000246696  normal  0.920561 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  44.29 
 
 		 219 aa  167  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000157754  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00059  hypothetical protein  44.29 
 
 		 219 aa  167  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00251996  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3599  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  44.29 
 
 		 219 aa  167  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199705  unclonable  0.0000000150238 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0729  pseudouridine synthase  44.75 
 
 		 216 aa  167  6.9999999999999995e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000455311  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0605  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  44.75 
 
 		 217 aa  166  8e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000834833  normal  0.555438 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1630  pseudouridylate synthase  42.59 
 
 		 223 aa  166  8e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.427552  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3541  pseudouridine synthase  43.84 
 
 		 219 aa  166  9e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000465216  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  46.73 
 
 		 244 aa  166  1.0000000000000001e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0063  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  43.84 
 
 		 219 aa  165  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0156615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0050  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  44.29 
 
 		 219 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000437271  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0783  pseudouridylate synthase  43.6 
 
 		 225 aa  164  3e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.202814  hitchhiker  0.00996609 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0606  pseudouridylate synthase  43.12 
 
 		 225 aa  164  4.0000000000000004e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40.72 
 
 		 225 aa  162  1e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000100067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0917  pseudouridine synthase  41.63 
 
 		 225 aa  161  3e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0515  pseudouridylate synthase  41.86 
 
 		 225 aa  161  3e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3048  pseudouridylate synthase  41.71 
 
 		 225 aa  160  5e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0799  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40.27 
 
 		 225 aa  160  5e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.603428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2197  pseudouridylate synthase  44.7 
 
 		 224 aa  160  5e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3139  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40.27 
 
 		 225 aa  160  6e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0834  pseudouridylate synthase  41.63 
 
 		 226 aa  160  7e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3706  pseudouridine synthase  41.63 
 
 		 225 aa  159  1e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.143352  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1675  pseudouridine synthase  41.26 
 
 		 234 aa  159  1e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0072  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  44.29 
 
 		 217 aa  159  1e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3831  pseudouridylate synthase  43.41 
 
 		 218 aa  159  1e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1879  pseudouridine synthase RluA  43.87 
 
 		 211 aa  157  4e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0733  pseudouridine synthase  41.18 
 
 		 225 aa  157  4e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  42.38 
 
 		 214 aa  157  4e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3583  pseudouridine synthase  41.18 
 
 		 225 aa  157  4e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3515  pseudouridine synthase  41.18 
 
 		 225 aa  157  4e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.18243 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2087  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.14 
 
 		 245 aa  157  5.0000000000000005e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000349962  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0821  pseudouridylate synthase  39.82 
 
 		 225 aa  157  7e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0454843 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03674  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  41.85 
 
 		 250 aa  155  1e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22000  pseudouridine synthase RluA  43.4 
 
 		 211 aa  156  1e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.921344  hitchhiker  0.0000000000442265 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3001  pseudouridine synthase  42.79 
 
 		 219 aa  155  2e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1515  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  41.04 
 
 		 221 aa  154  2.9999999999999998e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00972645  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0567  pseudouridine synthase  40.09 
 
 		 222 aa  154  5e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1751  pseudouridine synthase  43.69 
 
 		 219 aa  153  8e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0485075  normal  0.0112767 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1460  pseudouridine synthase  43.41 
 
 		 217 aa  152  2e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4520  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40.95 
 
 		 227 aa  150  6e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1467  pseudouridine synthase  43.41 
 
 		 217 aa  150  7e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1323  pseudouridine synthase  42.06 
 
 		 211 aa  150  7e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0734  ribosomal large subunit pseudouridylate synthase  48.77 
 
 		 266 aa  150  7e-35  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0655  pseudouridine synthase  40.89 
 
 		 241 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10472  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1281  pseudouridine synthase  41.59 
 
 		 211 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.147193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3988  pseudouridine synthase  41.59 
 
 		 211 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.716973 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1232  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  42.92 
 
 		 211 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3197  normal  0.341718 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0791  pseudouridine synthase  43.84 
 
 		 204 aa  148  2.0000000000000003e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00896147  normal  0.0723816 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  37.39 
 
 		 223 aa  148  2.0000000000000003e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0072267 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2896  pseudouridine synthase  42.44 
 
 		 218 aa  148  3e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.76004  hitchhiker  0.00773647 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3875  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  42.99 
 
 		 211 aa  148  3e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0462638  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1610  pseudouridine synthase  43.46 
 
 		 211 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00911925  normal  0.237577 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1692  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  42.06 
 
 		 211 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.251616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2195  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  40.58 
 
 		 213 aa  146  1e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.372254 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3940  pseudouridine synthase  41.07 
 
 		 232 aa  146  1e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1592  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  41.23 
 
 		 212 aa  145  2e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2893  pseudouridine synthase  41.43 
 
 		 212 aa  145  2e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2804  pseudouridylate synthase  42.79 
 
 		 215 aa  145  2e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.257511  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  38.77 
 
 		 250 aa  144  4e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1096  pseudouridylate synthase  42.08 
 
 		 232 aa  143  7e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>