More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I0934 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011312  VSAL_I0934  geranyltranstransferase  100 
 
 		 298 aa  607  1e-173  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.298715  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004257  octaprenyl-diphosphate synthase/dimethylallyltransferase/geranyltranstransferase/ geranylgeranyl pyrophosphate synthetase  66.33 
 
 		 294 aa  404  1e-111  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0413  geranyltranstransferase  66.55 
 
 		 294 aa  390  1e-107  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.058519  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01174  geranyltranstransferase  68.48 
 
 		 294 aa  369  1e-101  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3212  geranyltranstransferase  56.23 
 
 		 299 aa  332  4e-90  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000111364 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1031  geranyltranstransferase  57.28 
 
 		 303 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3252  geranyltranstransferase  59.26 
 
 		 306 aa  324  1e-87  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3111  geranyltranstransferase  59.26 
 
 		 306 aa  323  2e-87  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3073  geranyltranstransferase  58.92 
 
 		 306 aa  320  9.999999999999999e-87  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3280  geranyltranstransferase  56.29 
 
 		 303 aa  320  9.999999999999999e-87  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2893  geranyltranstransferase  56.95 
 
 		 303 aa  316  2e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0888  geranyltranstransferase  59.09 
 
 		 299 aa  310  2e-83  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3084  geranyltranstransferase  56.29 
 
 		 303 aa  308  8e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0492  geranyltranstransferase  55.89 
 
 		 299 aa  306  3e-82  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0452  geranyltranstransferase  55.89 
 
 		 299 aa  306  3e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00369  geranyltranstransferase  55.89 
 
 		 299 aa  305  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3188  Polyprenyl synthetase  55.89 
 
 		 299 aa  305  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.574686  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00373  hypothetical protein  55.89 
 
 		 299 aa  305  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0504  geranyltranstransferase  55.89 
 
 		 299 aa  306  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0342  geranyltranstransferase  55.89 
 
 		 299 aa  305  4.0000000000000004e-82  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0457  geranyltranstransferase  55.89 
 
 		 299 aa  305  4.0000000000000004e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.914114 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0462  geranyltranstransferase  55.93 
 
 		 299 aa  303  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0464  geranyltranstransferase  55.93 
 
 		 299 aa  303  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0483  geranyltranstransferase  55.93 
 
 		 299 aa  303  2.0000000000000002e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.351097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1383  polyprenyl synthetase  55.59 
 
 		 293 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.444608 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3002  Polyprenyl synthetase  55.59 
 
 		 293 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.383925  decreased coverage  0.0000000854993 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1344  polyprenyl synthetase  55.59 
 
 		 293 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00140947  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0470  geranyltranstransferase  55.59 
 
 		 299 aa  301  9e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0525  geranyltranstransferase  55.59 
 
 		 299 aa  301  9e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3477  polyprenyl synthetase  54.08 
 
 		 293 aa  301  1e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.171034  hitchhiker  0.00323812 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1358  polyprenyl synthetase  55.24 
 
 		 293 aa  300  2e-80  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00331153  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1276  polyprenyl synthetase  55.59 
 
 		 293 aa  299  4e-80  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0835849  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1079  geranyltranstransferase  56.21 
 
 		 306 aa  299  5e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000871553 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2770  polyprenyl synthetase  52.22 
 
 		 293 aa  295  9e-79  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.409346 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1526  geranyltranstransferase  54.9 
 
 		 293 aa  294  1e-78  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2239  geranyltranstransferase  56.85 
 
 		 296 aa  293  3e-78  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.200846 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2789  polyprenyl synthetase  53.58 
 
 		 293 aa  291  9e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00992702  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0904  farnesyl-diphosphate synthase  52.96 
 
 		 296 aa  290  1e-77  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2990  polyprenyl synthetase  51.19 
 
 		 293 aa  289  4e-77  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0298794  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1320  polyprenyl synthetase  56.23 
 
 		 296 aa  288  9e-77  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3328  polyprenyl synthetase  52.25 
 
 		 293 aa  286  4e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.271135  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2435  geranyltranstransferase  52.9 
 
 		 293 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.408518  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1089  geranyltranstransferase  53.61 
 
 		 300 aa  282  4.0000000000000003e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0945  farnesyl-diphosphate synthase  47.8 
 
 		 306 aa  281  8.000000000000001e-75  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0833  farnesyl-diphosphate synthase  47.78 
 
 		 299 aa  277  1e-73  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0162065  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2900  farnesyl-diphosphate synthase  55.24 
 
 		 293 aa  273  3e-72  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0370775  hitchhiker  0.000852283 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2730  farnesyl-diphosphate synthase  55.24 
 
 		 293 aa  272  4.0000000000000004e-72  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00244683  normal  0.486115 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2803  farnesyl-diphosphate synthase  55.24 
 
 		 293 aa  273  4.0000000000000004e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.141503  normal  0.75892 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2037  polyprenyl synthetase  50.94 
 
 		 296 aa  265  5e-70  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2894  Polyprenyl synthetase  50 
 
 		 292 aa  265  5.999999999999999e-70  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0274  geranyltranstransferase  47.87 
 
 		 304 aa  265  1e-69  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2570  polyprenyl synthetase  50.17 
 
 		 293 aa  256  3e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0334175  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3221  farnesyl-diphosphate synthase  50.67 
 
 		 295 aa  254  9e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01426  geranyltranstransferase  51.31 
 
 		 296 aa  249  3e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.631666  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0562  polyprenyl synthetase  50 
 
 		 295 aa  249  6e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.109586  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1049  farnesyl-diphosphate synthase  48.58 
 
 		 294 aa  248  6e-65  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1651  geranyltranstransferase  48.44 
 
 		 291 aa  248  1e-64  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1599  polyprenyl synthetase  48.44 
 
 		 291 aa  248  1e-64  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0528  polyprenyl synthetase  52.08 
 
 		 295 aa  245  6.999999999999999e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0580  polyprenyl synthetase  51.32 
 
 		 295 aa  245  6.999999999999999e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11560  geranyltranstransferase  50.35 
 
 		 295 aa  244  9e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20600  geranyltranstransferase  49.65 
 
 		 295 aa  244  9.999999999999999e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.715859  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07880  geranyltranstransferase  49.65 
 
 		 295 aa  244  9.999999999999999e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.408699  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0573  polyprenyl synthetase  51.7 
 
 		 295 aa  243  3e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5006  farnesyl-diphosphate synthase  52.08 
 
 		 295 aa  241  9e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1423  Polyprenyl synthetase  47.04 
 
 		 300 aa  241  1e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.37451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3841  farnesyl-diphosphate synthase  49.3 
 
 		 295 aa  239  4e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.599692  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0416  Polyprenyl synthetase  46.13 
 
 		 297 aa  239  4e-62  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0818  geranyltranstransferase  48.78 
 
 		 300 aa  239  5.999999999999999e-62  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1985  polyprenyl synthetase  46.62 
 
 		 307 aa  238  6.999999999999999e-62  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0699  geranyltranstransferase  48.25 
 
 		 295 aa  238  8e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0098  farnesyl-diphosphate synthase  49.13 
 
 		 285 aa  236  3e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2437  polyprenyl synthetase  50.19 
 
 		 298 aa  236  4e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3026  Polyprenyl synthetase  44.67 
 
 		 295 aa  234  1.0000000000000001e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1257  Polyprenyl synthetase  46.82 
 
 		 295 aa  234  1.0000000000000001e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00136441  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0605  polyprenyl synthetase  48.25 
 
 		 295 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.158094  normal  0.173751 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1975  geranyltranstransferase  45.97 
 
 		 306 aa  233  4.0000000000000004e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.668358  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1643  Polyprenyl synthetase  45.97 
 
 		 306 aa  233  4.0000000000000004e-60  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000512207 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1146  polyprenyl synthetase  52.08 
 
 		 293 aa  232  6e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.297824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1058  geranyltranstransferase  52.08 
 
 		 295 aa  230  2e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.419692  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1076  polyprenyl synthetase  41.5 
 
 		 294 aa  230  2e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00179719  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0681  polyprenyl synthetase  48.13 
 
 		 299 aa  228  7e-59  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15151  polyprenyl synthetase  48.13 
 
 		 299 aa  228  1e-58  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.423714  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11191  polyprenyl synthetase  47.96 
 
 		 300 aa  227  2e-58  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.646183 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3060  farnesyl-diphosphate synthase  42.66 
 
 		 297 aa  223  3e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.016258  hitchhiker  0.00000723246 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1916  Polyprenyl synthetase  43.1 
 
 		 294 aa  223  4e-57  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1663  polyprenyl synthetase  41.5 
 
 		 295 aa  222  4.9999999999999996e-57  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.746907  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0880  farnesyl-diphosphate synthase  46.83 
 
 		 296 aa  221  9.999999999999999e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1570  Polyprenyl synthetase  49.06 
 
 		 305 aa  221  9.999999999999999e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1500  polyprenyl synthetase  43.97 
 
 		 327 aa  220  3e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11751  polyprenyl synthetase  45.86 
 
 		 300 aa  219  3.9999999999999997e-56  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3432  farnesyl-diphosphate synthase  44.49 
 
 		 315 aa  219  3.9999999999999997e-56  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0516  polyprenyl synthetase  45.26 
 
 		 308 aa  219  5e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.472432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_11761  polyprenyl synthetase  46.24 
 
 		 299 aa  219  5e-56  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1081  polyprenyl synthetase  46.24 
 
 		 300 aa  219  6e-56  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.168923  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11601  polyprenyl synthetase  46.24 
 
 		 300 aa  218  1e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0831  farnesyl-diphosphate synthase  42.52 
 
 		 295 aa  217  2e-55  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000171972  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2618  farnesyl-diphosphate synthase  44.76 
 
 		 305 aa  217  2e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2439  Polyprenyl synthetase  44.57 
 
 		 290 aa  216  5e-55  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.097508  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2616  farnesyl-diphosphate synthase  49.81 
 
 		 294 aa  216  5e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0537917  normal  0.394724 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>