More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_06875 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_06875  transcriptional regulator  100 
 
 		 85 aa  169  1e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  53.57 
 
 		 323 aa  93.2  1e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  53.57 
 
 		 313 aa  91.3  4e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  62.16 
 
 		 313 aa  90.1  9e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  62.16 
 
 		 313 aa  90.1  9e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4525.1  LysR family transcriptional regulator  60.49 
 
 		 243 aa  89.7  1e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  62.16 
 
 		 313 aa  90.1  1e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  62.16 
 
 		 313 aa  90.1  1e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  60.49 
 
 		 311 aa  89.7  1e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  62.16 
 
 		 313 aa  90.1  1e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  60.49 
 
 		 311 aa  89.7  1e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  60.49 
 
 		 311 aa  89.7  1e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  54.12 
 
 		 327 aa  88.2  3e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  51.81 
 
 		 322 aa  84.7  4e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  52.5 
 
 		 323 aa  82.8  0.000000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  53.75 
 
 		 323 aa  83.2  0.000000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  52.5 
 
 		 323 aa  82.8  0.000000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  52.5 
 
 		 323 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  52.5 
 
 		 319 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  52.5 
 
 		 323 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  52.5 
 
 		 321 aa  82  0.000000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  50.6 
 
 		 327 aa  81.6  0.000000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  52.5 
 
 		 319 aa  81.3  0.000000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4063  LysR family transcriptional regulator  53.66 
 
 		 310 aa  81.3  0.000000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.444174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  52.5 
 
 		 319 aa  81.6  0.000000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  52.5 
 
 		 320 aa  79.7  0.00000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1145  LysR family transcriptional regulator  45.57 
 
 		 304 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.610214  normal  0.415034 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1724  transcriptional regulator  50 
 
 		 304 aa  78.2  0.00000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000109192 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2677  LysR family transcriptional regulator  62.82 
 
 		 314 aa  77  0.00000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.297592  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 318 aa  75.5  0.0000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  51.25 
 
 		 330 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0711  LysR family transcriptional regulator  45.88 
 
 		 91 aa  75.5  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0566481  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1036  transcriptional regulator, LysR family  45.88 
 
 		 320 aa  75.1  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0902  transcriptional regulator, LysR family  44.71 
 
 		 321 aa  75.1  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3943  transcriptional regulator, LysR family  48.75 
 
 		 300 aa  74.3  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000214101 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000551  transcriptional regulator  54.41 
 
 		 304 aa  74.3  0.0000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 302 aa  73.9  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  53.33 
 
 		 302 aa  73.9  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1917  LysR family transcriptional regulator  60.26 
 
 		 310 aa  73.6  0.0000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000018485  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  48.19 
 
 		 316 aa  73.9  0.0000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1773  LysR family transcriptional regulator  62.16 
 
 		 306 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  49.33 
 
 		 309 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1659  LysR family transcriptional regulator  49.3 
 
 		 314 aa  72  0.000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.337839  normal  0.66809 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 322 aa  72  0.000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0912  LysR family transcriptional regulator  49.32 
 
 		 311 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00635337  normal  0.114981 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2746  transcriptional regulator MexT  45.78 
 
 		 304 aa  72  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  48.19 
 
 		 319 aa  72.4  0.000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  48.19 
 
 		 319 aa  72.4  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32410  transcriptional regulator MexT  45.78 
 
 		 304 aa  72  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.282605  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1962  LysR family transcriptional regulator  46.75 
 
 		 307 aa  71.6  0.000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0689  transcriptional regulator, LysR family  44.3 
 
 		 300 aa  71.2  0.000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.555049  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3021  transcriptional regulator, LysR family  44.3 
 
 		 300 aa  71.2  0.000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0624  LysR family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 300 aa  71.2  0.000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4123  LysR family transcriptional regulator  47.5 
 
 		 300 aa  70.9  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  48 
 
 		 295 aa  71.2  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3040  LysR family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 300 aa  71.2  0.000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.575858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0624  LysR family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 300 aa  70.9  0.000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.754981  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  49.3 
 
 		 297 aa  70.9  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0655  LysR family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 300 aa  71.2  0.000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4016  LysR family transcriptional regulator  47.5 
 
 		 300 aa  70.9  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4062  LysR family transcriptional regulator  47.5 
 
 		 300 aa  70.9  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3953  transcriptional regulator, LysR family  47.5 
 
 		 300 aa  70.9  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2666  LysR family transcriptional regulator  44.58 
 
 		 304 aa  70.5  0.000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.380766 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  47.89 
 
 		 329 aa  70.5  0.000000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  47.89 
 
 		 329 aa  70.1  0.000000000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0978  LysR family transcriptional regulator  49.3 
 
 		 298 aa  70.1  0.000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00024266 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2201  LysR family transcriptional regulator  46.75 
 
 		 300 aa  70.1  0.000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00946947 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0703  LysR family transcriptional regulator  43.04 
 
 		 305 aa  69.7  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0636241 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2826  transcriptional regulator MexT  49.28 
 
 		 304 aa  69.7  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2060  LysR family transcriptional regulator  43.42 
 
 		 301 aa  69.7  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3669  LysR family transcriptional regulator  43.42 
 
 		 301 aa  69.3  0.00000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0729055 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3040  transcriptional regulator, LysR family  45.78 
 
 		 304 aa  69.3  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.120446  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0718  LysR family transcriptional regulator  43.04 
 
 		 300 aa  69.7  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.21792  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2913  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  45.78 
 
 		 304 aa  69.7  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0160728 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00455  transcriptional regulator  44.44 
 
 		 341 aa  69.7  0.00000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0764  transcriptional regulator, LysR family  43.04 
 
 		 301 aa  69.7  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0275467  normal  0.553058 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1157  LysR family transcriptional regulator  44.05 
 
 		 320 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0192755  normal  0.578291 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0645  transcriptional regulator, LysR family  43.04 
 
 		 300 aa  69.7  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4833  LysR family transcriptional regulator  46.75 
 
 		 308 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.939705 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2978  LysR family transcriptional regulator  49.28 
 
 		 304 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0300552 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  44.16 
 
 		 315 aa  68.9  0.00000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3025  transcriptional regulator MexT  39.76 
 
 		 308 aa  68.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.21276  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1528  LysR family transcriptional regulator  46.58 
 
 		 298 aa  69.3  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2005  transcriptional regulator, LysR family  47.89 
 
 		 298 aa  68.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2863  LysR family transcriptional regulator  49.28 
 
 		 304 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0342  LysR family transcriptional regulator  53.41 
 
 		 335 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  49.33 
 
 		 298 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  52.38 
 
 		 321 aa  68.9  0.00000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2230  LysR family transcriptional regulator  43.42 
 
 		 300 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.474451  normal  0.423702 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2956  LysR family transcriptional regulator  49.28 
 
 		 304 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.801513 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3262  LysR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 304 aa  68.2  0.00000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0017  LysR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 301 aa  68.6  0.00000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001991  transcriptional regulator  45 
 
 		 314 aa  68.6  0.00000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2234  LysR family transcriptional regulator  43.42 
 
 		 300 aa  68.2  0.00000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2971  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  46.25 
 
 		 313 aa  67.8  0.00000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.554453  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1317  transcriptional regulator, LysR family  45.33 
 
 		 304 aa  67.8  0.00000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.631225  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0420  LysR family transcriptional regulator  49.21 
 
 		 309 aa  67.8  0.00000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  48 
 
 		 309 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4829  LysR family transcriptional regulator  43.66 
 
 		 301 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.732539 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 312 aa  67.4  0.00000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>