235 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_06633 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_06633  transcriptional regulator  100 
 
 		 212 aa  439  9.999999999999999e-123  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001149  putative LysR-family transcriptional regulator YidZ  85.85 
 
 		 322 aa  390  1e-108  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0365295  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3586  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  69.19 
 
 		 321 aa  322  3e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4020  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  67.77 
 
 		 321 aa  318  3e-86  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4146  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  58.85 
 
 		 289 aa  278  3e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.690758  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4256  transcriptional regulator, LysR family  59.43 
 
 		 319 aa  277  9e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4078  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  59.43 
 
 		 319 aa  276  2e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03595  predicted DNA-binding transcriptional regulator  58.96 
 
 		 319 aa  275  3e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4220  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  58.96 
 
 		 319 aa  275  3e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3925  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  58.96 
 
 		 319 aa  275  3e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4211  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  58.96 
 
 		 319 aa  275  3e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03539  hypothetical protein  58.96 
 
 		 319 aa  275  3e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4283  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  58.96 
 
 		 319 aa  275  3e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5142  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  58.49 
 
 		 319 aa  274  7e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.276657 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4129  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  58.45 
 
 		 319 aa  270  9e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.176556  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4072  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  58.45 
 
 		 319 aa  270  9e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4236  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  58.45 
 
 		 319 aa  270  9e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.253513  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4057  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  58.45 
 
 		 319 aa  270  9e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.873373  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4179  DNA-binding transcriptional regulator YidZ  58.45 
 
 		 319 aa  270  9e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.542905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3261  LysR family transcriptional regulator  63.77 
 
 		 140 aa  201  9e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 322 aa  106  3e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  30.32 
 
 		 321 aa  105  4e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0342  LysR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 335 aa  105  5e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 320 aa  105  6e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0544  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  30.58 
 
 		 285 aa  103  2e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00000427319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 313 aa  102  3e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 313 aa  101  9e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  28.93 
 
 		 327 aa  100  1e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  28.36 
 
 		 323 aa  99.4  3e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1917  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 310 aa  99.8  3e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000018485  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 318 aa  99.4  3e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 313 aa  99.8  3e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  31.61 
 
 		 313 aa  99  4e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 313 aa  99  5e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 311 aa  98.2  8e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 323 aa  97.1  2e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 311 aa  96.3  3e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2677  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 314 aa  95.9  4e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.297592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 330 aa  95.1  7e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 313 aa  93.2  2e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  29.44 
 
 		 311 aa  94  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 323 aa  93.6  2e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1773  LysR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 306 aa  92.8  3e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  27.6 
 
 		 322 aa  90.1  2e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 327 aa  89  5e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  27.08 
 
 		 326 aa  84.7  8e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  27.84 
 
 		 323 aa  84.7  9e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 319 aa  84  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 319 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 319 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 323 aa  83.2  0.000000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 323 aa  83.2  0.000000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 321 aa  79.7  0.00000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06876  transcriptional regulator  30.77 
 
 		 160 aa  75.9  0.0000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  23.19 
 
 		 321 aa  73.2  0.000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4525.1  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 243 aa  67  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3905  transcriptional regulator, LysR family  28.95 
 
 		 327 aa  65.1  0.0000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5282  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 310 aa  61.6  0.000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.560852  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6204  LysR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 326 aa  60.8  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2005  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 298 aa  60.5  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 295 aa  58.9  0.00000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3262  LysR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 304 aa  58.9  0.00000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1317  transcriptional regulator, LysR family  22.82 
 
 		 304 aa  56.6  0.0000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.631225  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0141  LysR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 305 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  22.07 
 
 		 297 aa  55.5  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0100  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 318 aa  55.1  0.0000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183121  normal  0.148828 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2748  transcription regulator protein  25.89 
 
 		 347 aa  54.3  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4218  transcriptional regulator, LysR family  25.12 
 
 		 300 aa  54.7  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1482  LysR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 313 aa  54.3  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0547838 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 301 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2577  transcriptional regulator, LysR family  26.27 
 
 		 347 aa  54.7  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4711  LysR family transcriptional regulator  24.65 
 
 		 292 aa  53.5  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2134  LysR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 310 aa  53.9  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.152417  normal  0.355077 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2987  transcriptional regulator, LysR family  25.81 
 
 		 347 aa  53.9  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.217571  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3381  transcriptional regulator, LysR family  26.06 
 
 		 305 aa  53.5  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.750017  normal  0.450038 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  23.12 
 
 		 314 aa  53.1  0.000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 322 aa  53.5  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0978  LysR family transcriptional regulator  23.27 
 
 		 298 aa  53.1  0.000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00024266 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1983  transcriptional regulator, LysR family protein  22.22 
 
 		 306 aa  52.8  0.000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0296  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 307 aa  52.4  0.000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3329  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 323 aa  52.4  0.000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3365  LysR family transcriptional regulator  22.11 
 
 		 314 aa  52  0.000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.599311  normal  0.494502 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  23.15 
 
 		 309 aa  52  0.000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3501  LysR family transcriptional regulator  21.72 
 
 		 301 aa  51.6  0.000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.356591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1528  LysR family transcriptional regulator  21.63 
 
 		 298 aa  50.8  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 342 aa  50.8  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2409  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 306 aa  50.4  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2060  transcriptional regulator, LysR family  25.14 
 
 		 306 aa  50.4  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.670506  unclonable  0.00000000000294805 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4870  LysR family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 313 aa  50.8  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.42222  normal  0.01712 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 318 aa  50.4  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03220  Transcriptional regulator  23.48 
 
 		 347 aa  50.4  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0871  LysR family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 302 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2206  LysR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 300 aa  50.4  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 332 aa  50.8  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2064  LysR family transcriptional regulator  25.14 
 
 		 306 aa  50.4  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2551  LysR family transcriptional regulator  23.15 
 
 		 314 aa  49.7  0.00003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  decreased coverage  0.00635729 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  25.17 
 
 		 300 aa  49.7  0.00003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2459  LysR family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 298 aa  50.1  0.00003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.57263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2321  putative transcriptional regulator  25 
 
 		 319 aa  49.7  0.00003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.304743  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  22.55 
 
 		 322 aa  49.7  0.00003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>