More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_01871 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_01871  hypothetical protein  100 
 
 
357 aa  734    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003815  Psp operon transcriptional activator  91.04 
 
 
336 aa  624  1e-178  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1284  psp operon transcriptional activator  73.64 
 
 
338 aa  501  1e-141  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2336  phage shock protein operon transcriptional activator  63.55 
 
 
328 aa  438  9.999999999999999e-123  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.816239  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2611  phage shock protein operon transcriptional activator  63.44 
 
 
328 aa  434  1e-120  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0890796  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2579  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family protein  57.98 
 
 
359 aa  432  1e-120  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2625  phage shock protein operon transcriptional activator  62.31 
 
 
335 aa  432  1e-120  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.212931  normal  0.477628 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0480  psp operon transcriptional activator PspF  61.31 
 
 
340 aa  429  1e-119  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1815  phage shock protein operon transcriptional activator  61.08 
 
 
326 aa  426  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.275809  hitchhiker  0.0000000461951 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1459  phage shock protein operon transcriptional activator  61.08 
 
 
331 aa  427  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.749362  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2322  phage shock protein operon transcriptional activator  60.49 
 
 
325 aa  425  1e-118  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.333192  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1513  phage shock protein operon transcriptional activator  60.49 
 
 
325 aa  425  1e-118  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1819  phage shock protein operon transcriptional activator  60.49 
 
 
325 aa  425  1e-118  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.235357 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1753  phage shock protein operon transcriptional activator  60.79 
 
 
330 aa  426  1e-118  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1945  phage shock protein operon transcriptional activator  60.49 
 
 
325 aa  425  1e-118  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1418  phage shock protein operon transcriptional activator  60.49 
 
 
325 aa  425  1e-118  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1236  psp operon transcriptional activator  58.92 
 
 
357 aa  426  1e-118  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.787384  normal  0.286341 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1641  phage shock protein operon transcriptional activator  61.08 
 
 
331 aa  427  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000132822 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01280  DNA-binding transcriptional activator  60.18 
 
 
325 aa  423  1e-117  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2343  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  60.18 
 
 
325 aa  423  1e-117  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00890881  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1877  phage shock protein operon transcriptional activator  60.54 
 
 
331 aa  422  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.436401  normal  0.0112899 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1539  phage shock protein operon transcriptional activator  60.49 
 
 
325 aa  424  1e-117  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.833762  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1816  phage shock protein operon transcriptional activator  60.84 
 
 
331 aa  422  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.233716 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1616  Fis family transcriptional regulator  55.71 
 
 
363 aa  421  1e-117  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01291  hypothetical protein  60.18 
 
 
325 aa  423  1e-117  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2538  phage shock protein operon transcriptional activator  60.91 
 
 
342 aa  418  1e-116  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1806  psp operon transcriptional activator  56.27 
 
 
363 aa  419  1e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1785  phage shock protein operon transcriptional activator  60.91 
 
 
342 aa  418  1e-116  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1605  Fis family transcriptional regulator  55.43 
 
 
363 aa  418  1e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2497  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  58.29 
 
 
356 aa  419  1e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00185562  normal  0.0915842 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1501  Fis family transcriptional regulator  55.49 
 
 
362 aa  418  1e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1639  Fis family transcriptional regulator  55.71 
 
 
363 aa  419  1e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.403304  normal  0.766979 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2483  Fis family transcriptional regulator  56.15 
 
 
362 aa  420  1e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2551  Fis family transcriptional regulator  56.15 
 
 
362 aa  420  1e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0309861 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2649  Fis family transcriptional regulator  55.87 
 
 
362 aa  419  1e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.55227 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1893  phage shock protein operon transcriptional activator  60.91 
 
 
342 aa  418  1e-116  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2738  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  55.43 
 
 
363 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.509695  normal  0.150026 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1553  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  56.32 
 
 
355 aa  411  1e-114  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000495101 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2481  sigma-54 factor, interaction region  54.25 
 
 
368 aa  412  1e-114  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3101  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  57.51 
 
 
357 aa  414  1e-114  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.701095  hitchhiker  0.0000294704 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2670  Fis family transcriptional regulator  54.17 
 
 
366 aa  409  1e-113  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1721  phage shock protein operon transcriptional activator  59.7 
 
 
331 aa  410  1e-113  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0328875  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2170  phage shock protein operon transcriptional activator  58.91 
 
 
325 aa  406  1.0000000000000001e-112  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0948049  normal  0.0900334 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02834  sigma-54 depedent transcriptional activator PspF  51.25 
 
 
373 aa  394  1e-108  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3774  sigma-54 depedent transcriptional activator PspF  52.51 
 
 
372 aa  384  1e-105  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3005  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.93 
 
 
370 aa  382  1e-105  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0405  Fis family transcriptional regulator  54.22 
 
 
338 aa  370  1e-101  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1154  Fis family transcriptional regulator  49.26 
 
 
353 aa  336  3.9999999999999995e-91  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.639305  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1219  sigma54 specific transcriptional regulator  51.67 
 
 
336 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3227  Fis family transcriptional regulator  49.56 
 
 
362 aa  319  5e-86  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0205  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.9 
 
 
341 aa  309  4e-83  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.965833 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1226  sigma54 specific transcriptional activator, PspF, Fis family  47.29 
 
 
342 aa  307  2.0000000000000002e-82  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.305483  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2936  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.66 
 
 
349 aa  302  6.000000000000001e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.253004 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0383  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.98 
 
 
381 aa  299  4e-80  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1798  sigma54 specific transcriptional acivator, PspF, Fis family  47.95 
 
 
434 aa  268  8e-71  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.665071 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5873  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.84 
 
 
484 aa  263  4.999999999999999e-69  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.731232 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.56 
 
 
473 aa  244  1.9999999999999999e-63  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.56 
 
 
473 aa  244  1.9999999999999999e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0168  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.94 
 
 
459 aa  244  1.9999999999999999e-63  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.564625  normal  0.730975 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3599  two component Fis family transcriptional regulator  41.67 
 
 
459 aa  243  3e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.56 
 
 
473 aa  243  3e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.14 
 
 
470 aa  239  4e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.04 
 
 
459 aa  239  5e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0538681  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3476  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.88 
 
 
540 aa  239  6.999999999999999e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0109  two component Fis family transcriptional regulator  40.84 
 
 
466 aa  237  3e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2290  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.79 
 
 
456 aa  236  4e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1032  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.42 
 
 
461 aa  235  8e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.454426 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0433  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.82 
 
 
472 aa  235  8e-61  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02226  sigma-54 interacting response regulator transcription regulator protein  41.9 
 
 
491 aa  235  9e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0555  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.12 
 
 
457 aa  235  1.0000000000000001e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2522  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.82 
 
 
509 aa  233  3e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1748  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  40.12 
 
 
542 aa  233  3e-60  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2915  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  40.64 
 
 
457 aa  233  3e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2807  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.76 
 
 
466 aa  231  1e-59  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.75933  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1713  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.37 
 
 
748 aa  231  1e-59  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000552259  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.42 
 
 
463 aa  231  1e-59  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0427  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.82 
 
 
458 aa  231  1e-59  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2563  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.23 
 
 
480 aa  231  2e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00247378 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1016  two component Fis family transcriptional regulator  40.46 
 
 
490 aa  231  2e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0838008  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3051  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.85 
 
 
477 aa  231  2e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2442  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.94 
 
 
480 aa  230  3e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1013  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.4 
 
 
456 aa  229  5e-59  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.0616674 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.34 
 
 
515 aa  229  5e-59  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0168  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.39 
 
 
462 aa  229  6e-59  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.59199 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2200  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.44 
 
 
459 aa  229  6e-59  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3032  NifA subfamily transcriptional regulator  40.35 
 
 
532 aa  229  7e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1904  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.25 
 
 
456 aa  228  9e-59  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.865916 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1003  nitrogen regulation protein NR(I)  39.18 
 
 
481 aa  228  1e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.158383  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1542  Fis family transcriptional regulator  41.59 
 
 
586 aa  228  1e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.332914  normal  0.115616 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.16 
 
 
454 aa  227  2e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1244  transcriptional regulator, NifA, Fis Family  50 
 
 
545 aa  228  2e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.771278 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1527  Nif-specific regulatory protein  50 
 
 
545 aa  228  2e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.43 
 
 
442 aa  227  2e-58  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00434157  normal  0.514512 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0689  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  38.3 
 
 
544 aa  226  3e-58  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.430174  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2309  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  39.76 
 
 
513 aa  226  3e-58  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00141019  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1625  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  39.21 
 
 
544 aa  227  3e-58  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0165781  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3375  two-component response regulator CbrB  47.01 
 
 
472 aa  227  3e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0307811  normal  0.146362 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1372  transcriptional regulator NifA  48.74 
 
 
593 aa  226  4e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1157  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  37.54 
 
 
502 aa  226  4e-58  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7728  transcriptional regulator NifA  38.66 
 
 
547 aa  226  4e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>