More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_0349 on replicon NC_009456
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009456  VC0395_0349  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 312 aa  644    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001199  transcriptional regulator  80.07 
 
 		 309 aa  508  1e-143  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.862431  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04988  transcriptional regulator  80.07 
 
 		 309 aa  509  1e-143  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0835  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  67.92 
 
 		 297 aa  429  1e-119  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000051165  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0939  transcriptional regulator, LysR family  48.84 
 
 		 305 aa  318  5e-86  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1658  LysR family transcriptional regulator  46.64 
 
 		 305 aa  281  1e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.265046 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1361  LysR family transcriptional regulator  44.41 
 
 		 304 aa  270  2.9999999999999997e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.260614  hitchhiker  0.0085825 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4186  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 331 aa  266  4e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.814528 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3620  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 291 aa  263  4e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0616  transcriptional regulator, LysR family  42.44 
 
 		 320 aa  261  8.999999999999999e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0588  LysR family transcriptional regulator  43.05 
 
 		 301 aa  258  9e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3584  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 310 aa  255  7e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.353088  hitchhiker  0.00946106 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3160  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 316 aa  252  5.000000000000001e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3337  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 308 aa  251  8.000000000000001e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.777697  normal  0.289285 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1434  LysR family substrate binding transcriptional regulator  41.41 
 
 		 308 aa  251  1e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1422  transcriptional regulator, LysR family  39.27 
 
 		 309 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3026  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 336 aa  242  7e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0264473 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0231  transcriptional regulator, LysR family  39.52 
 
 		 298 aa  226  4e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 303 aa  196  6e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 298 aa  192  7e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 298 aa  191  1e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 296 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  35.69 
 
 		 307 aa  186  3e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  36 
 
 		 302 aa  185  7e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 299 aa  185  7e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0915  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 326 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.709424 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 298 aa  183  3e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 307 aa  183  3e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 298 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  35.03 
 
 		 298 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 299 aa  181  2e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 296 aa  179  5.999999999999999e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4504  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 304 aa  178  8e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0549  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 296 aa  178  8e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0269293 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  33.45 
 
 		 309 aa  177  1e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 295 aa  177  1e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3459  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 324 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  33.22 
 
 		 305 aa  177  3e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 293 aa  177  3e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  34.14 
 
 		 335 aa  176  5e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4063  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 324 aa  176  5e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4303  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 324 aa  176  5e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4725  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 293 aa  175  8e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0139  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 301 aa  174  9.999999999999999e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0154099 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3963  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 324 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.432164 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1985  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 330 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2367  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 302 aa  173  3.9999999999999995e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0980  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 304 aa  173  3.9999999999999995e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.926396 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 301 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4684  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 323 aa  172  9e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3456  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 340 aa  172  9e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.695325 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2502  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 308 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0401  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 313 aa  171  2e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0930057  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  34.56 
 
 		 306 aa  171  2e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4814  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 302 aa  170  3e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 309 aa  169  6e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0783  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 301 aa  169  6e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2361  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 326 aa  169  6e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.990733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4350  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 311 aa  169  7e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1233  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 311 aa  167  2e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.573429  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3270  transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 		 316 aa  167  2e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0353308  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  34.55 
 
 		 299 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2575  transcriptional regulator, LysR family  35.81 
 
 		 301 aa  167  2.9999999999999998e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0931431  normal  0.61434 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2088  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 342 aa  167  2.9999999999999998e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.320314  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  29.83 
 
 		 307 aa  166  5e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  29.83 
 
 		 307 aa  166  5e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4093  transcriptional regulator, LysR family  32.42 
 
 		 344 aa  166  5e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2703  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 303 aa  166  5.9999999999999996e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.637197 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 320 aa  166  6.9999999999999995e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1852  transcriptional regulator, LysR family  32.33 
 
 		 296 aa  166  6.9999999999999995e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.387981  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3893  putative transcriptional regulator  33.22 
 
 		 317 aa  166  6.9999999999999995e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.32212  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  31.96 
 
 		 297 aa  165  8e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2190  transcriptional regulator, LysR family  32.67 
 
 		 304 aa  165  9e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0283977  normal  0.469173 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  33.1 
 
 		 289 aa  165  9e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 304 aa  165  9e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2431  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 312 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.517573 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1128  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 313 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4901  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 303 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.795056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1113  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 313 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.800719  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 298 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3657  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 342 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 301 aa  163  3e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3692  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 305 aa  163  3e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 309 aa  163  3e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2204  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 311 aa  163  3e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.587301  normal  0.0241601 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1224  carbonate dehydratase  29.87 
 
 		 313 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000421173  normal  0.31799 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3363  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 312 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 299 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2868  transcriptional regulator, LysR family protein  30.54 
 
 		 313 aa  163  4.0000000000000004e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0376307  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4614  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 314 aa  163  4.0000000000000004e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0515888  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1186  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 313 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.177283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3048  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 313 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0118588  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1330  transcriptional regulator, LysR family  29.87 
 
 		 313 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00626709  hitchhiker  0.000619665 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3191  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 313 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0504852  normal  0.2192 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1256  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 313 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00128178  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2482  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 307 aa  162  6e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>