More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpet_1275 on replicon NC_009486
Organism: Thermotoga petrophila RKU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010483  TRQ2_1411  diaminopimelate decarboxylase  93.01 
 
 		 386 aa  733    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0507581  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1275  diaminopimelate decarboxylase  100 
 
 		 386 aa  778    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000162613  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0425  diaminopimelate decarboxylase  53.87 
 
 		 393 aa  417  9.999999999999999e-116  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1043  diaminopimelate decarboxylase  52.86 
 
 		 382 aa  414  1e-114  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.504589  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0075  diaminopimelate decarboxylase  42.6 
 
 		 416 aa  291  1e-77  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0214  diaminopimelate decarboxylase  42.61 
 
 		 401 aa  287  2.9999999999999996e-76  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0353  diaminopimelate decarboxylase  41.33 
 
 		 416 aa  285  9e-76  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00862567 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0058  diaminopimelate decarboxylase  41.67 
 
 		 434 aa  283  5.000000000000001e-75  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.586159  normal  0.874852 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0522  diaminopimelate decarboxylase  39.9 
 
 		 420 aa  282  6.000000000000001e-75  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000495897  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0554  diaminopimelate decarboxylase  40.21 
 
 		 419 aa  280  2e-74  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0353  diaminopimelate decarboxylase  42.78 
 
 		 422 aa  276  4e-73  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.336132  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1665  diaminopimelate decarboxylase  41.13 
 
 		 399 aa  276  4e-73  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1588  diaminopimelate decarboxylase  42.64 
 
 		 407 aa  276  4e-73  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1301  diaminopimelate decarboxylase  40.81 
 
 		 412 aa  275  7e-73  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1337  diaminopimelate decarboxylase  38.46 
 
 		 418 aa  275  1.0000000000000001e-72  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0182  diaminopimelate decarboxylase  41.58 
 
 		 415 aa  273  5.000000000000001e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0225  diaminopimelate decarboxylase  40.76 
 
 		 415 aa  270  4e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.895635  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3139  diaminopimelate decarboxylase  41.21 
 
 		 419 aa  269  5.9999999999999995e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.167339  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3257  diaminopimelate decarboxylase  39.65 
 
 		 423 aa  269  7e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.314031  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2910  diaminopimelate decarboxylase  39.39 
 
 		 423 aa  269  7e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334908 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1362  diaminopimelate decarboxylase  38.46 
 
 		 401 aa  267  2e-70  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.884156  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3740  diaminopimelate decarboxylase  40.2 
 
 		 419 aa  267  2e-70  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000793006 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69670  diaminopimelate decarboxylase  41.01 
 
 		 415 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1439  diaminopimelate decarboxylase  40.2 
 
 		 412 aa  266  4e-70  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6020  diaminopimelate decarboxylase  40.76 
 
 		 415 aa  265  1e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.422247  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4070  diaminopimelate decarboxylase  39.95 
 
 		 427 aa  265  1e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1468  diaminopimelate decarboxylase  39.74 
 
 		 423 aa  265  1e-69  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4193  diaminopimelate decarboxylase  39.95 
 
 		 427 aa  263  3e-69  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4218  diaminopimelate decarboxylase  39.95 
 
 		 427 aa  263  3e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.15741  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5227  diaminopimelate decarboxylase  40.25 
 
 		 415 aa  262  8.999999999999999e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0390  diaminopimelate decarboxylase  38.27 
 
 		 414 aa  261  1e-68  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.584204  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5136  diaminopimelate decarboxylase  40.25 
 
 		 415 aa  262  1e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.206313  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0444  diaminopimelate decarboxylase  38.44 
 
 		 414 aa  261  1e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.249159  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2979  diaminopimelate decarboxylase protein  38.89 
 
 		 451 aa  260  2e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.492096  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0720  diaminopimelate decarboxylase  38.08 
 
 		 429 aa  261  2e-68  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00473762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2420  diaminopimelate decarboxylase  38.64 
 
 		 417 aa  261  2e-68  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.04804e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5288  diaminopimelate decarboxylase  40.25 
 
 		 415 aa  261  2e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0486  diaminopimelate decarboxylase  39.53 
 
 		 414 aa  260  3e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.012167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0199  diaminopimelate decarboxylase  37.97 
 
 		 443 aa  259  6e-68  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00258223 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0226  diaminopimelate decarboxylase  40.87 
 
 		 414 aa  259  6e-68  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.148169 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3040  diaminopimelate decarboxylase  39.95 
 
 		 421 aa  259  6e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.365095  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0271  diaminopimelate decarboxylase  39.14 
 
 		 403 aa  259  6e-68  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.760215  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0219  diaminopimelate decarboxylase  38.56 
 
 		 443 aa  258  1e-67  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.000590665  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4130  diaminopimelate decarboxylase  39.79 
 
 		 414 aa  258  1e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.638139 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00206  putative diaminopimelate decarboxylase  39.03 
 
 		 416 aa  257  2e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47700  diaminopimelate decarboxylase  41.27 
 
 		 415 aa  257  2e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3816  diaminopimelate decarboxylase  39.39 
 
 		 422 aa  257  2e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.010832 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1978  diaminopimelate decarboxylase  38.87 
 
 		 415 aa  257  3e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00280212  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0158  diaminopimelate decarboxylase  38.96 
 
 		 417 aa  256  4e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.193099  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0834  diaminopimelate decarboxylase  39.07 
 
 		 418 aa  256  4e-67  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0348  diaminopimelate decarboxylase  38.38 
 
 		 445 aa  256  4e-67  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869616  hitchhiker  0.0000188674 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3567  diaminopimelate decarboxylase  40.2 
 
 		 422 aa  255  1.0000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67276  normal  0.379648 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5513  diaminopimelate decarboxylase  37.81 
 
 		 425 aa  255  1.0000000000000001e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.568849 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0515  diaminopimelate decarboxylase  38.04 
 
 		 436 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.843079  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0322  diaminopimelate decarboxylase  38.07 
 
 		 414 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.475449  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4309  diaminopimelate decarboxylase  38.34 
 
 		 414 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0207  diaminopimelate decarboxylase  39.8 
 
 		 420 aa  254  2.0000000000000002e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4020  diaminopimelate decarboxylase  38.23 
 
 		 423 aa  254  2.0000000000000002e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0858  diaminopimelate decarboxylase  39.69 
 
 		 415 aa  253  3e-66  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.168666  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0245  diaminopimelate decarboxylase  40.51 
 
 		 415 aa  253  3e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.377243  normal  0.537295 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0336  diaminopimelate decarboxylase  39.58 
 
 		 402 aa  253  3e-66  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0377  diaminopimelate decarboxylase  38.32 
 
 		 414 aa  254  3e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0390  diaminopimelate decarboxylase  39.27 
 
 		 436 aa  253  3e-66  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0745  diaminopimelate decarboxylase  42.07 
 
 		 440 aa  254  3e-66  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.300133  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2802  diaminopimelate decarboxylase  38.17 
 
 		 420 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1473  diaminopimelate decarboxylase  39.27 
 
 		 436 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0447  diaminopimelate decarboxylase  39.36 
 
 		 436 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.7159  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0468  diaminopimelate decarboxylase  38.46 
 
 		 403 aa  253  6e-66  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0233  diaminopimelate decarboxylase  38.48 
 
 		 417 aa  252  8.000000000000001e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.601671  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0541  diaminopimelate decarboxylase  39.13 
 
 		 418 aa  251  1e-65  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4055  diaminopimelate decarboxylase  38.24 
 
 		 417 aa  251  1e-65  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3276  diaminopimelate decarboxylase  38.94 
 
 		 419 aa  252  1e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1651  diaminopimelate decarboxylase  39.27 
 
 		 402 aa  251  2e-65  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000231454  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00310  diaminopimelate decarboxylase  38.83 
 
 		 417 aa  251  2e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2443  diaminopimelate decarboxylase  38.07 
 
 		 445 aa  251  2e-65  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000493249  normal  0.450296 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0359  diaminopimelate decarboxylase  39.31 
 
 		 402 aa  250  3e-65  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.604138  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0041  diaminopimelate decarboxylase  40.05 
 
 		 414 aa  250  3e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3410  diaminopimelate decarboxylase  38.1 
 
 		 422 aa  250  3e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000272348 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3440  diaminopimelate decarboxylase  39.65 
 
 		 427 aa  249  4e-65  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0391  diaminopimelate decarboxylase  36.92 
 
 		 414 aa  249  4e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3634  diaminopimelate decarboxylase  36.92 
 
 		 414 aa  250  4e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.239025  normal  0.49264 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0390  diaminopimelate decarboxylase  36.92 
 
 		 414 aa  249  4e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4145  diaminopimelate decarboxylase  38.5 
 
 		 417 aa  249  5e-65  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0494  diaminopimelate decarboxylase  39.64 
 
 		 416 aa  249  5e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3860  diaminopimelate decarboxylase  38.85 
 
 		 422 aa  249  7e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0818449 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1682  diaminopimelate decarboxylase  39.14 
 
 		 430 aa  249  7e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3588  diaminopimelate decarboxylase  38.27 
 
 		 417 aa  248  1e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.776676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5498  diaminopimelate decarboxylase  41.01 
 
 		 415 aa  248  1e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002110  diaminopimelate decarboxylase  38.58 
 
 		 417 aa  248  1e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3250  diaminopimelate decarboxylase  39.43 
 
 		 414 aa  248  1e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.773654 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1348  diaminopimelate decarboxylase  38.4 
 
 		 416 aa  248  2e-64  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000478718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1724  diaminopimelate decarboxylase  36.18 
 
 		 435 aa  247  2e-64  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1740  diaminopimelate decarboxylase  38.15 
 
 		 422 aa  247  3e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.309969  normal  0.840232 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1595  diaminopimelate decarboxylase  37.75 
 
 		 425 aa  247  3e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000335873  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0121  diaminopimelate decarboxylase  39.33 
 
 		 434 aa  246  4e-64  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2877  diaminopimelate decarboxylase  39.9 
 
 		 419 aa  245  6.999999999999999e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.926631  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3279  diaminopimelate decarboxylase  39.9 
 
 		 419 aa  245  6.999999999999999e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2538  diaminopimelate decarboxylase  38.58 
 
 		 422 aa  245  8e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0787755  normal  0.617657 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0267  diaminopimelate decarboxylase  39.34 
 
 		 415 aa  245  8e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0997  diaminopimelate decarboxylase  37.85 
 
 		 421 aa  245  9.999999999999999e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.877632  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>